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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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(转)R统计计算教程(四)  

2010-10-21 13:28:03|  分类: R&Bioconductor |  标签: |举报 |字号 订阅

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R统计计算教程(四)

http://jp021.spaces.live.com/?_c11_BlogPart_BlogPart=blogview&_c=BlogPart&partqs=cat%3dR%25e8%25af%25ad%25e8%25a8%2580%25e4%25b8%258e%25e7%25bb%259f%25e8%25ae%25a1%25e8%25ae%25a1%25e7%25ae%2597
  绘图
  第四部分主要讲述R中如何对数据或者模型作图,其中涉及到的命令非常重要而且很实用,尤其在写文章的时候经常需要使用到。一些比较值得注意的地方我都用红色标记出来了。 掌握了这些基本的命令以后, 再遇到复杂的问题就可以自己查文档解决,这个教程只是为扫盲而写,第一次的时候我已经说明了。 在mac下,R中关于作图显示的那个程序叫Quartz2。为什么叫这个名字呢? Quartz本来是石英的意思,好像跟R也没什么关系。 请你听我的故事。 在mac os x 的层次设计当中, 底层是Darwin(基于Freebsd),上面的那层是图形和多媒体层。在这层当中的一个主要的技术叫做Quartz,负责mac os x 的窗口管理和一些多媒体功能。 所以R也就借用了mac os x中的这个名字, 叫做Quartz2了。关于这个可参照一下macintosh中Xcode的帮助,关于mac os x的系统架构部分。 (个人觉得在mac下开发其实很享受,只不过种种原因,mac下的开发技术和windows相比略不成熟而已。)
  
  问题一:基本图形命令,用R做点,线,坐标轴和图框(frames),并加上需要的文字
  > plot( c(0,1), c(0,1), type = 'n' , xlab = '', ylab = '') 
  # 是不是发现没点显示在图上 ? 那么你请你注意到type这个参数了。 赶快 ?plot 看看为什么吧。
  > par('col')
  # par是干嘛的?par是parameter的简称,不错,就是用来修改图形参数的。 上面那句的意思是,看看默认的图是用什么颜色显示的。
 
  > plot( 1:25 , pch = 1 : 25, xlab = 'Symbol Number', ylab = '')
  # 回忆一下 1:25是什么意思,xlab用来设置x轴的名称
  
    > lines( 1:25 , type = 'h' , lty = 'dashed')
    # lines一看就知道是画线, 但是type='h'就让它画垂线,dashed让它画虚线。
  
    >  plot( 26 : 1, xlab = 'letters', ylab = '' , pch = letters , axes = FALSE, frame = TRUE )
    # 显示一个字母序列,pch指定这一特征
  
    > plot( c(1,7 ), c(0,1 ), type = 'n', axes = FALSE )
   # 这个会出来一个比较奇怪的结果
  
    >  plot(c(1,7), c(0,1), type='n', axes=FALSE, xlab='Line Type (lty)', ylab='')
  # 你再看看这个会出来什么 
 
  > box()  # 把做的图用一个框框起来
  
  > axis(1, at=1:6) # 把横轴画几个刻度

    > for (lty in 1:6) lines(c(lty, lty, lty + 1),  c(0, 0.5, 1), lty=lty)
# lty就是line type , 就是几种不同的线类型 ,快试试这个出现什么结果
# 下面我们看看如何在图中添加文字
> par( mfrow = c( 1,2 ) ) # 看看mfrow这个参数是做什么的
> plot(c(0,1), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> box()
> text( x = c(.2 , .5), y = c(.2 , .7 ) , c('example text' , 'another string' ) )
# 在上面画的框框当中写字
> title('(a)')
#在你的框框上面添加一个标题, 名称为(a)
> plot(c(0,1), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> box()
> text(locator(3), c('one','two','three'))
# 看看locator是干嘛的 。
> title('(b)')
#添加标题
# 下面教你怎么画线段
> plot(c(1,5), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='') # 这个不用说了
> arrows(x0=1:5, y0=rep(0.1, 5), x1=1:5, y1=seq(0.3, 0.9, len=5), code=3)
> title('(a) arrows')
# 终于可以画线段了。x0,y0是箭头的起始坐标,x1,y1是箭头的终止坐标。seq的用法不用说了。code的不同对应着不同的箭头类型
# 最后一个参数是图的名字
> plot(c(1,5), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> segments(x0=1:5, y0=rep(0.1, 5), x1=1:5, y1=seq(0.3, 0.9, len=5))
# 画线段,用法和arrows()差不多的
> title('(b) segments')
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