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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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蛋白相互作用网络软件

2011-01-20 19:44:07| 分类：计算系统生物学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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【Osprey】
【作者】 Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers
【网址】http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
【编程语言】 Java
【操作平台】 Window2000/xp/9x; Linux,Unix;
【介绍】 a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)
这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，其中的Chris Stark, Mike Tyers 都是在蛋白质组研究中的大牛人，这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时，绝对不可以孤立的、静止地研究其本身，一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸，这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来！这个和蛋白质表达谱一样，会给研究者提供大量的功能信息！例如：蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用，即相互作用谱一致，那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话，pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。在研究功能的战友一定要试一试！
软件本身和自己的两个数据库整合在一起，(BIND,GRID)数据较全，功能全面，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接，使用户很方便。其中的GRID为Stanfor Universtiy定为默认的查询库！
【功能】蛋白质相互作用网络的可视化系统，可以查询,添加自己的数据
【优势】界面友好，功能全面，和数据库整合较好

Pajek 软件

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/

Pajek大型复杂网络分析工具，是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具（图14）。Pajek在Windows环境下运行，用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。在斯洛文尼亚语中Pajek是蜘蛛的意思。最新Pajek版本免费获取，仅限于非商业用途。Pajek向以下网络提供分析和可视化操作工具：合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、因特网、引文网、传播网（AIDS、新闻、创新）、数据挖掘（2-mode网）等。

设计Pajek的主要目的

● 支持将大型网络分解成几个较小的网络，以便使用更有效的方法进一步处理；

● 向使用者提供一些强大的可视化操作工具；

● 执行分析大型网络有效算法（subquadratic）。

通过Pajek可完成以下工作

● 在一个网络中搜索类（组成、重要结点的邻居、核等）；

● 获取属于同一类的结点，并分别显示出来，或者反映出结点的连接关系（更具体的局域视角）；

● 在类内收缩结点，并显示类之间的关系（全局视角）。

除普通网络（有向、无向、混合网络）外，Pajek还支持多关系网络，2-mode 网络（二分（二值）图－网络由两类异质结点构成），以及暂时性网络（动态图—网络随时间演化）。

建议初学者阅读以下Pajek教材：

de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek.

Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005.

希望对使用Pajek进行网络分析有一个概览，请阅读NICTA 工作室的幻灯片：

Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia).

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA

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