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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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如何进行序列同源性分析及BLAST同源性步骤  

2010-03-23 21:55:59|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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本文介绍用NCBI的blast工具进行序列的同源性分析的详细步骤。


将我们在序列拼接一文中得到的病毒全基因组,进行同源性分析,分析拼接得到的序列与其他序列的相似性,从而为进一步的进化树分析打好基础。
1进入:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

2 在“Enter accession number, gi, or FASTA sequence”,文本框中输入拼接得到的序列,在Database里面选择Others,单击blast等待后得到下图:


3 以上即得到了同源分析的结果。根据这些结果,选择同源性高的,下载下它们的Fasta格式的序列,以为进一步的进化分析做基础。
文章出处:http://www.sunjsp.com/archives/887.html




1.1 核酸序列的检索
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
1.2
核酸序列的同源性分析
1.2.1
基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi
1.2.2
核酸序列的两两比较
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html
1.2.3
核酸序列的批量联网同源性分析(方案)
1.3
核酸序列的电子延伸
1.3.1
利用UniGene数据库进行电子延伸(方案)
1.3.2
利用TigemEST Machine进行电子延伸
EST Extractor: http://gcg.tigem.it/blastextract/estextract.html
EST Assembly: http://www.tigem/ESTmachine.html
1.3.3
利用THC数据库对核酸序列进行电子延伸
http://gcg.tigem.it/UNIBLAST/uniblast.html
1.4
核酸序列的开放阅读框架分析
1.4.1
基于NCBI/ORF finderORF分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html




序列分析和多序列比较
BLAST Web site
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

FASTA at EBI
http://www2.ebi.ac.uk/fasta3/

CLUSTALW software
ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW

HMMER software
http://hmmer.wustl.edu/

SAMprofilesoftware http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

BCM Search Launcher
http://kiwi.imgen.bcm.tmc.edu:8088/searchlauncher/launcher.html

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