专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
2010-05-21 16:28:14| 分类： perl&bioperl | 标签： |举报 |字号大中小 订阅
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#!/usr/bin/perl -w print"请输入输入文件包括完全路径File>\n";
my $file=<STDIN>;
print"请输入输出文件包括完全路径File>\n";
my $file1=<STDIN>;
if(!open(File,$file)){
die "File not Found"; } if(!open(File1,"> $file1")){ die "File1 not Found"; } while(<File>){ chomp; print "$_\n"; print File1 "$_"; } close(File); close(File1); #################### 方案一 while 输出 最常用 open (FILES, "index"); while (<FILES>){ print; } close(FILES); 程序占用 CPU 时间：0.23 usr + 0.22 sys 合计运行时间 450 毫秒 ####################### 方案二： 数组读取输出 open (FILES, "index"); @reads=<FILES>; print @reads; 程序占用 CPU 时间：4.18 usr + 0.09 sys 合计运行时间 4270 毫秒 这个方法也常用，但效率最低的 换为@_; open (FILES, "index"); @_=<FILES>; print @_; 程序占用 CPU 时间：3.64 usr + 0.11 sys 合计运行时间 3750 毫秒 节省一点时间：） ################################ 方案三： open (FILES, "index"); @_=<FILES>; #print @_; close(FILES); foreach (@_){ print; } 程序占用 CPU 时间：3.79 usr + 0.15 sys 合计运行时间 3940 毫秒 很奇怪，和上面相同，说明，只要打印数组，就和foreach处理方式相同 ############################## 方案4 不打印 open (FILES, "index"); @_=<FILES>; #print @_; close(FILES); 程序占用 CPU 时间：3.45 usr + 0.00 sys 合计运行时间 3450 毫秒 还是相同 更奇怪，少一次循环，为什么时间还相同 ######################################### 方案6，用变量代替数组直接读取输出。 open (FILES, "index"); $/=""; $reads=<FILES>; print $reads; close(FILES); $/="\n"; 程序占用 CPU 时间：0.04 usr + 0.00 sys 合计运行时间 40 毫秒 真快丫 ############################################## 方案7 用分割变量来从新生成数组，代替数组@_=<FILES> 直接读取方式，循环输出 open (FILES, "index"); $/=""; $reads=<FILES> close(FILES); $/="\n"; @_=split ( /\n/,$reads); foreach (@_){ print $_; } 程序占用 CPU 时间：0.34 usr + 0.11 sys 合计运行时间 450 毫秒 有趣，比普通@_=<FILES> 直接读的方法要快10倍，但很是不解 如果数组不全部输出，单纯赋值占用时间很短 open (FILES, "index"); $/=""; $reads=<FILES> close(FILES); $/="\n"; @_=split ( /\n/,$reads); 程序占用 CPU 时间：0.05 usr + 0.00 sys 合计运行时间 50 毫秒 ############################################### 散列 -------------------------------------------------------------------------------- open (FILES, "index"); while (<FILES>){$i++; $hash{$i}=($_) } print %hash; close(FILES); 程序占用 CPU 时间：0.66 usr + 0.41 sys 合计运行时间 1070 毫秒 数组的最快方式是450毫秒，散列全部输出时间大概比数组慢一倍 散列不输出 open (FILES, "index"); while (<FILES>){$i++; $hash{$i}=($_) } #print %hash; close(FILES); 程序占用 CPU 时间：0.09 usr + 0.04 sys 合计运行时间 130 毫秒 还是比数组慢 从hash中取出一个元素 open (FILES, "index"); while (<FILES>){$i++; $hash{$i}=($_) } close(FILES); print $hash{8900}; 程序占用 CPU 时间：0.13 usr + 0.00 sys 合计运行时间 130 毫秒 几乎不增加时间 数组也是，测不出时间 open (FILES, "index"); $/=""; $reads=<FILES>; close(FILES); $/="\n"; @_=split ( /\n/,$reads); print $_[8900]; 程序占用 CPU 时间：0.05 usr + 0.00 sys 合计运行时间 50 毫秒 ########################## 以上测试结果有的差别很大，有的差别不大。 即使有些差别虽然是细微的，程序中如果把这些命令都采用最优化方式，相信会有效果的 我最近在把我的论坛调用比较频繁的核心代码进行逐行检查，反复测试优化中~~~~ 谁把其他的方法都测试以下，拿出来给爱好者继续分享，我也继续测试中，今晚测试系统级IO命令，看有没有差别 仅供参考。 附，my测试方法 ######################### use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser); use Benchmark; $TT0 = new Benchmark; print "Content-type: text/html\n\n"; open (FILES, "index"); $/=""; $reads=<FILES>; close(FILES); $/="\n"; @_=split ( /\n/,$reads); print @_; ########################### print"<hr>"; $TT1 = new Benchmark; $td = Benchmark::timediff($TT1, $TT0); $td = Benchmark::timestr($td); $td =~ /(\d+)\s*wallclock secs \(\s*?(\d*?\.\d*?)\s*usr\s*\+\s*(\d*?\.\d*?)\s*sys/i; my $alltimas=($2+$3)*1000; print "<center><font color=$cpudispcolor>程序占用 CPU 时间：$2 usr + $3 sys 合计运行时间 $alltimas 毫秒"; exit; |
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