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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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安装Linux下Lapack  

2011-07-04 18:10:02|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://blog.163.com/wanghui_jl@126/blog/static/2543734720082241046315/

下载最新的lapack包
http://www.netlib.org/lapack/
安装lapack

1) gzip –cd lapack-3.1.1.tgz | tar xf -

2) cd lapack-3.1.1

3) cp make.inc.example make.inc

4) gedit make.inc

         

. . . . . . . . . 
FORTRAN  = g77
OPTS     = -funroll-all-loops -O3
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    =
LOADER   = g77
LOADOPTS =
. . . . . . . . .


   

修改成:

      


. . . . . . . . . 
FORTRAN  = gfortran
OPTS     = -funroll-all-loops -O3 -fPIC  -msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize -g
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    =
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
. . . . . . . . .

    

保存

     

5) gedit Makefile

如果之前没安装blas:

   


include make.inc
 
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
 
lib: lapacklib tmglib
#lib: blaslib lapacklib tmglib
 
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .


    

修改成:

  


include make.inc
 
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
 
#lib: lapacklib tmglib
lib: blaslib lapacklib tmglib
 
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .


  

保存

   

6) make

7) 复制blas_LINUX.a   lapack_LINUX.a和tmglib_LINUX.a则三个文件到/usr/lib和/usr/local/lib两个文件夹中,并改名为:libblas.a   liblapack.a和libtmglib.a


-------------------------

用glibc的命令ldd就能知道程序是否动态连接的。

默认产生静态库即: 后缀.a 的库文件。动态库为后缀为 .so的文件

产生blas动态库要改动两处,一处是make.inc中给编译器加fPIC命令行参数,另一处是在makefile中修改制造库的命令,制造动态库是使用gcc,而制造静态库是ar命令。

-------------------------
make.inc
我给楼上再补充一句,改成: 
OPTS     = -funroll-all-loops -O3 -msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize -g

加上-msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize让gfortran编译成矢量sse代码而不是x87,速度甚至能提高50%;加上-g便于调试。

如果不是gfortran而是ifort,使用xP选项可达到同样的目的

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