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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
 
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[置顶] 已发表的文章

2013-6-15 22:10:38 阅读3024 评论8 152013/06 June15

已发表的小文章,欢迎大家引用,批评,指正!

2016:

Development of a universal and simplified ddRAD library preparation approach for SNP discovery and genotyping in angiosperm plants. (plant methods, IF 3.449)

Guo-Qian Yang, Yun-Mei Chen, Jin-Peng Wang, Cen Guo, Lei Zhao, Xiao-Yan Wang, Ying Guo, Li Li, De-Zhu Li§ and Zhen-Hua Guo§

http://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-016-0139-1

Phylogenomic Analyses of Large-scale NuclearGenes Provide New Insights into the Evolutionary Relationshipswithin the Rosids. (Molecular Phylogenetics and Evolution, IF 3.9)

作者  | 2013-6-15 22:10:38 | 阅读(3024) |评论(8) | 阅读全文>>

[置顶] 【转】计算生物学/生物信息学的未来是什么?

2012-8-8 22:33:02 阅读3966 评论14 82012/08 Aug8

现在的生物信息学和计算生物学大部分都只是停留 在辅助实验和解释生物学现象上,有一些工作发现了一些生物学规律,很少的工作提出了指导本领域或者整个生物学的发展。难道我们做生物信息学的就只能够当帮 手吗?

当年之所以选择生物信息学完全是受到理论物理学的激励,特别是20世纪上半部分那些理论物理学大师们就像战场上的英雄,他们所向披靡不可 战胜,把所有的障碍推掉之后呈现给物理学的是一片广袤的疆域。每每读起这段历史我都会心潮澎湃,真想把自己也变成这样的英雄。可是做了几年的生物信息学发 现自己似乎没有成为英雄的希望,这对我的打击是相当大的。我做理论生物学不就是想提出新理论指导生物学的发展吗?结果却成了实验生物学的打杂工。我想知道 为什么会这样。

生物信息学和理论物理学好像有较大的差别。以我的孤陋寡闻,生物信息学可以包括下面的一些工作:

1 基因的结构和功能确定。给定一条序列,如果能够找到与其相似度高的同源序列,那么它的结构和功能就差不多可以确定了。这个过程涉及到多序列比对和相似性搜 索。如果没法找到与之相似度高的序列,则需要考虑复杂一点的搜索技术,如基于profile的搜索和比对,或者寻找与之部分结构如结构域/motif相似 的序列,这类似于结构预测中的threading过程。如果这两步都搞不定,那么只能通过从头预测该序列的结构了,不过在实际应用中很不准。

2 序列信息的挖掘,如序列中aa组成,motif的发现等等

3 进化分析。这也是一个很大的领域,包括很多方向,如计算分子进化。从序列出发,去拟合最好的进化模型和参数,

作者  | 2012-8-8 22:33:02 | 阅读(3966) |评论(14) | 阅读全文>>

http://fancymindchaos.com/blog/archives/231

这个推荐给以后想做系统生物学的同学,大概是我这两年半的时间里,看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路,但是会有几个比较有前途的方向,list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人,当然系统生物学并不是一个新的学科,只是系统生物学这个名词出现于1999年左右,因为目前深入到分子水平以后,生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段,有很多人提出了很多种观点和研究方法,也有很多人风光一时,但是后来又被时代的马车抛弃了。

鉴于我水平有限,这个只是介绍一下我知道的一些实验室,大部分是通过读文章了解的,所以应该也比较有限,也许会涉及到一些Synthetic Biology的,不会太多。

Leroy Hood@ISB

此人就是第一个系统生物学研究所的所长,现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人,追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了,看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西,他很有商业头脑,diagnostic是一个利润非常大的领域,ISB站在前端。。。

类似的还有

作者  | 2011-1-14 15:51:20 | 阅读(14515) |评论(8) | 阅读全文>>

[置顶] 国内生物信息学领域科学家

2009-11-28 10:11:33 阅读10206 评论9 282009/11 Nov28

国内生物信息学领域权威:

----------------------------------------------------------------

*. 陈润生:是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究,曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识,曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇,自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文,算是我的启蒙老师吧。

http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html

*. 罗静初:北京大学生物信息中心教授,博士生导师,欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人,英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生,1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89 赴美国马里兰大学进修访问,从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究,从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985,以及自

作者  | 2009-11-28 10:11:33 | 阅读(10206) |评论(9) | 阅读全文>>

NCBI的blast+软件使用说明书

2017-1-17 12:53:36 阅读55 评论0 172017/01 Jan17

2009年7月,NCBI发布了BLAST升级版——BLAST+,BLAST+使用了BLAST的核心算法,延 续了BLAST的优势功能,发展并增强了如BLAST的fastacmd程序,新增了如update_blastdb.pl等 程序。下面简单列举此次修改的主要内容:

高度模块化是本次修改的主要目标,不仅从理论上,更是从代码上明 确模块化了BLAST的三个过程:setup, scanning, trace-back。选择的ISO C99标准,使得源代码可以同时被c以及c++使用,不需要做任何修改。Database mask:之前的版本 需要第三方软件如RepeatMasker来mask数据库,c现在内置了WindowMasker和DUST来进行重复序列过滤。使 用Query split, Partial subject sequence retrieval以及Retrieving subject sequences from an arbitrary source等策略来提高长序列(如染色体序列)的比对效率,有效的降低了CPU时 间,充分使用了一、二级缓存。全新的命令行参数使用方式,添加了长字符串作为参数的支持,如-out,而不是以前的-o,关 于每一个程序其具体的命令行参数,可以通过添加-help参数来查阅。分离blastn, blastp, blastx等作为独立的程序以替代之前的blastall -p blastn模式。makeblastdb, blastdb_aliastool, blastdbcmd三个程序都和数据库有关,增强了数据库方面的处理。添加

作者  | 2017-1-17 12:53:36 | 阅读(55) |评论(0) | 阅读全文>>

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