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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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微卫星SSR(Simple Sequence Repeats)的原理和技术优点是什么?  

2011-04-21 10:29:15|  分类: 生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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原理:微卫星DNA是一种广泛分布于真核生物基因组中的串状简单重复序列,每个重复单元的长度在1—10bp之间,常见的微卫星如TGTG……TG= (TG)n或AATAAT……AAT= (AAT)n等,不同数目的核心序列呈串联重复排列,而呈现出长度多态性。在基因组中,因每个SSR序列的基本单元重复次数在不同基因型间差异很大,从而形成其座位的多态性。而且每个SSR座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列,据此可设计引物,其关键是首先要了解SSR座位的侧翼序列(Flanking Region),寻找其中的特异保守区。
技术路线:
建立DNA文库,筛选鉴定微卫星DNA克隆,然后测定这些克隆的侧翼序列,设计特异性引物来扩增SSR序列。后经聚丙烯酰胺凝胶电泳、染色,通过比较谱带的相对迁移距离,便可知不同个体在某个SSR座位上的多态性。
微卫星的优点:
(1)微卫星DNA数量多且均匀分布在基因组中。据估计,在基因组中平均30—50kb就存在一个微卫星,为在整个基因组中定位更多的基因提供了极大的方便
(2)微卫星DNA具有丰富的多态性,并且微卫星位点检测可以显示纯合子和杂合子。
(3)微卫星检测容易、重复性较好、省时,适合于进行自动化分析。通过GeneScan检测,一个位点的检测一般可在24h内完成,且可同时进行多位点的检测。

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