专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
许多在 shell 提示下键入的 Linux 命令都与你在 DOS 下键入的命令相似。事实上，某些命令完全相同。
本附录提供了 Windows 的 DOS 提示下的常用命令以及在 Linux 中与它们等同的命令。附录中还提供了如何在 Linux shell 提示下使用这些命令的简单实例。请注意，这些命令通常有许多选项，要进一步学习每一个命令，请阅读相关的说明书（man）页（例如，在 shell 提示下键入 man ls 就可以读到关于 ls 命令的信息）。
| 命令的目的 | MS-DOS | Linux | Linux 的简单实例 |
|---|---|---|---|
| 复制文件 | copy | cp | cp thisfile.txt /home/thisdirectory |
| 转移文件 | move | mv | mv thisfile.txt /home/thisdirectory |
| 列举文件 | dir | ls | ls |
| 清除屏幕 | cls | clear | clear |
| 关闭 shell 提示 | exit | exit | exit |
| 显示或设置日期 | date | date | date |
| 删除文件 | del | rm | rm thisfile.txt |
| 把输出“回响”到屏幕上 | echo | echo | echo this message |
| 用简单文本编辑器来编辑文件 | edit | gedit([a]) | gedit thisfile.txt |
| 比较文件内容 | fc | diff | diff file1 file2 |
| 在文件中寻找字串 | find | grep | grep 词或词组 thisfile.txt |
| 格式化软盘 | format a:（如果软盘是在 A: 中的话） | mke2fs 或 mformat（[b]） | /sbin/mke2fs /dev/fd0（/dev/fd0 是 Linux 中与 A: 等同的驱动器） |
| 显示命令帮助 | 命令 /? | man（[c]） | man 命令 |
| 创建目录 | mkdir | mkdir | mkdir 目录 |
| 查看文件 | more | less（[d]） | less thisfile.txt |
| 重新命名文件 | ren | mv（[e]） | mv thisfile.txt thatfile.txt |
| 显示你在文件系统中的位置 | chdir | pwd | pwd |
| 用指定的路径（绝对路径，absolute path）来改换目录 | cd 路径名 | cd 路径名 | cd /directory/directory |
| 用一个相对路径（relative path）来改换目录 | cd .. | cd .. | cd .. |
| 显示时间 | time | date | date |
| 显示已被使用的内存数量 | mem | free | free |
| 注: a. Gedit 是图形化文本编辑器；你可以使用其它文本编辑器来代替 Gedit，包括 Emacs 和 vi。 b. 这个命令为 DOS 文件系统格式化软盘。 c. 某些命令你还 可以使用 info。 d. more 分页器也可以用来一个屏幕一个屏幕地在文件中逐页查看。 e. mv 命令可以转移文件或重新命名在同一目录下的文件。如果你想重新命名文件，如例中所示，把这个文件“转移”到同一目录中的新名称。 | |||
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