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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转载】序列着色软件Boxshade图解教程  

2010-07-15 21:49:30|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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本帖引用网址:http://bbs.bbioo.com/thread-37141-1-1.html

多重比对后,序列的输出结果的阅读质量都不是太好,为了输出结果可读性更好,或为了高档次期刊上发表文章,我们需要从Clustalx等程序中得到的输出结果,通过一些软件进行序列着色。
  Boxshade就是这一类的序列列着色工具。
  在线网址:http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
1.主界面如图1所示,主要有8行内容,第一行是输出格式,第二行是字体大小,第三行是一致序列行,第四行是序列分数,第五行是输入序列号,第六行是标题(可选),第七行是输入格式,第八行是序列源。
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic01.jpg
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2009-4-27 14:11
2.输出格式:
默认是竖向的PostScript(简称PS)格式,为了便于在Word文档进编辑修正操作,这里可以下拉选择RFT_New,新富文本格式,图2所示:
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic02.jpg
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2009-4-27 14:11
3.一致序列:默认是不显示一致序列行,这里我们可以根据需要选择“Consensus line with letters”(一致序列用字母表示)或“Consensus line with symbols”(一致序列用符号表示),如图3所示:
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic03.jpg
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2009-4-27 14:11
4.序列分数:一般默认参数0.5,如图4所示:
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic04.jpg

5.输入序列号:默认留空。
6.标题(可选),如果多个输出结果进行着色,建议添加标题以免混淆。
7.是输入格式,默认是MSF格式,如果是用Clustalx比对的结果,此时输入格式需选择为ALN,如图5所示:
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic01.jpg
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2009-4-27 14:14
8.序列源:这里以Clustalx比对后生成的ALN结果为例,粘贴前序列源前,可以用记事本打开*.aln文本,“全选”后粘贴于序列源位置,如图6所示:
【转载】序列着色软件Boxshade图解教程 - fhqdddddd - 流浪云南 pic02.jpg
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2009-4-27 14:14
9.序列粘贴完毕,点击“Run Boxshade”服务器自动开始着色,如图7所示...
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10.Boxshade运行完毕,自动转到生成结果页面,点击“Here is your output number 1”(图8),下载到本地上查看如图9所示:
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注:如果输出格式选择PS,则第10步生成的结果文件扩展名为PS,此时下载本地后可以用Photoshop软件打开查看,当然如果你有安装Adobe Acrobat Pro版,则自带Acrobat Distiller 软件可以将PS格式的文件转成PDF格式进行查看,如图10所示:
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2009-4-27 14:14

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