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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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转录组的分析  

2013-12-16 08:46:54|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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转录组的分析


说起转录组的数据分析,Bowtie+Tophat+Cufflinks+CummeRbund策略无疑是当今最权威的标准化流程之一。

 

2012年,Nature Protocols上发表了一篇关于转录组的标准化分析流程,从此以后,该流程成为了转录组世界的权威分析标准。开发该流程的团队是何许人也呢?

 Cole Trapnell, Adam Roberts, Loyal Goff, Geo Pertea, Daehwan Kim, David R Kelley, Harold Pimentel, Steven L Salzberg, John L Rinn, Lior Pachter, "Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks", Nature Protocols

经我们一查出处,原来该流程的开发团队是来自Broad Institute强大的生物信息分析团队,从这张图我们能够看出来,开发该流程的核心人物,其实正是Cole Trapnell本人。http://www.broadinstitute.org/~cole/

其实这套标准化流程最大的亮点在于,从拿到测序仪的原始数据开始,一直到能够生成直接发表文章的图,每一步都给出了很好的解决方案,正是这种一体化的方案,让Trapnell的团队在转录组的分析世界里面稳稳占住了一角。


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