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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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pfam蛋白质家族结构域数据库

2011-05-20 14:18:10| 分类：生信数据库 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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特点：蛋白家族成员大全，可以看出谁和谁是同一家族的，还可以对蛋白的功能区域做研究
网址： http://pfam.janelia.org/
简介：
pfam数据库是一个蛋白质家族大集合，依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs的）。
蛋白质中，一般由一个或多个功能区构成，这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。
Pfam有两个组成部分：Pfam - A和Pfam - B。 Pfam -A的质量比较高，是人工筛选的。虽然这些Pfam -A的数据涵盖了在许多基础序列数据库中很大的比例，为了让更多的全面了解已知蛋白质，我们也支持使用ADDA数据库。另外一些些自动生成的被称为 Pfam - B。虽然质量较低，Pfam - B可以被用来鉴别功能保守区域，尤其是没有Pfam -A的时。
Pfam也产生了相关的家族称为家庭，更高层次的分组。Pfam家族，这是一个相似的序列，结构或HMM的相关收集。
一般考虑相似序列或结构域的蛋白具有相似的功能，因此很多寻找相似功能蛋白的时候可能会用到这个数据库，尽管找没关系蛋白的时候也肯能会用到这个的否命题，既结构不相似推出没有相似的结构，但这仅在某些特定的情况下使用，一般来是不一定成立的

CDD conserved domains database

RepBase database of transposable elements (TE)

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