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[置顶] 已发表的文章
2013-6-15 22:10:38 阅读3521 评论8 152013/06 June15
已发表的小文章，欢迎大家引用，批评，指正！
2017:
Xueqin Wang, Xiaying Ye, Lei Zhao, Dezhu Li§, Zhenhua Guo§ , Huifu Zhuang (2017), Genome-wide RAD sequencing data provide unprecedented resolution of the phylogeny of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae), Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-017-11367-x
2016:
Development of a universal and simplified ddRAD library preparation approach for SNP discovery and genotyping in angiosperm plants. (plant methods, IF 3.449)
Guo-Qian Yang, Yun-Mei Chen, Jin-Peng Wang, Cen Guo, Lei Zhao, Xiao-Yan Wang, Ying Guo, Li Li, De-Zhu Li§ and Zhen-Hua Guo§
2017:
Xueqin Wang, Xiaying Ye, Lei Zhao, Dezhu Li§, Zhenhua Guo§ , Huifu Zhuang (2017), Genome-wide RAD sequencing data provide unprecedented resolution of the phylogeny of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae), Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-017-11367-x
2016:
Development of a universal and simplified ddRAD library preparation approach for SNP discovery and genotyping in angiosperm plants. (plant methods, IF 3.449)
Guo-Qian Yang, Yun-Mei Chen, Jin-Peng Wang, Cen Guo, Lei Zhao, Xiao-Yan Wang, Ying Guo, Li Li, De-Zhu Li§ and Zhen-Hua Guo§
[置顶] 【转】计算生物学/生物信息学的未来是什么？
2012-8-8 22:33:02 阅读4320 评论14 82012/08 Aug8
1 基因的结构和功能确定。给定一条序列，如果能够找到与其相似度高的同源序列，那么它的结构和功能就差不多可以确定了。这个过程涉及到多序列比对和相似性搜 索。如果没法找到与之相似度高的序列，则需要考虑复杂一点的搜索技术，如基于profile的搜索和比对，或者寻找与之部分结构如结构域/motif相似 的序列，这类似于结构预测中的threading过程。如果这两步都搞不定，那么只能通过从头预测该序列的结构了，不过在实际应用中很不准。
2 序列信息的挖掘，如序列中aa组成，motif的发现等等
3 进化分析。这也是一个很大的领域，包括很多方向，如计算分子进化。从序列出发，去拟合最好的进化模型和参数，这就是计算分子进化。此外，基因组进化分析能够得到一些进化的规律，但是要系统的理解生物的进化还需要依赖于系统的思路。
4 组学的工作，如转录组，代谢组，蛋白组学等等。这类工作涉及的是网络分析。基于大规模的实验数据，通过网络分析可以从系统的水平上得到对于某个生物学过程更好的理解。这是生物学发展的趋势。
5 基因型到表型的mapping。如现在很热的GWAS研究，基于序列的抗原表位预测，或者基于分子marker的疾病预测模型等等
生物信息学的大部分还是要结合实验生物，这是这个学科注定的结局。
本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-497902.html
2 序列信息的挖掘，如序列中aa组成，motif的发现等等
3 进化分析。这也是一个很大的领域，包括很多方向，如计算分子进化。从序列出发，去拟合最好的进化模型和参数，这就是计算分子进化。此外，基因组进化分析能够得到一些进化的规律，但是要系统的理解生物的进化还需要依赖于系统的思路。
4 组学的工作，如转录组，代谢组，蛋白组学等等。这类工作涉及的是网络分析。基于大规模的实验数据，通过网络分析可以从系统的水平上得到对于某个生物学过程更好的理解。这是生物学发展的趋势。
5 基因型到表型的mapping。如现在很热的GWAS研究，基于序列的抗原表位预测，或者基于分子marker的疾病预测模型等等
生物信息学的大部分还是要结合实验生物，这是这个学科注定的结局。
本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-497902.html
基因组比对及其变异分析
2018-3-15 15:23:39 阅读32 评论0 152018/03 Mar15
http://blog.csdn.net/tim_st/article/details/78388271
http://starsyi.github.io/2016/05/25/%E5%8F%98%E5%BC%82%E6%A3%80%E6%B5%8B%EF%BC%88BWA-SAMtools-picard-GATK%EF%BC%89/
1.bwa（主要用途a.建立参考基因组索引文件的。b.进行比对）类似的建立索引的软件有bowtie，hisat
http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
2.samtools（主要用途a.排序b.合并c.建立基因组index）
http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/
该软件需要编译安装
3.bcftools（主要用途：view命令来进行SNP和Indel calling，它是samtools中附加的软件）
http://starsyi.github.io/2016/05/25/%E5%8F%98%E5%BC%82%E6%A3%80%E6%B5%8B%EF%BC%88BWA-SAMtools-picard-GATK%EF%BC%89/
1.bwa（主要用途a.建立参考基因组索引文件的。b.进行比对）类似的建立索引的软件有bowtie，hisat
http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
2.samtools（主要用途a.排序b.合并c.建立基因组index）
http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/
该软件需要编译安装
3.bcftools（主要用途：view命令来进行SNP和Indel calling，它是samtools中附加的软件）
植物群体基因组进化
2018-1-25 11:57:16 阅读54 评论0 252018/01 Jan25
生命现象的最基本性质是其可随时间进程而动态变化。一个生命个体会随着时间而出现、成长、成熟、生殖后代、衰老和死亡，这个过程叫个体发育（ontology）过程；对于无数具有某种共同特征的个体，称之为类群，类群的单位可以是物种、属、科或更高的生物分类单位。植物界的演化就是植物界各类群的发生和发展。就植物界而言，存在着最早出现的菌藻类和后来发生的苔藓类、蕨类和种子植物等不同的重大演化级别。一个演化级别向另一个演化级别的跃变需要数以亿年的历史。
群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科。进化是群体遗传组成发生变化的过程。可遗传的变异是生物进化的原始材料，可遗传的变异主要来自基因突变、基因重组和染色体变异。在生物进化理论中，常将基因突变和染色体变异统称为突变。种群中产生的变异是不定向的，经过长期的自然选择，其中的不利变异被不断淘汰，有利变异则逐渐积累，从而使种群的基因频率发生定向的改变，导致生物朝着一定的方向缓慢地进化。
根据生物进化研究的尺度，可以将进化区分为微观进化和宏观进化。微观进化是研究一个种群内等位基因频率的小规模改变，其中导致这种改变的原因包括突变、自然选择、基因迁移、遗传漂变和非随机杂交等。分子进化研究是微观进化领域一个比较成熟的领域。宏观进化是研究物种水平上的改变，侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异，通常在人的视野范围内可以被观测到，主要研究一般集中在物种形成和物种表型变化。
植物群体基因组
群体基因组学是群体遗传学一种新的表现形式，它的狭义概念是将基因组概念和技术与群体遗传学理论体系相结合，通过覆盖全基因
群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科。进化是群体遗传组成发生变化的过程。可遗传的变异是生物进化的原始材料，可遗传的变异主要来自基因突变、基因重组和染色体变异。在生物进化理论中，常将基因突变和染色体变异统称为突变。种群中产生的变异是不定向的，经过长期的自然选择，其中的不利变异被不断淘汰，有利变异则逐渐积累，从而使种群的基因频率发生定向的改变，导致生物朝着一定的方向缓慢地进化。
根据生物进化研究的尺度，可以将进化区分为微观进化和宏观进化。微观进化是研究一个种群内等位基因频率的小规模改变，其中导致这种改变的原因包括突变、自然选择、基因迁移、遗传漂变和非随机杂交等。分子进化研究是微观进化领域一个比较成熟的领域。宏观进化是研究物种水平上的改变，侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异，通常在人的视野范围内可以被观测到，主要研究一般集中在物种形成和物种表型变化。
植物群体基因组
群体基因组学是群体遗传学一种新的表现形式，它的狭义概念是将基因组概念和技术与群体遗传学理论体系相结合，通过覆盖全基因
GO富集分析工具和Pathway富集分析工具
2017-12-13 10:24:10 阅读467 评论0 132017/12 Dec13
http://www.omicshare.com/forum/thread-826-1-2.html
http://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.html
今天在omicshare平台上发现了两个很好的在线工具，也有教程，转载一下。
一、GO富集介绍：
Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总共有三个ontology（本体），分别描述基因的分子功能（molecular function）、细胞组分（cellular component）、参与的生物过程（biological process）。GO的基本单位是term（词条、节点），每个term都对应一个属性。
富集的含义：
每个基因都会对应有一个或多个GO term（也就是GO功能）。
http://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.html
今天在omicshare平台上发现了两个很好的在线工具，也有教程，转载一下。
一、GO富集介绍：
Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总共有三个ontology（本体），分别描述基因的分子功能（molecular function）、细胞组分（cellular component）、参与的生物过程（biological process）。GO的基本单位是term（词条、节点），每个term都对应一个属性。
富集的含义：
每个基因都会对应有一个或多个GO term（也就是GO功能）。