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转录组的分析

2013-12-16 08:46:54| 分类：生物信息学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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转录组的分析

说起转录组的数据分析，Bowtie+Tophat+Cufflinks+CummeRbund策略无疑是当今最权威的标准化流程之一。

2012年，Nature Protocols上发表了一篇关于转录组的标准化分析流程，从此以后，该流程成为了转录组世界的权威分析标准。开发该流程的团队是何许人也呢？

Cole Trapnell, Adam Roberts, Loyal Goff, Geo Pertea, Daehwan Kim, David R Kelley, Harold Pimentel, Steven L Salzberg, John L Rinn, Lior Pachter, "Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks", Nature Protocols

经我们一查出处，原来该流程的开发团队是来自Broad Institute强大的生物信息分析团队，从这张图我们能够看出来，开发该流程的核心人物，其实正是Cole Trapnell本人。http://www.broadinstitute.org/~cole/

其实这套标准化流程最大的亮点在于，从拿到测序仪的原始数据开始，一直到能够生成直接发表文章的图，每一步都给出了很好的解决方案，正是这种一体化的方案，让Trapnell的团队在转录组的分析世界里面稳稳占住了一角。

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