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· [置顶] 国内外-系统生物学与生物信息学 大牛人物【慢慢补充】
· 【转】linux shell 自定义函数(定义、返回值、变量作用域）介绍
[置顶] 国内生物信息学领域科学家
2009-11-28 10:11:33 阅读951 评论6 282009/11 Nov28
国内生物信息学领域权威：
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*. 陈润生：是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文，算是我的启蒙老师吧。
http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html
*. 罗静初:北京大学生物信息中心教授，博士生导师，欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人，英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生，1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89 赴美国马里兰大学进修访问，从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究，从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985，以及自
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*. 陈润生：是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文，算是我的启蒙老师吧。
http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html
*. 罗静初:北京大学生物信息中心教授，博士生导师，欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人，英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生，1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89 赴美国马里兰大学进修访问，从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究，从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985，以及自
[置顶] 国内外-系统生物学与生物信息学 大牛人物【慢慢补充】
2011-1-14 15:51:20 阅读2090 评论7 142011/01 Jan14
http://fancymindchaos.com/blog/archives/231
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人，追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了，看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西，他很有商业头脑，diagnostic是一个利润非常大的领域，ISB站在前端。。。
类似的还有
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人，追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了，看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西，他很有商业头脑，diagnostic是一个利润非常大的领域，ISB站在前端。。。
类似的还有
【转】linux shell 自定义函数(定义、返回值、变量作用域）介绍
2012-5-16 15:56:24 阅读1 评论0 162012/05 May16
linux shell 自定义函数(定义、返回值、变量作用域）介绍
linux shell 可以用户定义函数，然后在shell脚本中可以随便调用。下面说说它的定义方法，以及调用需要注意那些事项。
一、定义shell函数(define function)
语法：
[ function ] funname [()]
{
action;
[return int;]
}
说明：
1、可以带function fun() 定义，也可以直接fun() 定义,不带任何参数。
2、参数返回，可以显示加：return 返回，如果不加，将以最后一条命令运行结果，作为返回值。 return后跟数值n(0-255
实例（testfun1.sh）：
?
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
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#!/bin/sh
fSum 3 2;
function fSum()
{
echo $1,$2;
return $(($1+$2));
}
fSum 5 7;
total=$(fSum 3 2);
echo $total,$?;
sh testfun1.sh
testfun1.sh: line 3: fSum: command not found
5,7
3,2
linux shell 可以用户定义函数，然后在shell脚本中可以随便调用。下面说说它的定义方法，以及调用需要注意那些事项。
一、定义shell函数(define function)
语法：
[ function ] funname [()]
{
action;
[return int;]
}
说明：
1、可以带function fun() 定义，也可以直接fun() 定义,不带任何参数。
2、参数返回，可以显示加：return 返回，如果不加，将以最后一条命令运行结果，作为返回值。 return后跟数值n(0-255
实例（testfun1.sh）：
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#!/bin/sh
fSum 3 2;
function fSum()
{
echo $1,$2;
return $(($1+$2));
}
fSum 5 7;
total=$(fSum 3 2);
echo $total,$?;
sh testfun1.sh
testfun1.sh: line 3: fSum: command not found
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【转】Linux Shell 通配符、元字符、转义符使用实例介绍
2012-5-16 15:55:25 阅读1 评论0 162012/05 May16
Linux Shell 通配符、元字符、转义符使用实例介绍
说到shell通配符（wildcard），大家在使用时候会经常用到。下面是一个实例：
?
1
?
1
2
3
4
[chengmo@localhost ~/shell]$ ls
a.txt b.txt c.old
#2
?
1
2
3
4
[chengmo@localhost ~/shell]$ ls *.txt
a.txt b.txt
#3
?
1
2
[chengmo@localhost ~/shell]$ ls d*.txt
ls: 无法访问 d*.txt: 没有那个文件或目录
从上面这个实例，不知道大家有没有发现问题呢。我们先了解一下，通配符相关知识，再分析下这个实例吧。
一、linux shell通配符(wildcard)
通配符是由shell处理的（不是由所涉及到命令语句处理的，其实我们在shell各个命令中也没有发现有这些通配符介绍）, 它只会出现在 命令的“参数”里（它不用在 命令名称里， 也不用在 操作符上）。当shell在“参数”中遇到了通配符时，shell会将其当作路径或文件名去在磁盘上搜寻可能的匹配：若符合要求的匹配存在，则进行代换(路径扩展)；否则就将该通配符作为一个普通字符传递给“命令”，然后再由命令进行处理。总之，通配符 实际上就是一种shell实现的路径扩展功能。在 通配符被处理后, shell会先完成该命令的重组，然后再继续处理重组后的命令，直至执行该命令。
我们回过头分析上面命令吧：在第2个命令中，*.txt 实际shell搜索文件,找到了符合条件的文件，命令会变成：ls a.txt b.txt ,实际在执行ls 时候传给它的是a.txt b.txt .
说到shell通配符（wildcard），大家在使用时候会经常用到。下面是一个实例：
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[chengmo@localhost ~/shell]$ ls
a.txt b.txt c.old
#2
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[chengmo@localhost ~/shell]$ ls *.txt
a.txt b.txt
#3
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1
2
[chengmo@localhost ~/shell]$ ls d*.txt
ls: 无法访问 d*.txt: 没有那个文件或目录
从上面这个实例，不知道大家有没有发现问题呢。我们先了解一下，通配符相关知识，再分析下这个实例吧。
一、linux shell通配符(wildcard)
通配符是由shell处理的（不是由所涉及到命令语句处理的，其实我们在shell各个命令中也没有发现有这些通配符介绍）, 它只会出现在 命令的“参数”里（它不用在 命令名称里， 也不用在 操作符上）。当shell在“参数”中遇到了通配符时，shell会将其当作路径或文件名去在磁盘上搜寻可能的匹配：若符合要求的匹配存在，则进行代换(路径扩展)；否则就将该通配符作为一个普通字符传递给“命令”，然后再由命令进行处理。总之，通配符 实际上就是一种shell实现的路径扩展功能。在 通配符被处理后, shell会先完成该命令的重组，然后再继续处理重组后的命令，直至执行该命令。
我们回过头分析上面命令吧：在第2个命令中，*.txt 实际shell搜索文件,找到了符合条件的文件，命令会变成：ls a.txt b.txt ,实际在执行ls 时候传给它的是a.txt b.txt .
linux shell 流程控制（条件if,循环【for,while】,选择【case】语句实例
2012-5-16 15:47:35 阅读1 评论0 162012/05 May16
http://www.cnblogs.com/chengmo/archive/2010/10/14/1851434.html
linux shell有一套自己的流程控制语句，其中包括条件语句(if)，循环语句(for,while)，选择语句(case)。下面我将通过例子介绍下，各个语句使用方法。
一、shell条件语句（if用法）
if语句结构[if/then/elif/else/fi]
if 条件测试语句
then
action
[elif 条件
action
else
action
]
fi
如果对于：条件测试语句不是很清楚，可以参考：linux shell 逻辑运算符、逻辑表达式详解
shell命令，可以按照分号分割，也可以按照换行符分割。如果想一行写入多个命令，可以通过“';”分割。
如：
[chengmo@centos5 ~]$ a=5;if [[ a -gt 4 ]] ;then echo
linux shell有一套自己的流程控制语句，其中包括条件语句(if)，循环语句(for,while)，选择语句(case)。下面我将通过例子介绍下，各个语句使用方法。
一、shell条件语句（if用法）
if语句结构[if/then/elif/else/fi]
if 条件测试语句
then
action
[elif 条件
action
else
action
]
fi
如果对于：条件测试语句不是很清楚，可以参考：linux shell 逻辑运算符、逻辑表达式详解
shell命令，可以按照分号分割，也可以按照换行符分割。如果想一行写入多个命令，可以通过“';”分割。
如：
[chengmo@centos5 ~]$ a=5;if [[ a -gt 4 ]] ;then echo