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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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FASTA sequence ID format values  

2011-05-29 11:28:47|  分类: 生信数据库 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7183/table/ch_demo.T5/?report=objectonly

Table 5. FASTA sequence ID format values


Type Format(s) 1 Example(s)
local
lcl|integer
lcl|string

lcl|123
lcl|hmm271
GenInfo backbone seqid
bbs|integer

bbs|123
GenInfo backbone moltype
bbm|integer

bbm|123
GenInfo import ID
gim|integer

gim|123
GenBank
gb|accession|locus

gb|M73307|AGMA13GT
EMBL
emb|accession|locus

emb|CAM43271.1|
PIR
pir|accession|name

pir||G36364
SWISS-PROT
sp|accession|name

sp|P01013|OVAX_CHICK
patent
pat|country|patent|sequence

pat|US|RE33188|1
pre-grant patent
pgp|country|application-number|seq-number

pgp|EP|0238993|7
RefSeq 2
ref|accession|name

ref|NM_010450.1|
general database reference
gnl|database|integer
gnl|database|string

gnl|taxon|9606
gnl|PID|e1632
GenInfo integrated database
gi|integer

gi|21434723
DDBJ
dbj|accession|locus

dbj|BAC85684.1|
PRF
prf|accession|name

prf||0806162C
PDB
pdb|entry|chain

pdb|1I4L|D
third-party GenBank
tpg|accession|name

tpg|BK003456|
third-party EMBL
tpe|accession|name

tpe|BN000123|
third-party DDBJ
tpd|accession|name

tpd|FAA00017|
TrEMBL
tr|accession|name

tr|Q90RT2|Q90RT2_9HIV1
genome pipeline 3
gpp|accession|name

gpp|GPC_123456789|
named annotation track 3
nat|accession|name

nat|AT_123456789.1|

1 Spaces should not be present in ID's. It's okay to leave off the final vertical bar for most text ID types (such as gb) when the locus is absent; apart from that, vertical bars must be present even if an adjacent field is omitted.

2 Some RefSeq accessions have additional letters following the underscore. See the RefSeq accession format reference for details.

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