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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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使用sed等命令删除文本中的^M  

2010-03-13 17:02:41|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://www.diybl.com/course/6_system/linux/Linuxjs/20090517/167195.html

http://bbs.linuxtone.org/thread-1731-1-1.html

问题描述:对于换行,window下用回车换行(0A0D)来表示,linux下是回车(0A)来表示。这样,将window上的文件拷到unix上用时,总会有个^M

。 使用命令:cat filename1 | tr -d “^V^M” > newfile;

使用命令:sed -e“s/^M//g” filename > outputfilename.需要注意的是在1、2两种方法中,^V和^M指的是Ctrl+V和Ctrl+M.你必须要手工进行输入,而不是粘贴。g表示全部全局
sed -i 's/^M//g'  filename > outputfilename.

sed -i 's/^M//g'  filename (不输出新的文件)

。 在vi中处理:首先使用vi打开文件,然后按ESC键,接着输入命令:%s/^V^M//.

  注意:在linux shell中 ^M的输入方式,Ctrl+v+m 相当于Ctrl+v 输出‘^’

如果上述方法无用,则正确的解决办法是:

。 tr -d "\r" < src >dest

。 tr -d "\015" dest

。 strings A>B



 sed -i 's/>//g' 080806_I328_FC30B3BAAXX_L8_ORZlzkT2DRAAPE_2.fa

 paste -d ":" 080806_I328_FC30B3BAAXX_L8_ORZlzkT2DRAAPE_1.fa 080806_I328_FC30B3BAAXX_L8_ORZlzkT2DRAAPE_2.fa > 2.fa
sed -i 's/N//g'  1-2-3.fa

替换一行

 sed -i '1d' gene2accession >gene2accession
 sed -n '1d' gene2accession >gene2accession

sed -e '1d' filename > filename

也可以这样转换一下:

dos2unix /home/SCE/zhaolei/gcc-4.4.3/gcc-env.sh


nr:

grep "^>gi|242068513" nr >test_nr.txt
sed -i 's/^A/>/g' nr >new_nr

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