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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

Genome Browsers 可视化  

2011-05-26 20:26:18|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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1.UCSC Genome Browser
http://genome.ucsc.edu/


2.ENSEMBL Genome Browser

http://www.ensembl.org/index.html

3.NCBI Map Viewer
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview

4.GBrowse
http://gmod.org/wiki/GBrowse

5.NCBI Genome WorkBench
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gbench/

6.IGB

http://bioviz.org/igb/

JBrowse

7.IGV  Integrative Genomics Viewer

http://www.broadinstitute.org/igv/


8 Seqmonk

http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/seqmonk/

SeqMonk is a program to enable the visualisation and analysis of mapped sequence data. It was written for use with mapped next generation sequence data but can in theory be used for any dataset which can be expressed as a series of genomic positions. It's main features are:

  • Import of mapped data from text files
  • Creation of data groups for visualisation and analysis
  • Visualisation of mapped regions against an annotated genome.
  • Flexible quantitation of the mapped data to allow comparisons between data sets
  • Statistical analysis of data to find regions of interest
  • Creation of reports containing data and genome annotation


Web-Based Synteny Browsers

 

GBrowse_syn  http://gmod.org/wiki/GBrowse_syn

SynView  http://eupathdb.org/apps/SynView

SynBrowse http://www.synbrowse.org

Sybil  http://sybil.sourceforge.net

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