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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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使用paste合并文本的行列  

2010-03-13 16:57:40|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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本原创文章属于《Linux大棚》博客,博客地址为http://roclinux.cn。文章作者为rocrocket。

为了防止某些网站的恶性转载,特在每篇文章前加入此信息,还望读者体谅。

===

[正文开始]


在本系列上一篇文章中涉及到了cut命令(《cut命令》-linux命令五分钟系列之十九),本文章介绍的这个paste命令,是一个专门和cut对着干的命令,作用是将几个文件拼凑在一起。

1 paste的拼凑原理是什么?

这个很简单,和cut的原理几乎一样,就是将几个文件的相应行用制表符连接起来,并输出到标准输出。

paste最简单的使用方法是:

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat p1.txt

1
2
3
[rocrocket@rocrocket programming]$ cat p2.txt
a
b
c
[rocrocket@rocrocket programming]$ paste p1.txt p2.txt
1    a
2    b
3    c
[rocrocket@rocrocket programming]$ paste p1.txt p2.txt|sed -n l
1\ta$
2\tb$
3\tc$

看到制表符了吧,它就是默认的间隔符。

2 上面的例子是两个文件的,那三个文件呢?

当然也可以了。看看例子吧:

[rocrocket@rocrocket programming]$ cat p3.txt
I
II
III
[rocrocket@rocrocket programming]$ paste p1.txt p2.txt p3.txt
1    a    I
2    b    II
3    c    III
[rocrocket@rocrocket programming]$ paste p3.txt p2.txt p1.txt
I    a    1
II   b    2
III  c    3

可见paste的结果是和文件列表的顺序有关的。

3 我不想用制表符来间隔,我想用星号(*),可以么?

行的!使用-d符号就可以设定间隔符,这和cut没有两样。看看例子:

[rocrocket@rocrocket programming]$ paste -d '*' p3.txt p2.txt p1.txt
I*a*1
II*b*2
III*c*3

要注意一点,此处一定要把星号用引号括起来哦(单引号双引号均可),否则shell会把星号扩展为当前目录下的文件列表哦,小心小心。

4 我看过paste命令的man,里面提到了一个-s选项,我不懂是什么意思?

这个很好解释,继续上面的例子,看看这个命令:

[rocrocket@rocrocket programming]$ paste -s -d "*" p3.txt p2.txt p1.txt
I*II*III
a*b*c
1*2*3

呵呵,懂了吧,-s就是以每个文件为一个处理单元,将其中的所有行以-d设定的间隔符相连接组成一大行,输出到标准输出中。

另外,可以用 > 或者 >>重定向符号 输出到文件中

如: paste -d: p1.txt p2.txt>p4.txt

另外,在文本有换行符的话,打开合并后的文件后有一个^M的字样,后文中再讲述怎样处理。


交叉合并

文件A: 1
          2
          3
          4
          5
          6......
文件B:a
         b
         c
         d
         e
         f......
我希望合并后的结果是
文件C:
        1
        a
        2
        b
        3
        c
        4
        d
        5
        e
        6
        f......

paste A B |tr "\t" "\n"
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