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BioPerl指南:Unix/Linux/Windows下的安装

2010-08-23 09:19:10| 分类：生物信息学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是，太多数人都还是新手，相对而言Perl很难懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包，一键安装。

到现在，我前前后后安装过BioPerl好几次，每次都觉得很复杂，很难懂。我又不是计算机专业出身的，真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以，接触了BioPerl这么久，都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。

接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl（http://www.perl.org/get.html）

ActivePerl 5.10.0.1005
Platform Download
Windows (x86) Windows Installer (MSI) | AS Package (ZIP)
Windows (64-bit, x64) Windows Installer (MSI) | AS Package (ZIP)
Mac OS X (Universal) Mac Disk Image (DMG)
Linux (x86) AS Package | RPM | Debian Package
Linux (x86_64) AS Package | RPM | Debian Package
Solaris 8+ (SPARC) AS Package | Solaris Package
Solaris 8+ (SPARC 64-bit) AS Package | Solaris Package
Solaris (x86) AS Package | Solaris Package
AIX 5 (PowerPC) AS Package

下面先来介绍一下怎样在Unix/linux下的安装BioPerl。复杂的方法我就不讲了，只讲我理解得来的。

1，用CPAN安装

>perl -MCPAN -e shellcpan>d /bioperl/
CPAN: Storable loaded ok
Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata
Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz选择一个安装

cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz或是用force强制安装。这样不会报错。推荐。

cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了。

2，用Build.PL来安装（此方法可能在windows下也有效。具体没测试过）

下载BioPerl，目前的最新版本是BioPerl-1.6.0

下载Build.PL，右键另存为。

接下来就是解压BioPerl，然后运行Build.PL安装。

>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz
>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL在Windows下安装BioPerl
用GUI图形界面安装

1，用GUI图形界面安装。这个需要较新版本的ActivePerl才支持。先安装ActivePerl

2，安装后好运行"开始/所有程序/ActivePer/Perl Package Manager "。或是C:\Perl\bin\ppm.bat启动GUI图形界面

3，打开后，选择Edit >> Preferences。添加下面的站点。

Repositories to add Name perl 5.8 perl 5.10
BioPerl-Regular Releases http://bioperl.org/DIST http://bioperl.org/DIST
BioPerl-Release Candidates http://bioperl.org/DIST/RC http://bioperl.org/DIST/RC
Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms http://cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/10xx/
Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm http://www.Bribes.org/perl/ppm
tcool http://ppm.tcool.org/archives/ NA

4，选择View >> All Packages

5，在搜索框输入bioperl

6，选择最新版本，右键安装（一般需要安装的有4个：bioperl;bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run）。其它的应该没必要安装。

7，最后测试

有点相关的文章
BioPerl指南 - 序列格式的转换 (0.944)
Bioperl:对序列数据进行操作 (0.581)
Bioperl:使用和解析 BLAST (0.581)
Bioperl:Genbank Seq parsing script (0.581)
Bioperl:解析blast结果 (0.581)
PHP 计算页面执行时间 (RANDOM - 0.500)

本文详细出处参考：http://liucheng.name/765/

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