BWA的安装
1.下载BWA
下载 http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2 |
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1. tar .bz2 |
3.编译
cd bwa-0.5.9rc1 make |
Samtool安裝
1.下载Samtool
|
2.解压Samtool
tar jxvf samtools-0.1.13. tar .bz2 |
3.安装
cd samtools-0.1.13 make |
之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面
最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH
cd vi .bash_profile |
在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。
重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了
祝你好运!
安装Samtool时出现的问题:
错误1:
/usr/bin/ld: cannot find -lcurses
这个主要是 原因是:少了 ncurses包,GNU,FTP中有 http://ftp.gnu.org/pub/gnu/ncurses/,可以下载,安装这个包是需要用root权限,安装到默认目录下面
错误2:
undefined reference to `gzopen64'
这个主要是少了zlib包,zlib-1.2.3.tar.gz
可以参考:可以参考:http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=9708 安装这个包是需要用root权限 安装到默认目录下面
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