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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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SORT命令排序  

2011-03-14 13:19:14|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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linux下sort命令使用详解---linux将文本文件内容加以排序命令

功能说明:将文本文件内容加以排序。 语 法: sort [-bcdfimMnr][-o输出文件][-t分隔字符][+起始栏位-结束栏位][--help][--verison][文件] 补充说明:sort可针对文本文件的内容,以行为单位来排序。 参 数: -b忽略每行前面开始出的空格字符。 -c检查文件是


功能说明:将文本文件内容加以排序。
语  法:sort [-bcdfimMnr][-o<输出文件>][-t<分隔字符>][+<起始栏位>-<结束栏位>][--help][--verison][文件]
补充说明:sort可针对文本文件的内容,以行为单位来排序。
参  数:
  -b   忽略每行前面开始出的空格字符。
  -c   检查文件是否已经按照顺序排序。
  -d   排序时,处理英文字母、数字及空格字符外,忽略其他的字符。
  -f   排序时,将小写字母视为大写字母。
  -i   排序时,除了040至176之间的ASCII字符外,忽略其他的字符。
  -m   将几个排序好的文件进行合并。
  -M   将前面3个字母依照月份的缩写进行排序。
  -n   依照数值的大小排序。
  -o<输出文件>   将排序后的结果存入指定的文件。
  -r   以相反的顺序来排序。
  -t<分隔字符>   指定排序时所用的栏位分隔字符

-k, --key=POS1[,POS2]     start a key at POS1, end it at POS2 (origin 1), 指定关键字,可以指定多个关键字
  +<起始栏位>-<结束栏位>   以指定的栏位来排序,范围由起始栏位到结束栏位的前一栏位。

  --help   显示帮助。
  --version   显示版本信息

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

下面通过几个例子来讲述Sort的使用。

用Sort命令对text文件中各行排序后输出其结果。请注意,在原文件的第二、三行上的第一个单词完全相同,该命令将从它们的第二个单词vegetables与fruit的首字符处继续进行比较。

$ cat text

vegetable soup

fresh vegetables

fresh fruit

lowfat milk

$ Sort text

fresh fruit

fresh vegetables

lowfat milk

vegetable soup

用户可以保存排序后的文件内容,或把排序后的文件内容输出至打印机。下例中用户把排序后的文件内容保存到名为result的文件中。

$ Sort text>result

以第2个字段作为排序关键字对文件example的内容进行排序。

$ Sort +k2 example

      以指定的栏位来排序

$ Sort +1-2 example

对于file1和file2文件内容反向排序,结果放在outfile中,利用第2个字段的第一个字符作为排序关键字。

$ Sort -r -o outfile +1.0 -1.1 example

Sort排序常用于在管道中与其他命令连用,组合完成比较复杂的功能,如利用管道将当前工作目录中的文件送给Sort进行排序,排序关键字是第6个至第8个字段。

$ ls - l | Sort +5 - 7

$ ps -e -o " comm pid time"|Sort -d //按照command的首字母的字母顺序排序

Sort命令也可以对标准输入进行操作。例如,如果您想把几个文件文本行合并,并对合并后的文本行进行排序,您可以首先用命令cat把多个文件合并,然后用管道操作把合并后的文本行输入给命令Sort,Sort命令将输出这些合并及排序后的文本行。在下面的例子中,文件veglist与文件 fruitlist的文本行经过合并与排序后被保存到文件clist中。

$ cat veglist fruitlist | Sort > clist


1 sort的工作原理


sort将文件的每一行作为一个单位,相互比较,比较原则是从首字符向后,依次按ASCII码值进行比较,最后将他们按升序输出。

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat seq.txt
banana
apple
pear
orange
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort seq.txt
apple
banana
orange
pear

2 sort的-u选项

它的作用很简单,就是在输出行中去除重复行。

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat seq.txt
banana
apple
pear
orange
pear
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort seq.txt
apple
banana
orange
pear
pear
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -u seq.txt
apple
banana
orange
pear

pear由于重复被-u选项无情的删除了。

3 sort的-r选项

sort默认的排序方式是升序,如果想改成降序,就加个-r就搞定了。

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat number.txt
1
3
5
2
4
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort number.txt
1
2
3
4
5
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -r number.txt
5
4
3
2
1
4 sort的-o选项

由于sort默认是把结果输出到标准输出,所以需要用重定向才能将结果写入文件,形如sort filename > newfile。

但是,如果你想把排序结果输出到原文件中,用重定向可就不行了。

[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -r number.txt > number.txt
[rocrocket@rocrocket programming]$ cat number.txt
[rocrocket@rocrocket programming]$
看,竟然将number清空了。

就在这个时候,-o选项出现了,它成功的解决了这个问题,让你放心的将结果写入原文件。这或许也是-o比重定向的唯一优势所在。

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat number.txt
1
3
5
2
4
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -r number.txt -o number.txt
[rocrocket@rocrocket programming]$ cat number.txt
5
4
3
2
1

5 sort的-n选项

你有没有遇到过10比2小的情况。我反正遇到过。出现这种情况是由于排序程序将这些数字按字符来排序了,排序程序会先比较1和2,显然1小,所以就将10放在2前面喽。这也是sort的一贯作风。

我们如果想改变这种现状,就要使用-n选项,来告诉sort,“要以数值来排序”!

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat number.txt
1
10
19
11
2
5
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort number.txt
1
10
11
19
2
5
[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -n number.txt
1
2
5
10
11
19

6 sort的-t选项和-k选项

如果有一个文件的内容是这样:

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat facebook.txt
banana:30:5.5
apple:10:2.5
pear:90:2.3
orange:20:3.4

这个文件有三列,列与列之间用冒号隔开了,第一列表示水果类型,第二列表示水果数量,第三列表示水果价格。

那么我想以水果数量来排序,也就是以第二列来排序,如何利用sort实现?

幸好,sort提供了-t选项,后面可以设定间隔符。(是不是想起了cut和paste的-d选项,共鸣~~)

指定了间隔符之后,就可以用-k来指定列数了。

[rocrocket@rocrocket programming]$ sort -n -k 2 -t : facebook.txt
apple:10:2.5
orange:20:3.4
banana:30:5.5
pear:90:2.3

我们使用冒号作为间隔符,并针对第二列来进行数值升序排序,结果很令人满意。

sort +3 -4 All-Unigene_PlantTFFamily_Abstract.out >All-Unigene_PlantTFFamily_Abstract.sort


sort -k 4  All-Unigene_PlantTFFamily_Abstract.out >All-Unigene_PlantTFFamily_Abstract.sort1

 对一个文件两列排序,一列正序一列逆序

sort -k1,1n -k2,2nr file

一列逆序 二列正序

sort  -k1,1nr -k2,2n tes.txt >result.txt

对一个文件两列排序 

sort -k1,1n -k2,2n file

加n为数字排序

sort -k8n -k1n
不加n为字符排序
sort -k8 -k1

7 其他的sort常用选项

-f会将小写字母都转换为大写字母来进行比较,亦即忽略大小写

-c会检查文件是否已排好序,如果乱序,则输出第一个乱序的行的相关信息,最后返回1

-C会检查文件是否已排好序,如果乱序,不输出内容,仅返回1

-M会以月份来排序,比如JAN小于FEB等等

-b会忽略每一行前面的所有空白部分,从第一个可见字符开始比较。

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