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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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linux64位机-graphviz-2.26安装  

2010-03-10 20:54:28|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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graphviz安装手记


   http://ultrajava.blogcn.com/diary,117968751.shtml

我的机子是64位机,系统是RHEL5.4,按上面这位老兄的安装 办法 ,搞了一下午,也没有安装 上。
然后在这http://old.nabble.com/install-in-unix-problem-td27801907.html,看一篇文章修改了一下,可以了。
我的配置是这样的:
Graphviz-2.26.3安装

 ./configure CC=/usr/bin/gcc PKG_CONFIG=/opt/pkg-config-0.23/bin/pkg-config --prefix=/opt/graphviz-2.26.3/ --enable-swig=no  --with-tcl=/opt/tcl-8.5a.3/bin/tclsh8.5 --with-expatincludedir=/opt/expat-2.0.1/include --with-gts=no --with-extralibdir=/usr/lib64  --with-expatlibdir=/usr/lib64 --with-zincludedir=/opt/zlib-1.2.3/include --with-zlibdir=/opt/zlib-1.2.3/lib --with-mylibgd --with-gdincludedir=/opt/gd-2.0.35/include --with-gdlibdir=/opt/gd-2.0.35/lib  --with-iconvincludedir=/opt/libiconv-1.13.1/include --with-iconvlibdir=/opt/libiconv-1.13.1/lib --with-libiconv-prefix=/opt/libiconv-1.13.1 --with-freetype=/opt/freetype-2.3.12/lib --with-pngincludedir=/opt/libpng-1.2.39/include --with-pnglibdir=/opt/libpng-1.2.39/lib --with-jpegincludedir=/opt/jpeg-8a/include --with-jpeglibdir=/opt/jpeg-8a/lib

(这样加了如下几个配置:--with-gts=no --with-extralibdir=/usr/lib64  --with-expatlibdir=/usr/lib64)
另外,下面的有些我没有安装上,请高人指点,留言。

先安装 pkg-config pixman cario glib libpng 然后安装pango

安装 pkg-config
./configure CC=/usr/bin/gcc  --prefix=/opt/pkg-config-0.23/
安装 pixman
./configure CC=/usr/bin/gcc  --prefix=/opt/pixman-0.15.20/

安装cairo (没有安装上,请高人指点)
./configure CC=/usr/bin/gcc PKG_CONFIG=/opt/pkg-config-0.23/bin/pkg-config pixman_CFLAGS=/usr/bin/gcc  pixman_LIBS=/opt/pixman-0.15.20/lib/pkgconfig/  png_CFLAGS=/usr/bin/gcc png_LIBS=/opt/libpng-1.2.39/lib/--prefix=/opt/cairo-1.8.6/

安装 pango(没有安装上,请高人指点)
 ./configure CC=/usr/bin/gcc GLIB_CFLAGS=CC=/usr/bin/gcc  GLIB_LIBS=/opt/glib-2.22.0/lib --prefix=/opt/pango/pango-1.26.0

 gmake
 gmake install

上面老兄的原文如下:
    首先按照::URL::http://www.graphviz.org/doc/build.html这个上面所列的文件,下载到本地$HOME/graphviz下,一一解压缩。
    安装须知:首先每个软件都有自己的特性,这个时候需要运行它特有的configure --help来查看它的安装特性,然后设置相关参数。
    安 装心得:由于版本和系统问题,unix下安装软件或多或少的都会出些问题,本次是从源代码安装的,所以需要察看Makefile文件确认是否有出入;需要 认真阅读软件下的readme或者INSTALL文件;需要留意./configure 命令出来的警告和错误;必要的时候需要修改makefile甚至 代码;找不到某个文件的时候要特别留意环境变量。
    安装步骤:
  
  编译jpeg-6b
  ./configure --enable-static --prefix=$HOME/graphviz --exec-prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  gmake install-lib
  gmake install-headers
  此步骤几乎不会出问题,记得吧lib和header安装到自己所需目录下
  
  编译libiconv-1.8
  ./configure --enable-static=yes --prefix=$HOME/graphviz 
  gmake
  gmake install
  此步骤也比较顺利
  
  编译zlib-1.2.3
  ./configure --prefix=$HOME/graphviz --exec-prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  安装这个之前需要首先阅读libpng-1.2.5下的INSTALL,里面有具体要求
  
  编译libpng-1.2.5
  修改makefile
  gmake
  gmake install
  
  编译freetype-2.1.3
  gmake
  gmake install DESTDIR=$HOME/graphviz/
  这个有点怪,把文件安装到指定目录下的usr/local里了,还得挪出来,具体应该修改哪个文件就可以直接安装到指定目录我没仔细看
  
  编译expat-1.95.5
  ./configure --enable-static --prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  比较顺利的步骤,xml解析必备
  
  编译gettext-0.11.5
  ./configure --enable- static --prefix=$HOME/graphviz --with-libiconv-prefix=$HOME /graphviz --with-libexpat-prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  这个地方一定要指定expat路径

  
  编译tcl8.3.5
  cd unix
  ./configure --enable-64bit=yes --enable-shared=no --prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  graphviz所需要的脚本工具,具体设定见graphviz安装。
  
  编译libtool-1.5.22
  ./configure --prefix=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  比较顺利。

  编译gd-2.0.28
  ./configure --prefix=$HOME /graphviz --with-libiconv-prefix=$HOME/graphviz --with-png=$HOME /graphviz --with-freetype=$HOME/graphviz --with-jpeg=$HOME/graphviz
  gmake
  gmake install
  这里一定要注意./configure 执行中的输出信息,我最终看到的是它找到了jpeg所需要的所有信息,而没有找到png的lib库所以我最终的生成工具不支持png格式,至于为什么没有找到png,我没有去深究。
  中间除了点问题,连接的时候有两个方法找不到实现,我修改了./configure 命令生成的Makefile文件。
  
  编译graphviz-2.12
  ./configure --enable- shared=no --prefix=$HOME/graphviz --with-tclsh=$HOME/graphviz/bin /tclsh8.3 --with-expatincludedir=$HOME/graphviz/include --with- expatlibdir=$HOME/graphviz/lib --with-zincludedir=$HOME/graphviz /include --with-zlibdir=$HOME/graphviz/lib --with-mylibgd --with- gdincludedir=$HOME/graphviz/include --with-gdlibdir=$HOME/graphviz /lib --with-iconvincludedir=$HOME/graphviz/include --with- iconvlibdir=$HOME/graphviz/lib --with-libiconv-prefix=$HOME /graphviz --with-freetype=$HOME/graphviz --with-pngincludedir=$HOME /graphviz/include --with-pnglibdir=$HOME/graphviz/lib --with- jpegincludedir=$HOME/graphviz/include --with-jpeglibdir=$HOME/graphviz /lib
  gmake
  gmake install
  必须设置相应的参数,这里一定要用./configure --help看清楚。如果安装gd-2.0.28没有修改Makefile,这里也会报函数没有找到的错误,我不知道是否是我单独遇到的。
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