注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

日志

 
 
关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

网易考拉推荐

GC含量的意义  

2011-03-28 21:31:09|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

http://hi.baidu.com/jane0205/blog/item/1c924b2368e50c5a9822ed35.html

GC含量是在所研究的对象(例如放线菌)的全基因组中,(鸟嘌呤)(Guanine)和胞嘧啶(Cytosine)所占的比例。一种生物的基因組或特定DNA、RNA片段有特定的GC含量。
在DNA链中G和C是以三个氢键相连,而T和A则是两个氢键相连的。氢键的多少体现连接的能量,氢键多的不容易被打断。
在双链DNA中,腺嘌呤与胸腺嘧啶(A/T)之比,以及鸟嘌呤与胞嘧啶(G/C)之比都是1。但是,(A+T)/(G+C)之比则随DNA的种类不同而异。GC含量愈高,DNA的密度也愈高,同时热及碱不易使之变性,因此利用这一特性便可进行DNA的分离或测定。
测定GC含量的方法有:Tm法, HPLC法

序列GC含量计算(python)


import string
def Compute_GC (seq):
     GC = 0
     total =0
    for i in range(0, len(seq)):
        if string.upper(seq[i]) in ['A','T','G','C']:
             total = total +1
        if string.upper(seq[i]) in ['G', 'C']:
             GC = GC+1
    return float(GC)/total*100
seq = 'atcgAATTTCCGGGGTTAATCAGNNNtgGT'
print 'GC percent of %s %2.2f%%' % (seq,Compute_GC(seq))

GC含量用软件也很快能算出来,现在把步骤写下,以备后查:


1、下载安装DNAStar软件包;
2、打开NAStar软件包里的EditSeq软件;
3、在打开的界面里依次点击File、Open,打开所要分析的序列;
4、用鼠标选定打开的序列后,依次点击Goodies、DNAStatistics;
5、此时弹出一个文本框,显示GC含量等信息。

另外: GC含量还与进化,甲基化都有关系。

  评论这张
 
阅读(2148)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2016