专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
2013年已经过去，在这一年里，药企因为专利悬崖而愁云笼罩，测序市场却因为生意红火而热闹纷呈，多家巨头都有好戏上演：罗氏无奈放手Illumina，关闭454业务，牵手PacBio打造NGS诊断产品；Illumina底气十足收购多家公司，与Oxford Nanopore分手，快速进军DNA测序临床应用领域；赛默飞136亿美元重磅收购Life Tech，震动了整个业界；被Nature Methods杂志以“颠覆性“来形容的纳米孔测序仪终于向大众露出真身，启动了早期试用计划。跟这些比起来，另外一条可称得上“花絮”的新闻就是千万级别的基因组学X奖告吹。 以下为2013年测序市场大事盘点： 罗氏表示不再对Illumina发起竞购，Illumina进军医疗领域 罗氏不止一次向illumina表示收购意向，并且一次比一次出价高，不过illumina不为所动，甚至推出“毒丸计划”回应罗氏。2013年1月，罗氏控股董事长佛朗茨-胡沫（Franz Humer）接受瑞士《周日报》（SonntagsZeitung）采访时表示，没有考虑对美国基因测序公司Illumina再度发起竞购。 胡沫表示：“对Illumina已经明确不予讨论了，对方还没有准备好从他们完全不现实的价格预期中走出来，罗氏不会去做不创造价值的收购。Illumina对我们来讲是‘锦上添花’，而不是‘非有不可’，还有其它接近基因测序科技的替代选择，这并不困扰我。” 罗氏失败后，今年轮到Illumina发力，Illumina一连收购了多家公司。一月，Illumina成功收购了美国产前诊断公司Verinata Health以及一家长读取测序技术公司Moleculo。十月，Illumina收购医疗软件公司NextBio。 从上可以看出，不管是罗氏对Illumina的极大兴趣，还是Illumina对Verinata的收购都表明，目前主要用于科研的DNA测序技术正在转向医学诊断应用。 Illumina希望自己并不仅仅是一家测序仪制造商。目前，该公司已经提供相关的测序服务业务，为个人进行基因组测序以帮助诊断罕见疾病或者寻找最好的癌症治疗方法。2012年9月，Illumina就收购了英国的遗传变异测序服务公司BlueGnome。Illumina的一系列的动作都彰显了Illumina希望凭借自己在测序技术上的优势快速进入DNA测序临床应用领域的意图。[详细] 超重量级收购：赛默飞136亿美元收购Life Tech Life Technologies寻求买家的故事终于落下了帷幕，2013年4月15日，赛默飞（Thermo Fisher）与Life Technologies联合宣布，赛默飞以136亿美元收购Life Tech。赛默飞将成为新一代测序市场的重量级企业，而之前它一直处于默默无闻的地位。 赛默飞的总裁兼CEO Marc Casper在一项声明中表示：“对Life Technologies的收购增强了我们发展战略中的所有三要素：技术创新、独特的客户价值主张，以及新兴市场的扩张。我们在科研和应用市场上的客户将能够通过合并后的公司，实现更高水平的创新和生产力。” 近年来，Life Tech一直在与Illumina争夺对高通量测序市场的控制权，如今这场竞争已经延伸到台式测序仪市场。 Life Tech在2010年以7.25亿美元收购了新一代测序仪制造商Ion Torrent，并在2010年底推出了首款半导体测序仪Ion PGM?，可配合使用三种芯片，满足不同的通量需求。2012年9月，它又推出了Ion Proton平台，有望实现1000美元的人类基因组测序。除了测序，Life Tech近年来还努力跻身临床市场，陆续收购了Compendia、Pinpoint Genomics和Navigenics等公司。[详细] 罗氏牵手PacBio打造NGS诊断产品，关闭454业务 罗氏向Illumina发起收购要约失败后，罗氏CEO表示“还有其它接近基因测序科技的替代选择”，公司也将继续活跃在测序市场上，现在看来，这个新选择是PacBio的SMRT技术。 9月，罗氏与Pacific Biosciences公司签订协议，以PacBio的SMRT技术为基础开发诊断产品。包括前期、里程碑和供应付款在内，罗氏向PacBio支付7500万美元。根据这项协议，PacBio将开发并制造供临床使用的测序系统和消耗品。罗氏将独家拥有在人类体外诊断（IVD）领域销售产品的权利，而PacBio将继续在除IVD之外的其他市场推广其目前和未来的科研用（RUO）产品。罗氏表示，他们看到了PacBio测序技术的巨大潜力，它带来了前所未有的读长、准确性和速度，适合临床诊断中以测序为基础的应用开发。 10月，罗氏宣布关闭454生命科学测序业务，并裁掉约100名员工。想当年，454首推划时代的新一代测序仪，被Nature杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序的先河。然而，近年来，随着其他测序技术的发展，454仪器被排挤到研究边缘。最新上市的测序仪（如Illumina的MiSeq和Life Technologies的Ion Torrent系统）更是对454技术带来沉重的打击。 关闭454业务，罗氏表示将成立一个专门的部门，关注测序产品。该部门将负责实施从生命科学研究到临床诊断的测序策略，并发掘内部和外部的机会。据这一部分的负责人Dan Zabrowski介绍，他们将完全致力于生命科学业务，这一决定对其业务或客户没有任何影响。[详细] 纳米孔测序仪启动早期试用计划 2013年1月，Nature Methods杂志介绍了2013年值得关注的技术，其中包括纳米孔测序仪（Disruptive nanopores）。在介绍纳米孔测序仪时，Nature Methods使用了“颠覆性（disruptive）“一词来形容。 Oxford Nanopore Technologies公司在2012基因组生物学技术进展年会（AGBT）上宣布推出第一款商业化的纳米孔测序仪，引起了科学界的极大关注。但随后Oxford Nanopore陷入沉寂，一年之后，终于有新消息宣布了，2013年11月，该公司亮相美国人类遗传学协会的年会（ASHG），宣布当月底启动MinION测序仪的早期试用计划。 MinION是便携式的测序系统，这款仪器体积很小，即插即用，有望带来更广泛的测序应用。Oxford Nanopore还有一款通量更高的测序仪GridION。 根据这项MinION Access计划，参与者将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。而参与者须支付1,000美元的押金和运费。Oxford Nanopore还将为早期试用用户定期提供足够的流动槽，以实现系统的频繁使用，只收取运费。参与者也可以额外购买流动槽，价格为每个999美元外加运费和税。此外，公司也将为用户提供样品制备试剂盒，不过用户也可选择开发自己的样品制备和分析方法。[详细] 测序技术发展过快？基因组学千万大奖告吹 2013年8月，X奖基金会的主席兼CEO Peter Diamandis宣布了关闭竞赛的决定。他表示，这是因为如今每个基因组的测序费用不到5,000美元，并能在几天内完成。“我们认为竞赛不能激励技术改变，而这一目标正是我们的主席Craig Venter博士、我们的赞助商Stewart and Marilyn Blusson以及X奖委员会的初衷。基于这一理由，我们决定有史以来第一次取消X奖。” 基因组学X奖于2006年启动，旨在刺激测序创新，其目标是在10天内对100个人类基因组进行测序，每个基因组的费用控制在1万美元以下。之后，目标调整为对100个百岁老人进行测序，以便创建出医疗级别的基因组。参赛队伍被要求在30天内完成测序，且每个基因组的测序费用控制在1,000美元或以下。此外，还有准确性和完整性方面的要求。 参赛队伍的正式招募从2011年11月开始。2012年7月，Life Technologies成为第一支正式报名参赛的队伍。三个月后，哈佛大学Wyss研究所George Church 领导的队伍加入。然而，到2013年5月31日报名截止时，也仍然只有这两支队伍。不过，发言人表示，取消竞赛的决定与参赛人数无关。[详细] 除了这些巨头外，2013年还有一些小公司也有抢眼表现，在此就不一一赘述。2014年已经来临。《福布斯》杂志曾预测称，DNA测序技术有可能会启动一个1000亿美元规模的潜在市场。从过往的几年中，这一点我们已经可见端倪。虽然受到经济影响，生命科学领域的兼并与收购没有往年频繁，但是行业领袖级公司的发展还是处于加速状态。2014年，让我们期待测序市场更多精彩的表现吧。 |
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