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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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(转)R统计计算教程（四）

2010-10-21 13:28:03| 分类： R&Bioconductor | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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R统计计算教程（四）

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绘图
第四部分主要讲述R中如何对数据或者模型作图，其中涉及到的命令非常重要而且很实用，尤其在写文章的时候经常需要使用到。一些比较值得注意的地方我都用红色标记出来了。掌握了这些基本的命令以后，再遇到复杂的问题就可以自己查文档解决，这个教程只是为扫盲而写，第一次的时候我已经说明了。在mac下，R中关于作图显示的那个程序叫Quartz2。为什么叫这个名字呢？ Quartz本来是石英的意思，好像跟R也没什么关系。请你听我的故事。在mac os x 的层次设计当中，底层是Darwin（基于Freebsd），上面的那层是图形和多媒体层。在这层当中的一个主要的技术叫做Quartz，负责mac os x 的窗口管理和一些多媒体功能。所以R也就借用了mac os x中的这个名字，叫做Quartz2了。关于这个可参照一下macintosh中Xcode的帮助，关于mac os x的系统架构部分。（个人觉得在mac下开发其实很享受，只不过种种原因，mac下的开发技术和windows相比略不成熟而已。）

问题一：基本图形命令，用R做点，线，坐标轴和图框（frames），并加上需要的文字
> plot( c(0,1), c(0,1), type = 'n' , xlab = '', ylab = '')
# 是不是发现没点显示在图上？那么你请你注意到type这个参数了。赶快？plot 看看为什么吧。
> par('col')
# par是干嘛的？par是parameter的简称，不错，就是用来修改图形参数的。上面那句的意思是，看看默认的图是用什么颜色显示的。

> plot( 1:25 , pch = 1 : 25, xlab = 'Symbol Number', ylab = '')
# 回忆一下 1:25是什么意思，xlab用来设置x轴的名称

    > lines( 1:25 , type = 'h' , lty = 'dashed')
    ＃ lines一看就知道是画线，但是type='h'就让它画垂线，dashed让它画虚线。

> plot( 26 : 1, xlab = 'letters', ylab = '' , pch = letters , axes = FALSE, frame = TRUE )
    # 显示一个字母序列，pch指定这一特征

    > plot( c(1,7 ), c(0,1 ), type = 'n', axes = FALSE )
   ＃这个会出来一个比较奇怪的结果

    > plot(c(1,7), c(0,1), type='n', axes=FALSE, xlab='Line Type (lty)', ylab='')
# 你再看看这个会出来什么

> box() # 把做的图用一个框框起来

> axis(1, at=1:6) ＃把横轴画几个刻度

    > for (lty in 1:6) lines(c(lty, lty, lty + 1),  c(0, 0.5, 1), lty=lty)
    ＃ lty就是line type ， 就是几种不同的线类型 ，快试试这个出现什么结果 
    # 下面我们看看如何在图中添加文字 
    >  par( mfrow = c( 1,2  ) )  # 看看mfrow这个参数是做什么的 
> plot(c(0,1), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> box()
> text( x = c(.2 , .5), y = c(.2 , .7 ) , c('example text' , 'another string' ) ) 
  ＃ 在上面画的框框当中写字
> title('(a)') 
   #在你的框框上面添加一个标题, 名称为(a)
> plot(c(0,1), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> box()
> text(locator(3), c('one','two','three'))
   # 看看locator是干嘛的 。 
    > title('(b)')
   #添加标题 
＃ 下面教你怎么画线段
> plot(c(1,5), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='') # 这个不用说了 
> arrows(x0=1:5, y0=rep(0.1, 5), x1=1:5, y1=seq(0.3, 0.9, len=5), code=3)
    >  title('(a) arrows')
   # 终于可以画线段了。x0,y0是箭头的起始坐标，x1,y1是箭头的终止坐标。seq的用法不用说了。code的不同对应着不同的箭头类型
  ＃ 最后一个参数是图的名字
    > plot(c(1,5), c(0,1), axes=FALSE, type='n', xlab='', ylab='')
> segments(x0=1:5, y0=rep(0.1, 5), x1=1:5, y1=seq(0.3, 0.9, len=5))
   # 画线段，用法和arrows()差不多的
    > title('(b) segments')

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