专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。
简单而言
BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。
MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。
Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。
详细解释
1，MEGABLAST 常被用于鉴定核酸序列
MEGABLAST is the tool of choice to identify a nucleotide sequence.
MegaBLAST也是一种BLASTN程序，不过它主要是用来在非常相似的序列之间（来自同一物种）比对同源性的。
鉴定某一段核酸序列是否存在于数据库，最好的方法是选择MEGABLAST。如果比对到的序列在数据库中注释完整的话，那该序列丰富的注释可以当作新序列的参考。当然，BlastN/MEGABLAST/Discontiguous MEGABLAST，都可以完成这种事情。但MEGABLAST就是特别设计用于非常相似序列之间的比对，可用于寻找查询序列的最佳匹配的序列。
2，Discontiguous MEGABLAST 更好地用于查找不同物种的相似的核酸序列，而不是与查询序列相同（identical）物种的。
Discontiguous MEGABLAST is better at finding nucleotide sequences similar, but not identical, to your nucleotide query.
Discontiguous MEGABLAST，用于跨物种核酸序列快速比对。它使用非重叠群字段匹配算法（noncontiguous word match）来进行核酸比对。Discontiguous MegaBLAST比blastx等翻译后比对要快得多，同时它在比较编码区时也具有相当高的敏感度。
但是需要指出的是，核酸与核酸之间的比对并不是发现同源蛋白编码区域的最佳方法，直接在蛋白水平用Blastp比对更好。这是因为密码子的简并性。(Lc.注：翻译得有些拗口，多多见谅！)
Discontiguous MEGABLAST详细介绍：www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/discontiguous.html
原文：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#tab31
从blastn页面上的简单帮助可以看到Highly similar sequences (megablast)多用于比较相似性比较高（相似性在95%以上）的序列，速度快；More dissimilar sequences (discontiguous megablast)用于相似性稍低于megablast的比对，但是灵敏度和精确度更高，多用于不同物种间的同源比对；而Somewhat similar sequences (blastn)用于比对相似性较差的序列，可以比对最短7个碱基的长度，所以比对精确度最高，比对结果最多，速度最慢。
所以，在选择的时候根据你提交的序列和搜索的目的进行选择，如果是想看这段序列在数据库当中是否有收录，可以用megablast，如果想用其他物 种的基因注释信息来注释一个未注释物种的序列，可以选择discontiguous megablast，如果想得到更多更全面的结果，可以选择blastn。
说完blastn，接着说blastp~blsatp中也有三个不同的算法可以选择，如下：
blastp (protein-protein BLAST)就是简单地进行蛋白与蛋白的比对，寻找蛋白质相 似序列； PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)叫做位点特异性迭代比对，它 在蛋白质数据库中循环搜索查询蛋白质，所有前一次被psi-blast发现的统计显著蛋白质序 列将整合成新记分矩 阵，通过多次迭代比对，直到不再发现统计显著的新蛋白质； PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST)可以在搜索的时候限定蛋白质的模式 （pattern），只给出包含此模式的比对结果。
Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对
1. Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。
2. PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches. Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp 比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（”hypothetical protein” or “similar to…”），你可以选择PSI-BLAST重新试试。
3. PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search. PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。
PHI的语法详细介绍看这里：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html
评论