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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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LINUX下 bwa和samtools的安装  

2011-04-09 19:53:53|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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BWA的安装
1.下载BWA



 下载 http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2

2.解压



tar
jxvf bwa-0.5.9rc1.
tar
.bz2

3.编译



cd
bwa-0.5.9rc1
make

Samtool安裝
1.下载Samtool



下载  http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2

 

 

2.解压Samtool



tar
jxvf samtools-0.1.13.
tar
.bz2

3.安装



cd
samtools-0.1.13
make

之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH



cd
vi
.bash_profile

在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运!

 

安装Samtool时出现的问题:

错误1:
/usr/bin/ld: cannot find -lcurses  

这个主要是 原因是:少了 ncurses包,GNU,FTP中有 http://ftp.gnu.org/pub/gnu/ncurses/,可以下载,安装这个包是需要用root权限,安装到默认目录下面

错误2:
 undefined reference to `gzopen64'

这个主要是少了zlib包,zlib-1.2.3.tar.gz

可以参考:可以参考:http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=9708  安装这个包是需要用root权限 安装到默认目录下面

 

 

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