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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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java 正则表达式 处理文件一例  

2010-06-23 22:40:23|  分类: java-j2ee |  标签: |举报 |字号 订阅

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import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.Scanner;
import java.util.regex.*;

/**
 *
 */

/**
 * @author Administrator
 *
 */
public class Test {

 /**
  *
  */
 public Test() {
  // TODO Auto-generated constructor stub
 }

 /**
  * @param args
  * @throws IOException
  */
 public static void main(String[] args) throws IOException {
  // TODO Auto-generated method stub
  
  Scanner stdin = new Scanner(System.in);

  System.out.println("请输入包含所有基因家族blast文件的文件名,如:/path/file:");

  String geneFamily_blast_all= stdin.nextLine();

 
  
  FileReader geneFamily_blast_freader = null;

  BufferedReader geneFamily_blast_breader = null;
  

  try {
   geneFamily_blast_freader = new FileReader(geneFamily_blast_all);
   geneFamily_blast_breader = new BufferedReader(geneFamily_blast_freader);
  } catch (FileNotFoundException e) {
   // TODO Auto-generated catch block
   e.printStackTrace();
   System.out.println("geneFamily_blast_all File Not Found!");
  }
  String geneFamily_blast_filepath="";
  String chromo_all_filepath="";
/*输入路径是这种情况:D:\statistic\rice_genomices\chromosome01.fasta
 * 模式用下面的
 * Pattern pattern = Pattern.compile("[\\\\.]");
 * 如果 路径是这样的,D:/statistic/rice_genomices/chromosome01.fasta
 * 则用Pattern pattern = Pattern.compile("[/\\.]");
 */
  Pattern pattern = Pattern.compile("[/\\.]");
  while((geneFamily_blast_filepath=geneFamily_blast_breader.readLine())!=null){
   
   String[] strs = pattern.split(geneFamily_blast_filepath);
   for (int i=0;i<strs.length;i++) {
    System.out.println(strs[i]); }
  }
   }

  
 

}

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