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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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pfam蛋白质家族结构域数据库  

2011-05-20 14:18:10|  分类: 生信数据库 |  标签: |举报 |字号 订阅

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特点:蛋白家族成员大全,可以看出谁和谁是同一家族的,还可以对蛋白的功能区域做研究
网址: http://pfam.janelia.org/
简介:
pfam数据库是一个蛋白质家族大集合,依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型(HMMs的)。
蛋白质中,一般由一个或多个功能区构成,这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。
Pfam有两个组成部分:Pfam - A和Pfam - B。 Pfam -A的质量比较高,是人工筛选的。虽然这些Pfam -A的数据涵盖了在许多基础序列数据库中很大的比例,为了让更多的全面了解已知蛋白质,我们也支持使用ADDA数据库。另外一些些自动生成的被称为 Pfam - B。虽然质量较低,Pfam - B可以被用来鉴别功能保守区域,尤其是没有Pfam -A的时。
Pfam也产生了相关的家族称为家庭,更高层次的分组。Pfam家族,这是一个相似的序列,结构或HMM的相关收集。
一般考虑相似序列或结构域的蛋白具有相似的功能,因此很多寻找相似功能蛋白的时候可能会用到这个数据库,尽管找没关系蛋白的时候也肯能会用到这个的否命题,既结构不相似推出没有相似的结构,但这仅在某些特定的情况下使用,一般来是不一定成立的



CDD  conserved domains database

RepBase database of transposable elements (TE)
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