以下是从网上收集的从perl中调用R的方法：
1 直接用system（）命令
比如有个test.R程序，可以通过下面的方式调用：
system("R <test.R --vanilla")
或者用R语言的 Rscript调用，在../bin目录下面。
2 安装模块RSperl
该模块的具体介绍
http://www.omegahat.org/RSPerl/安装过程如下：
tar zxf RSPerl_0.9-0.tar.gz
R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl
cd RSPerl/src
make -f Makefile.perl install
设置环境变量：
$R_LIBS：设置需要的R的包的位置，默认是$R_HOME/library/。
$PERL5LIB：设置需要的perl包（R.pm，RReferences.pm，R.so）的位置。
RSPerl/scripts /目录里提供了两个设置环境变量的shell命令文件，可以直接使用：source RSPerl/scripts/RSPerl.csh
3 使用perl中的module Statistics::R
(转自http://cos.name/bbs/simple/index.php?t16122.html)
用Statistics::R ，既可适用于Win32平台，也可在Linux 中使用。
不过Win32平台安装模块要在cmd命令行中使用cpan进行安装，而ActivePerl的PPM找不到安装模块。
模块有一共有四个：Statistics::R
Statistics::R::Bridge
Statistics::R::Bridge::Win32
Statistics::R::Bridge::pipe
不过好像先安装第二个，再安装第一个，后边2个好像会自动安装（我装的时候没注意，反正用cpan再装多一次也无防）
以下是一个在Win32平台的示例：输出一个矩阵及打印输出矩阵的行例数：
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;
my $R = Statistics::R->new() ;
$R->startR ;
$R->send(qq`A=rbind(c(76.0, 91.5, 85.5, 82.5, 79.0, 80.5, 74.5,79.0, 85.0, 76.5, 82.0, 95.0, 92.5), \n
c(50, 20, 20, 30, 30, 50, 60, 50, 40, 55,40, 40, 20), \n
c(120, 141, 124, 126, 117, 125, 123, 125,132, 123, 132, 155, 147)) \n`) ;
$R->send(qq`ncol=ncol(A);nrow=nrow(A) \n print(paste("矩阵A是",nrow,"行",ncol,"例矩阵",sep="")) `);
my $ret = $R->read;
print $ret,"\n";
$R->send(qq`print(A)`);
my $ret = $R->read;
print $ret;
$R->stopR();
#注：$R->read只能读取到R最后一次的输出信息，所以R每输出一次信息就需调用一次$R->read，然后将其结果用print在perl中打印输出
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输出结果为：
[1] "矩阵A是3行13例矩阵"
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] 76 91.5 85.5 82.5 79 80.5 74.5 79 85 76.5 82 95 92.5
[2,] 50 20.0 20.0 30.0 30 50.0 60.0 50 40 55.0 40 40 20.0
[3,] 120 141.0 124.0 126.0 117 125.0 123.0 125 132 123.0 132 155 147.0
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一般人希望用perl调用R的目的 应该不只是希望得到R的处理结果，而是希望perl能利用R内部的大量科学计算函数：
假如要将变量从perl传入R中进行计算（如将$a＝1传进R），或要将调用R函数计算出的唯一结果值传入perl再进行后续处理（如
将向量c(1,2,3,4,6)的均值加上$a的结果传入perl后利用perl再进行加2处理），可以如下写脚本：
#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;
my $a=1;
my $R = Statistics::R->new();
$R->startR;
$R->send(qq`x=c(1,2,3,4,6) \n y=mean(x) \n z=$a+y \n print(z)`) ;
my $ret = $R->read;
print $ret,"\n"; #输出R的处理结果
$R->stopR();
$ret=~s/\[\d\]\s+(\d+)/$1/g;
my $b=$ret+2;
print $b;#输出最终结果
个人感觉还是用system（）函数比较方便，其他两种都有点麻烦。
问题：
如果想将一个数组从Perl传递给R，应该怎样写呢？
谢谢！
博主回复：很简单啊 假设数组是@array=qw(1 2 3 4 5),可以有下面两种方式：
1 把数组print在一个文件里，然后在R中读文件
2 如果需要在perl中完成，那么需要在perl中写R脚本，实现你所需要的运算
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