云之南

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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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安装Linux下Lapack

2011-07-04 18:10:02| 分类： linux&shell | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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下载最新的lapack包
http://www.netlib.org/lapack/
安装lapack

1) gzip –cd lapack-3.1.1.tgz | tar xf -

2) cd lapack-3.1.1

3) cp make.inc.example make.inc

4) gedit make.inc



. . . . . . . . .
FORTRAN  = g77
OPTS     = -funroll-all-loops -O3
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    =
LOADER   = g77
LOADOPTS =
. . . . . . . . .



修改成：



. . . . . . . . .
FORTRAN  = gfortran
OPTS     = -funroll-all-loops -O3 -fPIC  -msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize -g
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    =
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
. . . . . . . . .



保存



5) gedit Makefile

如果之前没安装blas:



include make.inc

all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing

lib: lapacklib tmglib
#lib: blaslib lapacklib tmglib

clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .



修改成：



include make.inc

all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing

#lib: lapacklib tmglib
lib: blaslib lapacklib tmglib

clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .



保存



6) make

7) 复制blas_LINUX.a   lapack_LINUX.a和tmglib_LINUX.a则三个文件到/usr/lib和/usr/local/lib两个文件夹中，并改名为：libblas.a   liblapack.a和libtmglib.a

-------------------------

用glibc的命令ldd就能知道程序是否动态连接的。

默认产生静态库即：后缀.a 的库文件。动态库为后缀为 .so的文件

产生blas动态库要改动两处，一处是make.inc中给编译器加fPIC命令行参数，另一处是在makefile中修改制造库的命令，制造动态库是使用gcc，而制造静态库是ar命令。

-------------------------
make.inc
我给楼上再补充一句，改成：
OPTS = -funroll-all-loops -O3 -msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize -g

加上-msse2 -mfpmath=sse -ftree-vectorize让gfortran编译成矢量sse代码而不是x87，速度甚至能提高50%；加上-g便于调试。

如果不是gfortran而是ifort，使用xP选项可达到同样的目的

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