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[置顶] 国内生物信息学领域科学家
2009-11-28 10:11:33 阅读757 评论6 282009/11 Nov28
国内生物信息学领域权威：
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*. 陈润生：是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文，算是我的启蒙老师吧。
http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html
*. 罗静初:北京大学生物信息中心教授，博士生导师，欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人，英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生，1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89 赴美国马里兰大学进修访问，从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究，从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985，以及自
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*. 陈润生：是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文，算是我的启蒙老师吧。
http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html
*. 罗静初:北京大学生物信息中心教授，博士生导师，欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人，英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生，1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89 赴美国马里兰大学进修访问，从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究，从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985，以及自
[置顶] 国内外-系统生物学与生物信息学 大牛人物【慢慢补充】
2011-1-14 15:51:20 阅读1637 评论5 142011/01 Jan14
http://fancymindchaos.com/blog/archives/231
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人，追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了，看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西，他很有商业头脑，diagnostic是一个利润非常大的领域，ISB站在前端。。。
类似的还有
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人，追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了，看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西，他很有商业头脑，diagnostic是一个利润非常大的领域，ISB站在前端。。。
类似的还有
Mysql启动不了问题
2012-1-25 18:12:42 阅读6 评论0 252012/01 Jan25
在linux下找不到mysql.sock怎么办？
一、
Error: Can't connect to local MySQL server through socket '/var/lib/mysql/mysql.sock' (2)
Errno.: 2002
解决方法一：
因为你还没有启动mysql，当你启动mysql后，mysql.sock就会自动的生成。./bin/safe_mysqld --user=root &(这是默认的）。
如果还没有，就是MYSQL权限没给，或其它原因
解决方法二：
1)默认的mysql.sock文件是在/tmp目录下。
2)我们建立一个软连接，ln -s /tmp/mysql.sock /var/lib/mysql/mysql.sock
二、在重启mysql出现:Timeout error occurred trying to start MySQL Daemon.
[root@linux mysql]# service mysqld start
Timeout error occurred trying to start MySQL Daemon.
Starting MySQL:
一、
Error: Can't connect to local MySQL server through socket '/var/lib/mysql/mysql.sock' (2)
Errno.: 2002
解决方法一：
因为你还没有启动mysql，当你启动mysql后，mysql.sock就会自动的生成。./bin/safe_mysqld --user=root &(这是默认的）。
如果还没有，就是MYSQL权限没给，或其它原因
解决方法二：
1)默认的mysql.sock文件是在/tmp目录下。
2)我们建立一个软连接，ln -s /tmp/mysql.sock /var/lib/mysql/mysql.sock
二、在重启mysql出现:Timeout error occurred trying to start MySQL Daemon.
[root@linux mysql]# service mysqld start
Timeout error occurred trying to start MySQL Daemon.
Starting MySQL:
Linux下MySQL的使用
2012-1-25 15:47:21 阅读8 评论0 252012/01 Jan25
操作系统：CentOS 5.5
（1）安装MySQL
在该操作系统上安装MySQL最方便的方法是使用yum进行安装：
[root@localhost yum.repos.d]# yum install mysql-server(有时网络比较慢的话，会花费较多的时间，如何配置本地yum源的方法，我将在另一篇blog上做详细的介绍)
（2）查看MySQL是否启动
安装完MySQL以后，可以查看一下当前mysql是否已经启动：
[root@localhost yum.repos.d]# netstat -tl | grep mysql
tcp 0 0 *:mysql *:* LISTEN
如果是像上面这样的输出，说明mysql已经成功启动了。如果没有输出，说明mysql还没有启动。
（3）启动MySQL
可以使用如下命令启动MySQL.
[root@localhost yum.repos.d]# /etc/init.d/mysqld start
（1）安装MySQL
在该操作系统上安装MySQL最方便的方法是使用yum进行安装：
[root@localhost yum.repos.d]# yum install mysql-server(有时网络比较慢的话，会花费较多的时间，如何配置本地yum源的方法，我将在另一篇blog上做详细的介绍)
（2）查看MySQL是否启动
安装完MySQL以后，可以查看一下当前mysql是否已经启动：
[root@localhost yum.repos.d]# netstat -tl | grep mysql
tcp 0 0 *:mysql *:* LISTEN
如果是像上面这样的输出，说明mysql已经成功启动了。如果没有输出，说明mysql还没有启动。
（3）启动MySQL
可以使用如下命令启动MySQL.
[root@localhost yum.repos.d]# /etc/init.d/mysqld start
如何检测与安装perl模块
2012-1-18 21:06:47 阅读9 评论0 182012/01 Jan18
检测PERL模块是否安装
#查看所有的
perldoc perllocal
#查看 Getopt::Long.pm是否安装
perl -MGetopt::Long -e "print\"module installed\n\""
module installed
如何安装perl模块
运行perl脚本时，经常会发现如下类似的错误：
forrest@forrest-desktop:~/study/perl/log4perl$ ./logToScreen.pl
Can't locate Log/Log4perl.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.0 /usr/local/share/perl/5.10.0 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 /usr/local/lib/site_perl .) at ./logToScreen.pl line 3.
BEGIN failed--compilation aborted at ./logToScreen.pl line 3.
这个是因为
use Log::Log4perl;
Log::Log4perl模块没有安装。
forrest@ubuntu:~/study/perl$ ./memcached.pl
#查看所有的
perldoc perllocal
#查看 Getopt::Long.pm是否安装
perl -MGetopt::Long -e "print\"module installed\n\""
module installed
如何安装perl模块
运行perl脚本时，经常会发现如下类似的错误：
forrest@forrest-desktop:~/study/perl/log4perl$ ./logToScreen.pl
Can't locate Log/Log4perl.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.0 /usr/local/share/perl/5.10.0 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 /usr/local/lib/site_perl .) at ./logToScreen.pl line 3.
BEGIN failed--compilation aborted at ./logToScreen.pl line 3.
这个是因为
use Log::Log4perl;
Log::Log4perl模块没有安装。
forrest@ubuntu:~/study/perl$ ./memcached.pl