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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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简单重复序列可鉴别管家基因和组织特异性基因

2011-04-21 10:38:28| 分类：遗传与基因组学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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《基因》2008年407卷1-2期

http://news.sciencenet.cn/html/showxwnews1.aspx?id=208886

简单重复序列（Simple sequence repeat，SSR）通常为1到6碱基的随机重复核苷酸序列。它在真核、原核生物蛋白编码和非编码区中都存在。过去，SSR主要作为遗传标记研究不同物种的群体和生态学。然而，近年的研究表明，SSR在发育、基因调控和进化上比以往认识到的作用要大得多。例如，ALX-4和RUNX-2基因与不同种类狗的头骨形态学和四肢的快速进化有关，SSR也同多种神经疾病有关。

近日，美国弗吉尼亚理工大学Mark J. Lawson和Liqing Zhang等研究发现，5’非翻译端的SSR对很多数量的基因表达有影响。例如，HCALM1基因的CAG的SSR5’非翻译端对HCALM1基因正常表达是必须的，移除SSR会导致表达下降45%；在拟南芥基因组不同基因区的SSR分布表明，SSR在5’非翻译端比基因间其他区域富含更多。结合这些现象，科学家们推测，5’非翻译端SSR在不同的基因表达类型中可能不同。而基因表达类型中管家基因和组织特异性基因之间表达的差别是最大的，因此他们对人类1914个管家基因、275组织特异性基因、小鼠1597个管家基因和890个组织特异性基因中的SSR进行了分析研究。结果表明，管家基因的5’非翻译端比组织特异性的基因有更高的SSR密度；在两种基因类型里有不同的重复大小。SSR重复单元的数量会影响SSR的稳定性；除了基因表达类型的不同，管家基因和组织特异性基因在基因结构、长度、染色体定位、群体动力学和进化速率上均有所不同。

目前，科学家们认为5’非翻译端的SSR密度对于分辨两种基因很重要，当然这还需要更多的研究去证实5’非翻译端SSR密度对区分基因类型在生物学上是切实可行的。

原文链接：http://www.sciencedirect.com/science/journal/03781119 （周媛媛/编译）

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