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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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GC含量的意义

2011-03-28 21:31:09| 分类：遗传与基因组学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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http://hi.baidu.com/jane0205/blog/item/1c924b2368e50c5a9822ed35.html

GC含量是在所研究的对象(例如放线菌)的全基因组中，(鸟嘌呤)(Guanine)和胞嘧啶(Cytosine)所占的比例。一种生物的基因組或特定DNA、RNA片段有特定的GC含量。
在DNA链中G和C是以三个氢键相连，而T和A则是两个氢键相连的。氢键的多少体现连接的能量，氢键多的不容易被打断。
在双链DNA中，腺嘌呤与胸腺嘧啶（A/T）之比，以及鸟嘌呤与胞嘧啶（G/C）之比都是1。但是，（A+T）/（G+C）之比则随DNA的种类不同而异。GC含量愈高，DNA的密度也愈高，同时热及碱不易使之变性，因此利用这一特性便可进行DNA的分离或测定。
测定GC含量的方法有：Tm法, HPLC法

序列GC含量计算（python）

import string
def Compute_GC (seq):
     GC = 0
     total =0
    for i in range(0, len(seq)):
        if string.upper(seq[i]) in ['A','T','G','C']:
             total = total +1
        if string.upper(seq[i]) in ['G', 'C']:
             GC = GC+1
    return float(GC)/total*100
seq = 'atcgAATTTCCGGGGTTAATCAGNNNtgGT'
print 'GC percent of %s %2.2f%%' % (seq,Compute_GC(seq))

GC含量用软件也很快能算出来，现在把步骤写下，以备后查：

1、下载安装DNAStar软件包；
2、打开NAStar软件包里的EditSeq软件；
3、在打开的界面里依次点击File、Open，打开所要分析的序列；
4、用鼠标选定打开的序列后，依次点击Goodies、DNAStatistics；
5、此时弹出一个文本框，显示GC含量等信息。

另外： GC含量还与进化，甲基化都有关系。

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