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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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生物信息数据库大全  

2010-03-25 16:18:31|  分类: 生信数据库 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://smartli77.cctrblog.net/cmd.html?do=blogs&id=548&uid=1511

生物信息数据库

 

一.数据库目录

2000年,出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页,这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息学手册》中,他们进行了合并,又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出,分成以下16类:

1.  数据库目录

2.  综合数据库包括DNA序列阵:EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene

3.  DNA序列数据库主要是与基因结构和认定有关的数据库,如密码子使用频度表、真核生物启动子库、内含子和外显子库等

4.  RNA序列和核糖体数据库

5.  基因图谱数据库

6.  人类基因组数据库

7.  其他物种基因组数据库

8.  基因表达数据库

9.  基因突变、病理和免疫数据库

10.  蛋白质序列数据库

11.  蛋白质结构数据库

12.  比较基因组学和蛋白质组学数据库

13.  代谢途径和细胞调控数据库

14.  与农林牧有关数据库

15.  医学数据库

16.  其他数据库

二.综合数据库

INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护

EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库

http://www.ebi.ac.uk/embl.html

GenBank ,美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸数据库

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

GSDB是由美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome Sequence DataBase)

http://www.ncgr.org/gsdb/

TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库,还有大量的EST序列和人类基因索引(HGI)

http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

三.DNA序列和结构数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子

BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库

http://www.biosino.org/

CUTG,密码子使用频度表

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

http://www.kazusa.or.jp/codon/

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

EPD,真核生物启动子数据库(Eukaryotic Promotor Database)

http://www.epd.isb-sib.ch/

TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库

http://transfac.gbf.de/TRANSFAC

TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库

http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

OOTFD,转录因子和基因表达数据库

http://www.ifti.org/

RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库

http://www.girinst.org/~server/repbase.html

MicroSatellite,微卫星重复序列数据库

http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html

ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段

http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)

Simple Repeats,简单重复序列库

http://ncbi.nlm.nih.gov/

COMPEL,复合元件数据库

ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

MPDB,分子探针数据库

http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html

HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库,主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/

PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库.

http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/

PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物.

http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列.

http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/

HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.

http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html

OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database).

http://www.cme.msu.edu/OPD/

dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)

dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)

AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB

HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)

http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

DNA结构参数库.

ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/

SELEX_DB,随机化序列库.

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/

ASDB,交替剪接基因的数据库.

http://hattrick.lbl.gov:8888/

Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/

IDB和IEDB前者是内含子序列数据库,后者是内含子演化数据库http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html

EID,外显子、内含子数据库

http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/

ExInt,外显子、内含子数据库

http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html

NDB,核酸晶体结构数据库

ftp://ndbserver.rutgers.edu/

http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html

VectorDB,载体数据库

http://vectordb.atcg.com/

Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)

ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)

四.RNA序列和核糖体数据库

1993年成立的RNA学会,在出版RNA刊物同时,还维护着两个信息网页:

http://www.pitt.edu/~rna1/

http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html

snoRNA,小核仁RNA数据库

http://www.bio.umass.edu/biochem... noRNA-DataBase.html

Small RNA数据库

http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html

RNAse P数据库,包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html

tmRNA网点包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引,以及简要综述等

http://www.indiana.edu/~tmrna/

tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据

http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html

gRNA,导引RNA数据库

http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/

SRPDB,信号识别粒子数据库

http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html

TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/

类病毒和类病毒样RNA数据库

http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/

UTRdb和UTRsiteUTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库,UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段

http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/

ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库

http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html

RNAmods,RNA修饰数据库

http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html

ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)

AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库

http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html

tRNA序列和基因、结构与功能数据库

http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/

PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

http://www.ebi.ac.uk/services/

16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库,是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库

http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html

ftp://acad.fandm.edu(/nar/)

RNA www,RNA二级结构网页,也有16S RNA和23S RNA的数据

http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/

uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据

http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html

U-insertion/deletion,编辑序列数据库,包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列

http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html

PseudoBase,假扭结数据库

http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html

RDP,核糖体数据库计划包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成

http://www.cme.smu.edu/RDP/

http://rdpwww.life.uiuc.edu/

http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)

SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库

http://rrna.uia.ac.be/ssu/

LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库

http://rrna.uia.ac.be/lsu/

5S rRNA数据库

http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html

DRC,核糖体交链数据库

http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/

ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/

RNA非正则配对数据库

http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/

五.基因图谱数据库

Rhdb,辐射杂交数据库

http://www.ebi.ac.uk/RHdb

http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

Mouse RH数据库

http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

GDB,人类基因组数据库

http://www.gdb.org/

ftp://ftp.gdb.org/

GeneMap’99,人类基因图谱1999年版

http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

六.人类基因组有关数据库

人类染色体数据网址:

http://linkage.rockefeller/chr1/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr1

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr2

http://mars.uthscsa.edu/

http://www.genomics.org.cn/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr4

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr6

http://www.genet.sickkids.on..ca/chrdb

http://www.gc.bcm.tmc.edu:8080/chr8/home.html

http://www.gene.ucl.ac.uk/chr9

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr9

http://www.cric.com/htdocs/chr10-mapping/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/

http://chr11.bc.ic.ac.uk/

http://mcdermott.swmed.edu/datapage/

http://shows.med.buffalo.edu/database.html

http://paella.med.yale.edu/chr12/home.html

http://genome.ccc.columbia.edu/~genome/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.tigr.org/tdb/humgen/c16.html

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr20.txt

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr21.txt

http://www-eri.uchsc.edu/chr21/welcome.html

http://www.cephb.fr/chromosome21.html

http://www.cbil.upenn.edu/HGC22.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr22.txt

http://www.sanger.ac.uk/hum22/HGP/chr22/

http://www.genome.ou.edu/gifs/

http://www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx..txt

http://gc.bcm.tmc.edu:8080/chrX/home.html

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchry.txt

http://www.infinity.gen.emory.edu/mitomap.html

1.人类基因组测序中心

HUGO是人类基因组组织的缩写

http://hugo.gdb.org/

HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分,其中反映中国情况的短文在:

http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html

美国能源部支持的人类基因组计划

http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html

美国国家卫生署对人类基因组计划的支持,通过NHGRI即国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)体现

http://www.nhgri.nih.gov/

英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者

http://www.wellcome.ac.uk/

百慕大原则:测序的中间和最终结果都必须迅速的公开

http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html

世界上主要人类基因组测序中心的名单

http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html

http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html

NCBI的GenBank数据库从1999年10月起,建立了智人基因组子目录,其下按染色体编号设子目录

http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/

英国的Sanger中心的人类基因组计划网页,不仅有它们负责测序的染色体数据,还有到其他染色体数据的链接

http://www.sanger.ac.uk/HGP/

日本的DDBJ和信息生物学中心(CIB)联合建立了一个Human Genomics Studio,可以按染色体编号检索和查找基因序列

http://studio.nig.ac.jp/

Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一承担人类基因组计划的三分之一,集中在1、6、9、10、13、20、22和X

http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html

LBNL,Lawrence Berkeley  国家实验室

http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html

LLNL,Lawrence Livermore 国家实验室

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

LANL,美国洛斯阿拉莫斯国家实验室

http://www-ls.lanl.gov/index.html

JGI,由美国能源部支持的,依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所(Joint Genome Institute)

http://jgi.doe.gov/

UWGC,华盛顿大学基因中心,是国际上最活跃的测序中心之一

http://www.genome.washington.edu/

ftp://ftp.genome.washington.edu/

SHGC,斯坦福大学人类基因中心,主要做高分辨率辐射杂交图谱,以及人类第四号染色体BAC克隆的测序

http://www-shgc.stanford.edu/

美国哥伦比亚大学基因中心,主要研究和人类疾病有关的基因和第13号染色体图谱

http://genome1.ccc.columbia.edu/~genome/

http://genome3.cpmc/columbia.edu/~legion/

GENETHON,法国人类基因组研究中心

http://www.genethon.fr/genethon_en.html

2.人类基因组有关数据

GenBank、 EMBL 、GSDB 、GDB等综合数据库的主要内容都来自人

UniGene,人类基因序列集合,搜集了GenBank中不同基因产物的序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/

HIB数据库,是德国人类基因组计划中基因分析项目所建立的自动注释的基因集团数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/

dbSNP,设在美国国家生物技术信息中心NCBI的单核苷酸多态性数据库,收录单核苷酸置换,以及短的删除和插入所导致的多态性

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

Whitehead的生物医学研究所的人类单核苷酸多态性(SNP)数据库

http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/human

HGBASE是人类双等位基因序列(Human Genic Bi-Allelic Sequences)的缩写,这是人类基因从启动子到转录终点,即基因及其前后所发现的所有单核苷酸多态性和其他变化的数据库

http://hgbase.interactiva.de/

http://hgbase.cgr.ki.se/

位于St.Louis的华盛顿大学的SNP数据库

http://www.ibc.wustl.edu/SNP/

I.M.A.G.E协作组,他们共享高质量的cDNA克隆库,并把有关序列、图谱和表达数据公开

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/image/image/html

美国菌种保藏中心(American Type Culture Collection)

http://www.atcc.org/

GenMapDB,V.Cheung实验室维护的一个BAC图谱数据库

http://w95vcl.neuro.chop.edu/vcheung/

BAC Ends,人类BAC末端数据库

http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/

HUGE,人类未经实验证实的编码基因的数据库

http://dazusa.or.jp/huge/

IXDB,集成的人类X染色体物理图谱数据库

http://ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/

Genotype,法国人类多态性研究中心的基因型数据库

http://www.cephb.fr/cephdb/

VIRGIL,专门为GDB中的人类基因和GenBank中的DNA序列提供对应链接关系的数据库

http://www.infobiogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.html

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)

KinMutBase,人类致病蛋白质激酶突变数据库

http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/

CpGIsle,人类基因中CpG岛数据库

ftp://bioslave.uio.no(/cpgisle)

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/cpgisle/)

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)

p53数据库研究人类肿瘤及肿瘤细胞系p53基因突变的数据库,包括:p53库、体细胞突变库、种系突变库和细胞系突变库

http://perso.curie.fr/tsoussi/

IARC p53数据库法国国际癌症研究会的肿瘤和细胞系P53基因突变数据库

http://www.iarc.fr/p53/homepage.html

http://www.ebi.ac.uk/

p53数据库具有癌症倾向家族P53种系突变数据库

http://www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.html

ftp://ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)

人类P53基因突变及软件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_p53.html

人类hprt即次嘌呤磷酸核糖基转移酶基因突变数据库和在PC视窗下运行的分析软件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_hprt.html

转基因啮齿动物LacI数据库

http://metalab.unc.edu/dnam/des_laci.html

转基因啮齿动物LacZ突变库基因突变数据库及分析软件

http://matalab.unc.edu/dnam/des_lacz.html

WRN基因突变与遗传病Werner综合征有关

http://www.pathology.washington.edu/werner/ws-wrn.html

OMIM,在线人类孟德尔遗传数据库

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/

STACK,南非国家信息中心SANBI维护的一个序列标记联配和代表序列知识库

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

SANIGENE是与STACK密切相关的一个数据库它包含所有经过计算机处理联配过的人类基因EST的集团

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

七.其他物种基因组数据库

DOGS,基因组尺寸数据库

http://www.cbs.dtu.dk/

GenBank的/genomes/子目录:

ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)

  EuGenes,真核生物基因综合知识库,目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据

http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes

1.原核生物基因组

细菌基因组计划的进展情况,可从以下网站查询:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html

MOT ,欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表

http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/

GIB,日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes 的缩写

http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

MAGPIE测序计划清单也可以参考

http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html

EMGLib,增补微生物基因组库

http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列,可由GenBank的子目录/genomes/获取,或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心,即Blattner实验室的网页读取:

http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/

ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库,包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)

EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库,包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息

http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/

RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库

http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库,包括完全基因组、密码子使用表、基因图谱和基因家族

http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库

http://www.tigr.org/tdb/mdb/hidb/hidb.html

ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae

HIDC,流感署血菌基因序列库

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

CyanoBase,蓝细菌数据库,实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因

http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

MJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库

ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)

http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

MycDB,分枝杆菌数据库

http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

RsGDB,类球红细菌基因组数据库第一作者联系:

mailto:/madhu@utmmg.med.uth.tmc.edu

PGI,疫霉属基因预研究计划的数据库

http://www.ncgr.org/pgi/

2.真菌基因组

SGS,酿酒酵母基因组数据库

http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库

http://www.ch.embnet.org/

ftp://bioftp.unibas.ch/

MYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

YIDB,酵母内含子数据库

http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

MNCDB,由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

真菌基因组资源的网址:

http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

FGSC,真菌遗传学信息中心

http://www.fgsc.net/

3.原生生物和线虫基因组

欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网页:

http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

AceDB,线虫综合数据库

ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究

http://devbio-mac1.ucsf.edu/

4.昆虫基因组

斯坦福大学的果蝇基因组中心

http://www.fruitfly.org/

FlyBase,果蝇基因和分子数据库

http://flybase.bio.indiana.edu/

ftp://flybase.bio.indiana.edu/

FlyNets,果蝇分子和遗传相互作用数据库

http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/

GIF-DB,果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的WWW数据库

http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

哈佛大学的果蝇网页

http://morgan.harvard.edu/

MsqDB,蚊子基因数据库

http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html

ftp://klab.agsci.colostate.edu/

5.鱼类数据库

美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页

http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

ZFIN,斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库

http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

Fugu是河豚的数据库

http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

6.啮齿动物基因组

下面是有关家鼠的数据库

M.Musculus基因组库

ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

MGD,家鼠基因组库,现在又称MGI即家鼠基因组信息库

http://www.informatics.jax.org/mgd.html

ftp://ftp.informatics.jax.org/

Cre转基因家鼠系的数据库

http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

RatMap,大鼠基因图谱数据库

http://ratmap.gen.gu.se/

7.细胞器数据库

主要是线粒体和叶绿体基因的数据

MitoNuc和MitoAln是关于编码线粒体蛋白的细胞核基因的两个相互关联的数据库

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

GOBASE,细胞器基因组数据库

http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

MitBASE,线粒体DNA数据库,集成所有已知线粒体基因信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

人类线粒体数据库

http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/

MitBASE Pilot,酵母线粒体中核基因数据库

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

植物和藻类线粒体数据库

http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb... .pla_show_qry_opts/

原生生物线粒体数据库

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu... /protist_table.html

脊椎动物线粒体数据库

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html

8.拟南芥基因组

MATDB,国际拟南芥基因组计划的数据汇总

http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

AtDB,拟南芥基因组数据库

http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)

DatA,拟南芥基因组注释库

http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/

TAIR,拟南芥信息资源

http://www.arabidopsis.org/

AGR,拟南芥基因组资源

http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html

TIGR-AT,TIGR研究所的似南芥EST和基因序列数据库

http://www.tigr.org/tdb/at/at.html

9.病毒数据库

ICTVdB,病毒数据库

http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

VIDEdB,病毒鉴定交换数据库

http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/

RDV,水稻矮缩病毒基因组数据库

http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/

八.蛋白质序列数据库

SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的库

http://www.expasy.ch/sprot/

TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列,已经完成了自动注释

http://www.ebi.ac.uk:5000/

PIR是蛋白质信息资源的缩写

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/

GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列,与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读

http://www.infobiogen.fr/srs/

PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库

http://www.expasy.ch/prosite/

PrositeScan服务器,根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

PSD,蛋白质序列数据库,是PIR的主体

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html

PATCHX,PIR的子库之一,收入尚未纳入PIR库的蛋白质序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html

ARCHIVE,PIR的子库之一,保存PIR库中条目的原始文献或最初提交的序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html

ProClass,蛋白质类数据库,是根据PROSITE库和PIR库中超家族的关系组织起来的非冗余蛋白质库

http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html

http://diana.uthct.edu/proclass.html

PIR-ASDB,PIR的注释和相似性数据库

http://www-nbrf.georgetown.edu/por/

KIND,瑞典斯德哥尔摩生物信息中心维护的非冗余蛋白质序列库

ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)

ENZYME,基于命名系统的酶数据库

http://www.expasy.ch/enzyme/

BRENDA,这是一个内容广泛的酶的信息库

http://www.brenda.uni-koeln.de/

OWL,蛋白质序列库,是由SWISS-PROT,PIR,GenBank翻译序列和PDB等数据库产生的非冗余的蛋白质序列库

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html

GeneCards,由以色列魏茨曼科学研究所维护的关于基因及其产物,以及它们的生物医学应用的文献库

http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards

SWISS-2DPAGE,由二维聚丙烯酰胺凝胶电泳所确定的蛋白质的参考图谱数据库,包括文本和图象信息,通向其他2D-PAGE数据库的链接等

http://www.expasy.ch/ch2d/

HDB,组蛋白数据库,包括联配好的组蛋白序列以及已确认包含有组蛋白折叠模体的非蛋白序列,以及所有已知组蛋白和组蛋白质折叠的结构,同时指出不同数据库中类似序列的差异

http://genome.nhgri.nih.gov/histones/

HOBACGEN数据库,包含按家族组织的所有细菌的蛋白质序列,有助于从各种细菌选取同源家族,作多序列联配和构建亲缘树

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/medgen/mitop/

MITOP,线粒体蛋白质组数据库,包括线粒体有关的基因、蛋白质和疾病信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

MITOMAP,人类线粒体基因组数据库

http://www.gen.emory.edu/mitomap.html

REBASE,限制性内切酶和甲基化酶数据库

http://www.neb.com/rebase

ProtoMap,蛋白质分类数据库

http://www.protomap.cs.huji.ac.il/

ISSD蛋白质序列数据库

http://www.protein.bio.msu.su/issd/

PRF,日本蛋白质研究基金会维护着三个蛋白质和多肽数据库:PRF/LITDB文献库、PRF/SEQDB序列库及PRF/SYNDB合成产物库

http://prfsun2.prf.or.jp/

MEROPS,肽酶数据库

http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html

PKR,蛋白激酶信息库

http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html

Wnt基因网页

http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html

PhosphoBase,磷酸化位点数据库

http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/

SYSTERS,蛋白质集团数据库

http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/

DIP蛋白质相互作用数据库

http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/

DexH/D数据库

http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm

Homeodomain,同源异形结构域数据库

http://genome.nhgri.gov/homeodomain/

InBase,新英格兰生物实验公司的蛋白质剪接数据库

http://www.neb.com/neb/inteins.html

LGICdb,配体门控离子通道数据库

http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html

SENTRA,信号传递蛋白质数据库

http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/

ICN,离子通道网络,是由美国神经科学数据库中心等单位联合建立的一个内容丰富的网页

http://pain.med.umn.edu/csn/

Aaindex,氨基酸索引数据库

http://www.genome.ad.jp/aaindex/

九、蛋白质结构和分类数据库

PDB,蛋白质结构数据库

http://www.rcsb.org/pdb/

RCSB,结构生物信息学信息学合作研究组织

http://www.rcsb.org/

PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目

http://www.pdb.bnl.gov/

PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基础上建立的二级库,包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等

http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)

PDB at a Glance清单

http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html

PDBselect数据库

http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/

PDBsum是PDB库中数据的更便于阅读的总结和分析,以及一些衍生数据

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html

BioMagResBank简称BMRB,是关于多肽、蛋白质和核酸的核磁共振数据库

http://www.bmrb.wisc.edu/

CSD,剑桥结构数据库

http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html

NRL-3D,三维结构已经确定的蛋白质序列库

http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html

FAMBASE,,是每个蛋白质家族的代表序列的集合,它有助于加速同源性搜索

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html

ProtFam,蛋白质超家族的序列联配数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/

SCOP,蛋白质结构分类数据库

http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/

CATH,蛋白质结构与功能关系分类数据库

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

PIR-ALN,蛋白质序列联配数据库

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html

3Dee,蛋白质结构域定义的数据库

http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/

ProTherm,蛋白质及其变异体热力学数据库

http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html

ASTRAL是基于SCOP数据库的一组分析蛋白质结构和蛋白质序列的数据库和工具

http://astral.stanford.edu/

RESID,蛋白质翻译后修饰情况的数据库

http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html

SMART是简单模块构架搜索工具的缩写

http://SMART.embl-heidelberg.de/

PROMISE数据库

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html

MMDB蛋白质分子模型数据库

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

VAST矢量联配搜索工具

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

DSSP,PDB库中所有蛋白质条目的二级结构归属数据库

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

HSSP,按同源性导出的蛋白质二级结构数据库

http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/

Dali/FSSP,基于PDB数据库中现有蛋白质三维结构,用自动结构对比程序Dali逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库

http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/

http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/

3d_ali数据库,搜集彼此相关的蛋白质序列和结构数据

http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html

DEF蛋白质折叠类的预测数据库

http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html

INFOGENE,Sanger中心计算基因组学小组维护的、各基因组测序计划所提供的序列中已知的蛋白质和预测出的基因与蛋白质的数据库

http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html

TMBase,跨膜蛋白数据库

ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)

PRESAGE是关于结构基因组学的一个数据库,它为库中每个蛋白质搜集了反映当前实验状况、结构、模型和研究建议的注释

http://presage.stanford.edu/

SBASE,带有注释的蛋白质序列片、即蛋白质结构域的数据库,由ICGEB建立和维护

http://www.icgeb.trieste.it/sbase/

InterPro,集成的蛋白质结构域和功能位点数据库

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

HITS,瑞士新近建立的一个蛋白质结构域数据库

http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index

BLOCKS,蛋白质分类与同源性数据库,包含蛋白质家族中保守区域的组块多序列联配的数据

http://www.blocks.fhcrc.org/

BLOCKS+数据库

http://www.blocks.fhcrc.org/

PFAM高质量的蛋白质结构域家族数据库

http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/

PRINTS数据库最近改名为PRINTS-S,这是一个蛋白质家族的指纹和模体数据库

http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/

ProDom自动产生的蛋白质结构域家族数据库

http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html

DOMO,蛋白质结构域数据库

http://www.infobiogen.fr/services/domo/

GRBase,这是参与基因调控的蛋白质的数据库

http://www.access.digex.net/~regulate/

PMD,蛋白质突变体数据库

http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/

GLYCBASE,蛋白质糖基化位点数据库

http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/

ORDB嗅觉受体蛋白质序列数据库

http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/

CarbBank亦称CCSD,复杂碳水化合物结构数据库,通常与蛋白质结构数据库归在一起

http://www.ccrc.uga.edu/

SWISS-3DIMAGE,蛋白质三维图象和PDB浏览器

http://www.expasy.ch/sw3d/

IMB,大分子三维图象库

http://www.imb-jena.de/IMAGE.html

BioImage,多维生物学数据库

http://www-embl.bioimage.org/

MolMovDB,耶鲁大学的生物信息学研究室维护的分子运动数据库

http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/

ModBase,蛋白质结构模型比较数据库

http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/

十.比较基因组学和蛋白质组学数据库

COG直系同源聚类数据库

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

GeneCensus,耶鲁大学生物信息学研究室维护的各物种基因组的比较数据库,着重于折叠单元的结构对比

http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

XREFdb,哺乳动物和模式生物的基因和遗传学交叉引用数据库

http://www.proteome.com/YPDhome.html

YPD,酿酒酵母蛋白质组数据库

http://www.proteome.com/YPDhome.html

WormPD,线虫蛋白质组学数据库

http://www.proteome.com/YPDhome.html

十一.基因表达数据库

Flyview,果蝇基因表达数据库

http://flyview.uni-muenster.de/

Flybrain,果蝇神经系统图谱和数据库

http://flybrain.uni-freiburg.de/

NEXTDB,线虫基因表达模式数据库

http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/

MAGEST数据库,其名字来自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短语的缩写

http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/

BodyMap,人类和家鼠基因表达数据库

http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/

Axeldb,非洲爪蟾基因表达数据库

http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html

XMMR,非洲爪分子标记资源

http://vize222.zo.utexas.edu/

TRIPLES,酵母基因功能数据库,设在耶鲁大学医学院的基因组分析中心

http://ygac.med.yale.edu/triples/

MGEIR,集成的家鼠基因表达信息资源

http://genex.hgu.mrc.ac.uk/

GXD,家鼠基因表达数据库

http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html

EpoDB,脊椎动物红细胞生成基因表达分析数据库

http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/

KidneyDB,肾脏发育数据库

http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html

ToothExp,牙齿基因表达数据库

http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

十二.基因突变、病理和免疫数据库

HGMD人类基因突变数据库,可用于预测基因疾病

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Marfan人类FBN1基因突变数据库及分析软件

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Collagen人类胶原数据库

http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/

人类PAX2等位基因变异数据库

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/

人类PAX6等位基因突变数据库

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata.PAX6/

Androgen雄激素受体突变数据库,包含与男性性器官发育不良、前列腺癌等有关图谱,密度、频度以及基因型和表现型关联数据

http://www.mcgill.ca/androgendb/

ALFRED为Allele FREquency Database 的缩写这是由耶鲁大学K.K.Kidd实验室维护的一个针对人口多样性和DNA多态性的等位基因数据库

http://alfred.med.yale.edu/alfred/

CD40LBASE,CD40L基因突变数据库

http://www.expasy.ch/cd40lbase/

KMDB由日本庆应义塾大学医学院建立的一组与人类疾病有关的基因突变数据库

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMeyeDB人类疾病和眼病基因突变人类心脏病基因突变数据库

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

KMearDB人类耳病基因突变数据库

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMbrainDB人类脑病基因突变数据库

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMcancerDB人类癌症基因突变数据库

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

OMIA是一大批动物的孟德尔遗传、疾病、基因型和表现型的数据库

http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

Atlas法国建立的针对肿瘤学和血液学的遗传与细胞遗传交互数据库

http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

HAMSTeRS凝血因子VIII结构和突变位点数据库

http://europium.mrc.rpms.ac.uk/

HaemB,B型血友病凝血因子IX点突变和短插入或删除序列的数据库

http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html

TTMD转基因动物和靶突变数据库

http://tbase.jax.org/

FIMM功能分子免疫学数据库

http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/

MTB家鼠肿瘤生物学数据库

http://tumor.informatics.jax.org/

BCGD人类乳腺癌基因数据库

http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html

PAH是导致人类苯丙酮尿症的苯丙氨酸羟化酶特异位点数据库

http://www.mcgill.ca/pahdb/

CFTR,囊性纤维变跨膜调控子突变数据库

http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

NRR核受体资源计划,包括糖类皮酯激素、矿质肾上腺皮质激素、甲状腺激素、维生素D受体、类固醇受体等信息的数据库

http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html

IMGT1989年建立的国际免疫遗传学数据库

http://imgt.cines.fr:8104/

HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金会的人类白细胞抗体HLA住处30年前由E.A.Kabat建立的具有免疫学意义的蛋白质序列数据库

http://www.anthonynolan.com/HIG/

PEDB前列腺表达数据库

http://www.mbt.washington.edu/PEDB/

HIV,艾滋病分子免疫学数据库

http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html

斯坦福大学的HIV RT数据库,包含几乎全部已发表的HIV RT和蛋白酶序列,是研究抗HIV药物靶分子演化和与药物有关变化的原始资料

http://hivdb.stanford.edu.hiv/

十三.代谢途径和细胞调控数据库

WIT是What Is There的缩写是美国阿贡国家实验室的一个集成的重构代谢途径和模型的系统

http://www.cme.msu.edu/WIT/

EMP是酶与代谢途径的缩写

http://biobase.com/emphome.html/

MPW代谢途径数据库,是EMP库的一个子集

http://www.cme.msu.edu/MPW/

PUGA原是单细胞生物代谢途径亲缘联配数据库

http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/

EcoCyc数据库和MetaCyc数据库

http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/

PathDB,代谢途径数据库

http://www.ncgr.org/Software/pathdb/

KEGG,京都基因与基因组百科全书,它包含核酸分子、蛋白质序列、基因表达、基因组图谱、代谢途径图等

http://www.genome.ac.jp/kegg/

由Boehringer Mannheim公司提供的代谢途径图,悬挂在许多生化实验室的墙壁上

http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

SMILES是一个辅助性数据库,它搜集与代谢途径有关的化合物名称

http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/

LIGAND,酶反应化学数据库,由日本京都大学化学研究所维护

http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

CSNDB细胞中信号网络的数据库

http://geo.nihs.go.jp/csndb/

Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解数据库

http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html

十四.与农林牧有关数据库

美国农业部国家农业图书馆基因组信息系统,它本身的服务器基于AceDB

http://probe.nalusda.gov:8000/

ARS农业研究服务处新设立在康奈尔大学的USDA-ARS生物信息学和比较基因组学中心,ARS是Agricultural Research Service的缩写

http://ars-genome.cornell.edu/

AgDB农业数据库和信息资源总清单

http://www.agnic.org/agdb/

设在英国爱丁堡的Roslin研究所的生物信息组,发展了名为“方舟”的系统来搜集和比较各种动物基因图谱

http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi... swer.sh?species=pig

INRA法国国家农业研究所

http://locus.joun.inra.fr/

美国得克萨斯A&M大学是牛类基因图谱数据库的原始网址和绵羊、马数据库的镜象点:

http://bos.cvm.tamu.edu/

美国衣阿华州立大学有猪和鸡基因图谱数据库的镜象点:

http://www.genome.iastats.edu/

1.农作物

UK CropNet英国农作物植物生物信息网络

http://synteny.nott.ac.uk/

INE水稻基因数据库

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种

http://www.ncgr.ac.cn/

美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库,包括基因组注释库、重复序列库,以及基因索引

http://www.tigr.org/tdb/rice/

RiceGenes是美国康奈尔大学的水稻基因组数据库

http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

GrainGenes是美国农业部和国家农业图书馆的植物基因组计划支持的麦、燕麦和甘蔗遗传数据库

http://ars-genome.cornell.edu/rice/

关于世界范围的水稻生产和市场等情况

http://www.riceweb.org/

WHEAT小麦基因图谱数据库

http://wheat.pw.usda.gov/

KOMUGI日本小麦网,是由不得6所大学和研究所联合维护

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

MaizeDB玉米基因组数据库

http://www.agron.misouri.edu/top.html

ZmDB玉米基因组数据库

http://zmdb.iasstate.edu/

ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

豆类基因图谱:

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/

MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicago truncatula的基因组研究,在2000年4月已经提交15000多条EST

http://www.ncgr.org/research/mgi/

cottonDB美国南方平原农业研究中心所维护的棉花数据库

http://algodon.tamu.edu/

TreeGenes树木遗传图谱数据库

http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html

2.家畜、家禽和鱼类

ChickGBASE鸡基因图谱计划,搜集全世界鸡基因图谱信息

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html

Swimemap猪基因图谱计划,饮食店染色体图谱和标记

http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

PiGBASE,猪基因图谱信息库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

SheepBase已发表的绵羊基因位点数据库

http://dirk.invermay.cri.nz/

Goatmap,山羊基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

HorseMap马基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

Bovmap法国的牛基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

BovBase英国的牛基因图谱数据库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

BovGBASE美国农业部的家畜基因组图谱计划中的牛基因数据库

http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.htm

Buffmap水牛基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

DogMap狗基因图谱数据库

http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

CatMap猫基因图谱数据库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/

RabbitMap兔基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

RainMap彩虹鳟鱼基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

另一个鳟鱼科基因数据库在美国华盛顿州立大学:

http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html

十五.生物医学文献数据库

MEDLINE是美国国家医学图书馆的文献摘要库,反映美国及其他国家3800多种医学和生物期刊的作者摘要和引用情况

http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html

最为方便的查询MEDLINE的方式,是通过NCBI的PubMed服务:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

SeqAnalRef这是由A.Bairoch个人维护的有关序列分析的文献目录

http://www.espasy.ch/seqanalref/

SCI是设在美国费城的科学信息研究所所提供的文献引用情况的检索服务

http://webofscience.com/

CancerWeb癌症网页:

http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html

HUMAT人体解剖学数据库

http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/

KeyNet按生物序列功能组织的基因和蛋白质名称关键字库

http://www.ba.cnr.it/keynet.html/

BioABACUS生物学与生物技术以及计算机科学缩写字表

http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html

十六.其他数据库

Taxonomy分类学数据库

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html

ETI世界生物多样性数据库设在荷兰的分类鉴定专家中心

http://www.eti.uva.nl/

位于美国麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一个海洋动物数据库

http://www.mbl.edu/

TAED适应性演化数据库

http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html

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