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[置顶] 已发表的文章
2013-6-15 22:10:38 阅读5423 评论8 152013/06 June15
已发表的小文章，欢迎大家引用，批评，指正！
2017:
Xueqin Wang, Xiaying Ye, Lei Zhao, Dezhu Li§, Zhenhua Guo§ , Huifu Zhuang (2017), Genome-wide RAD sequencing data provide unprecedented resolution of the phylogeny of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae), Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-017-11367-x
2016:
Development of a universal and simplified ddRAD library preparation approach for SNP discovery and genotyping in angiosperm plants. (plant methods, IF 3.449)
Guo-Qian Yang, Yun-Mei Chen, Jin-Peng Wang, Cen Guo, Lei Zhao, Xiao-Yan Wang, Ying Guo, Li Li, De-Zhu Li§ and Zhen-Hua Guo§
2017:
Xueqin Wang, Xiaying Ye, Lei Zhao, Dezhu Li§, Zhenhua Guo§ , Huifu Zhuang (2017), Genome-wide RAD sequencing data provide unprecedented resolution of the phylogeny of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae), Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-017-11367-x
2016:
Development of a universal and simplified ddRAD library preparation approach for SNP discovery and genotyping in angiosperm plants. (plant methods, IF 3.449)
Guo-Qian Yang, Yun-Mei Chen, Jin-Peng Wang, Cen Guo, Lei Zhao, Xiao-Yan Wang, Ying Guo, Li Li, De-Zhu Li§ and Zhen-Hua Guo§
[置顶] 【转】计算生物学/生物信息学的未来是什么？
2012-8-8 22:33:02 阅读5960 评论14 82012/08 Aug8
1 基因的结构和功能确定。给定一条序列，如果能够找到与其相似度高的同源序列，那么它的结构和功能就差不多可以确定了。这个过程涉及到多序列比对和相似性搜 索。如果没法找到与之相似度高的序列，则需要考虑复杂一点的搜索技术，如基于profile的搜索和比对，或者寻找与之部分结构如结构域/motif相似 的序列，这类似于结构预测中的threading过程。如果这两步都搞不定，那么只能通过从头预测该序列的结构了，不过在实际应用中很不准。
2 序列信息的挖掘，如序列中aa组成，motif的发现等等
3 进化分析。这也是一个很大的领域，包括很多方向，如计算分子进化。从序列出发，去拟合最好的进化模型和参数，这就是计算分子进化。此外，基因组进化分析能够得到一些进化的规律，但是要系统的理解生物的进化还需要依赖于系统的思路。
4 组学的工作，如转录组，代谢组，蛋白组学等等。这类工作涉及的是网络分析。基于大规模的实验数据，通过网络分析可以从系统的水平上得到对于某个生物学过程更好的理解。这是生物学发展的趋势。
5 基因型到表型的mapping。如现在很热的GWAS研究，基于序列的抗原表位预测，或者基于分子marker的疾病预测模型等等
生物信息学的大部分还是要结合实验生物，这是这个学科注定的结局。
本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-497902.html
2 序列信息的挖掘，如序列中aa组成，motif的发现等等
3 进化分析。这也是一个很大的领域，包括很多方向，如计算分子进化。从序列出发，去拟合最好的进化模型和参数，这就是计算分子进化。此外，基因组进化分析能够得到一些进化的规律，但是要系统的理解生物的进化还需要依赖于系统的思路。
4 组学的工作，如转录组，代谢组，蛋白组学等等。这类工作涉及的是网络分析。基于大规模的实验数据，通过网络分析可以从系统的水平上得到对于某个生物学过程更好的理解。这是生物学发展的趋势。
5 基因型到表型的mapping。如现在很热的GWAS研究，基于序列的抗原表位预测，或者基于分子marker的疾病预测模型等等
生物信息学的大部分还是要结合实验生物，这是这个学科注定的结局。
本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-497902.html
植物群体基因组进化
2018-1-25 11:57:16 阅读2365 评论0 252018/01 Jan25
生命现象的最基本性质是其可随时间进程而动态变化。一个生命个体会随着时间而出现、成长、成熟、生殖后代、衰老和死亡，这个过程叫个体发育（ontology）过程；对于无数具有某种共同特征的个体，称之为类群，类群的单位可以是物种、属、科或更高的生物分类单位。植物界的演化就是植物界各类群的发生和发展。就植物界而言，存在着最早出现的菌藻类和后来发生的苔藓类、蕨类和种子植物等不同的重大演化级别。一个演化级别向另一个演化级别的跃变需要数以亿年的历史。
群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科。进化是群体遗传组成发生变化的过程。可遗传的变异是生物进化的原始材料，可遗传的变异主要来自基因突变、基因重组和染色体变异。在生物进化理论中，常将基因突变和染色体变异统称为突变。种群中产生的变异是不定向的，经过长期的自然选择，其中的不利变异被不断淘汰，有利变异则逐渐积累，从而使种群的基因频率发生定向的改变，导致生物朝着一定的方向缓慢地进化。
根据生物进化研究的尺度，可以将进化区分为微观进化和宏观进化。微观进化是研究一个种群内等位基因频率的小规模改变，其中导致这种改变的原因包括突变、自然选择、基因迁移、遗传漂变和非随机杂交等。分子进化研究是微观进化领域一个比较成熟的领域。宏观进化是研究物种水平上的改变，侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异，通常在人的视野范围内可以被观测到，主要研究一般集中在物种形成和物种表型变化。
植物群体基因组
群体基因组学是群体遗传学一种新的表现形式，它的狭义概念是将基因组概念和技术与群体遗传学理论体系相结合，通过覆盖全基因
群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科。进化是群体遗传组成发生变化的过程。可遗传的变异是生物进化的原始材料，可遗传的变异主要来自基因突变、基因重组和染色体变异。在生物进化理论中，常将基因突变和染色体变异统称为突变。种群中产生的变异是不定向的，经过长期的自然选择，其中的不利变异被不断淘汰，有利变异则逐渐积累，从而使种群的基因频率发生定向的改变，导致生物朝着一定的方向缓慢地进化。
根据生物进化研究的尺度，可以将进化区分为微观进化和宏观进化。微观进化是研究一个种群内等位基因频率的小规模改变，其中导致这种改变的原因包括突变、自然选择、基因迁移、遗传漂变和非随机杂交等。分子进化研究是微观进化领域一个比较成熟的领域。宏观进化是研究物种水平上的改变，侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异，通常在人的视野范围内可以被观测到，主要研究一般集中在物种形成和物种表型变化。
植物群体基因组
群体基因组学是群体遗传学一种新的表现形式，它的狭义概念是将基因组概念和技术与群体遗传学理论体系相结合，通过覆盖全基因
比较基因组学方法揭示大熊猫和小熊猫趋同演化遗传学机制
2017-4-7 8:33:36 阅读2387 评论0 72017/04 Apr7
2017年1月17日，国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》杂志在线发表了中国科学院动物研究所魏辅文研究组的一篇研究论文，研究人员应用比较基因组学方法揭示了大熊猫和小熊猫趋同演化的遗传学机制。胡义波和吴琦副研究员、博士生马帅和马天笑为论文的共同第一作者，魏辅文研究员为通讯作者。
趋同演化是演化生物学研究的热点问题，是指两个或多个系统发育关系较远的物种，演化出相同或相似的表型性状以适应相似的环境选择压力。尽管自然界中存在很多趋同演化的现象，但关于趋同演化的遗传学机制研究却很少。传统的趋同演化机制研究主要采用候选基因的方法，而随着基因组学的发展，在基因组水平能更加全面深入地揭示趋同演化的遗传学机制。
熊猫和小熊猫属于食肉目不同的科：大熊猫属于熊科、而小熊猫属于鼬超科中的小熊猫科，二者分歧已有4000多万年。尽管其系统发育关系较远，它们却演化出相同的食竹食性，低营养、高纤维的竹子占其食物组成的90%以上;更为有趣的是，这两种熊猫的前掌还演化出一个特殊的结构——伪拇指，以帮助抓握竹子，是适应性演化和趋同演化的经典案例
趋同演化是演化生物学研究的热点问题，是指两个或多个系统发育关系较远的物种，演化出相同或相似的表型性状以适应相似的环境选择压力。尽管自然界中存在很多趋同演化的现象，但关于趋同演化的遗传学机制研究却很少。传统的趋同演化机制研究主要采用候选基因的方法，而随着基因组学的发展，在基因组水平能更加全面深入地揭示趋同演化的遗传学机制。
熊猫和小熊猫属于食肉目不同的科：大熊猫属于熊科、而小熊猫属于鼬超科中的小熊猫科，二者分歧已有4000多万年。尽管其系统发育关系较远，它们却演化出相同的食竹食性，低营养、高纤维的竹子占其食物组成的90%以上;更为有趣的是，这两种熊猫的前掌还演化出一个特殊的结构——伪拇指，以帮助抓握竹子，是适应性演化和趋同演化的经典案例
蔷薇科果实演化研究
2016-12-7 11:15:44 阅读2068 评论0 72016/12 Dec7
国际进化生物学顶尖期刊发表项俊教授团队合作研究成果
11月17日，国际进化生物学领域顶尖期刊Molecular Biology Evolution《分子生物学与进化》（2015年影响因子为13.649）在线刊发了项俊教授团队与复旦大学马红教授团队合作的最新研究成果：Evoluation of Rosaceae fruit types based on nuclear phylogeny in the context of geological times and genome duplication（基于核基因系统发育及分子钟与全基因加倍分析的蔷薇科果实演化研究，Mol Biol Evol (2016) doi: 10.1093/molbev/msw242）。
该研究通过分析蔷薇科125个物种（代表了98%物种）的转录组与基因组信息，构建了一个高支持率的蔷薇科系统进化树；基于新的进化树，进行了蔷薇科果实形态性状的祖征分析，清晰地给出了蔷薇科植物果实的起源与进化路线图；通过大规模的基因家族分析基因序列分析结果，证明全基因组加倍是蔷薇科植物形态和果实演化的重要动力；分子钟的分析进一步明晰了蔷薇科祖先起源的年代和分化的时间。本研究将蔷薇科开拓为利用分子生物学研究果实进化的优良体系，对人们理解开花植物进化及果树种质改良具有重要的指导意义。该成果被国际知名科学网站EurekAlert-AAAS及Scienmag等专栏评论并推荐。
评论链接：
11月17日，国际进化生物学领域顶尖期刊Molecular Biology Evolution《分子生物学与进化》（2015年影响因子为13.649）在线刊发了项俊教授团队与复旦大学马红教授团队合作的最新研究成果：Evoluation of Rosaceae fruit types based on nuclear phylogeny in the context of geological times and genome duplication（基于核基因系统发育及分子钟与全基因加倍分析的蔷薇科果实演化研究，Mol Biol Evol (2016) doi: 10.1093/molbev/msw242）。
该研究通过分析蔷薇科125个物种（代表了98%物种）的转录组与基因组信息，构建了一个高支持率的蔷薇科系统进化树；基于新的进化树，进行了蔷薇科果实形态性状的祖征分析，清晰地给出了蔷薇科植物果实的起源与进化路线图；通过大规模的基因家族分析基因序列分析结果，证明全基因组加倍是蔷薇科植物形态和果实演化的重要动力；分子钟的分析进一步明晰了蔷薇科祖先起源的年代和分化的时间。本研究将蔷薇科开拓为利用分子生物学研究果实进化的优良体系，对人们理解开花植物进化及果树种质改良具有重要的指导意义。该成果被国际知名科学网站EurekAlert-AAAS及Scienmag等专栏评论并推荐。
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