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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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JAVA 正则表达例二  

2010-06-24 14:06:03|  分类: java-j2ee |  标签: |举报 |字号 订阅

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import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.RandomAccessFile;
import java.util.Scanner;
import java.util.regex.*;

/**
 *
 */

/**
 * @author Administrator
 *
 */
public class Test {

 /**
  *
  */
 public Test() {
  // TODO Auto-generated constructor stub
 }

 /**
  * @param args
  * @throws IOException
  */
 public static void main(String[] args) throws IOException {
  // TODO Auto-generated method stub

  Scanner stdin = new Scanner(System.in);

  System.out.println("请输入包含所有基因家族blast文件的文件名,如:/path/file:");

  String geneFamily_blast_all = stdin.nextLine();

  // 输入包含所有染色体序列文件目录的文件,多个染色体序列
  Scanner chromoStdin = new Scanner(System.in);

  System.out.println("请输入包含染色体序列文件的文件名,如:/path/file:");

  String chromo_all = chromoStdin.nextLine();

  FileReader geneFamily_blast_freader = null;

  BufferedReader geneFamily_blast_breader = null;

  // FileReader chromo_all_freader = null;
  // BufferedReader chromo_all_breader = null;
  RandomAccessFile rf = null;

  try {
   geneFamily_blast_freader = new FileReader(geneFamily_blast_all);
   geneFamily_blast_breader = new BufferedReader(
     geneFamily_blast_freader);

   // chromo_all_freader = new FileReader(chromo_all);
   // chromo_all_breader = new BufferedReader(chromo_all_freader);

   rf = new RandomAccessFile(chromo_all, "rw");
  } catch (FileNotFoundException e) {
   // TODO Auto-generated catch block
   e.printStackTrace();
   System.out.println("geneFamily_blast_all File Not Found!");
  }
  String geneFamily_blast_filepath = "";
  String chromo_all_filepath = "";
  /*
   * 输入路径是这种情况:D:\statistic\rice_genomices\chromosome01.fasta 模式用下面的
   * Pattern pattern = Pattern.compile("[\\\\.]"); 如果
   * 路径是这样的,D:/statistic/rice_genomices/chromosome01.fasta 则用Pattern
   * pattern = Pattern.compile("[/\\.]");
   */
  Pattern pattern = Pattern.compile("[/\\.]");
  String[] strs1 = null;
  String[] strs2 = null;
  String genefamily_out = "";
  while ((geneFamily_blast_filepath = geneFamily_blast_breader.readLine()) != null) {

   strs1 = pattern.split(geneFamily_blast_filepath);

     int i=0;
   
           
   while ((chromo_all_filepath = rf.readLine()) != null) {
    
    i=i+1;
    strs2 = pattern.split(chromo_all_filepath);
    genefamily_out = strs1[4] + "_" + strs2[3] + "." + strs2[4];

    System.out.println("genefamily_out  " + genefamily_out);

    /*
     * for (int i = 0; i < strs1.length; i++) { System.out.println(i
     * + strs1[i]); }
     */
   }
   if (i==12) {
    rf.seek(0);
   }
  }
 }

 /*
  * for (int i = 0; i < strs2.length; i++) { System.out.println(i +
  * strs2[i]); }
  */
}

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