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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转载】序列着色软件Boxshade图解教程

2010-07-15 21:49:30| 分类：生物信息学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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本帖引用网址：http://bbs.bbioo.com/thread-37141-1-1.html

多重比对后，序列的输出结果的阅读质量都不是太好，为了输出结果可读性更好，或为了高档次期刊上发表文章，我们需要从Clustalx等程序中得到的输出结果，通过一些软件进行序列着色。
　　Boxshade就是这一类的序列列着色工具。
　　在线网址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
1.主界面如图1所示，主要有8行内容，第一行是输出格式，第二行是字体大小，第三行是一致序列行，第四行是序列分数，第五行是输入序列号，第六行是标题(可选)，第七行是输入格式，第八行是序列源。
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2009-4-27 14:11
2.输出格式：
默认是竖向的PostScript(简称PS)格式，为了便于在Word文档进编辑修正操作，这里可以下拉选择RFT_New，新富文本格式，图2所示：

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2009-4-27 14:11
3.一致序列：默认是不显示一致序列行，这里我们可以根据需要选择“Consensus line with letters”(一致序列用字母表示)或“Consensus line with symbols”(一致序列用符号表示)，如图3所示：
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4.序列分数：一般默认参数0.5，如图4所示：

5.输入序列号：默认留空。
6.标题（可选），如果多个输出结果进行着色，建议添加标题以免混淆。
7.是输入格式，默认是MSF格式，如果是用Clustalx比对的结果，此时输入格式需选择为ALN，如图5所示:
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8.序列源：这里以Clustalx比对后生成的ALN结果为例，粘贴前序列源前，可以用记事本打开*.aln文本，“全选”后粘贴于序列源位置，如图6所示：
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9.序列粘贴完毕，点击“Run　Boxshade”服务器自动开始着色，如图7所示...

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2009-4-27 14:14
10.Boxshade运行完毕，自动转到生成结果页面，点击“Here is your output number 1”(图8)，下载到本地上查看如图9所示：
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注：如果输出格式选择PS，则第10步生成的结果文件扩展名为PS，此时下载本地后可以用Photoshop软件打开查看，当然如果你有安装Adobe Acrobat Pro版，则自带Acrobat Distiller 软件可以将PS格式的文件转成PDF格式进行查看，如图10所示：
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