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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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蛋白相互作用网络软件  

2011-01-20 19:44:07|  分类: 计算系统生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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【Osprey】
【作者】 Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers
【网址】http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
【编程语言】 Java
【操作平台】 Window2000/xp/9x; Linux,Unix;
【介绍】 a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)
这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的,其中的Chris Stark, Mike Tyers 都是在蛋白质组研究中的大牛人,这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时,绝对不可以孤立的、静止地研究其本身,一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸,这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来!这个和蛋白质表达谱一样,会给研究者提供大量的功能信息!例如:蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用,即相互作用谱一致,那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话,pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。在研究功能的战友一定要试一试!
软件本身和自己的两个数据库整合在一起,(BIND,GRID)数据较全,功能全面,涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接,使用户很方便。其中的GRID为Stanfor Universtiy定为默认的查询库!
【功能】蛋白质相互作用网络的可视化系统,可以查询,添加自己的数据
【优势】界面友好,功能全面,和数据库整合较好

Pajek 软件

 

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/

Pajek大型复杂网络分析工具,是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具(图14)。Pajek在Windows环境下运行,用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。在斯洛文尼亚语中Pajek是蜘蛛的意思。最新Pajek版本免费获取,仅限于非商业用途。Pajek向以下网络提供分析和可视化操作工具:合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、因特网、引文网、传播网(AIDS、新闻、创新)、数据挖掘(2-mode网)等。

    

 

设计Pajek的主要目的

 

● 支持将大型网络分解成几个较小的网络,以便使用更有效的方法进一步处理;

● 向使用者提供一些强大的可视化操作工具;

● 执行分析大型网络有效算法(subquadratic)。

 

通过Pajek可完成以下工作

 

● 在一个网络中搜索类(组成、重要结点的邻居、核等);

● 获取属于同一类的结点,并分别显示出来,或者反映出结点的连接关系(更具体的局域视角);

● 在类内收缩结点,并显示类之间的关系(全局视角)。

除普通网络(有向、无向、混合网络)外,Pajek还支持多关系网络,2-mode 网络(二分(二值)图-网络由两类异质结点构成),以及暂时性网络(动态图—网络随时间演化)。

 

建议初学者阅读以下Pajek教材:

 

de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek.

 

Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005.

 

希望对使用Pajek进行网络分析有一个概览,请阅读NICTA 工作室的幻灯片:

 

Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia).

 

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA

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