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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转】大四的师兄写给Bioinformatics的师弟师妹的  

2010-12-28 15:18:03|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://yq314.ycool.com/post.1177048.html

自从上次答应了写这篇文章之后,不知不觉已经有十来天了,一直想写点什么,但一直又
在犹豫下不了笔。因为作为一个本科快毕业的大四的学生的我,对于生物信息这个博大精
深的领域,了解的还只是一些皮毛。本来我想我并没有什么资格来写,因为我和大家一
样,对这个领域了解得很有限。但是既然白云上生信的学弟学妹有要求,那我也只好把我
对生信领域一些浅薄见识讲出来,因为我毕竟也知道的不多,如果有什么说得不好,请见
谅。
1.什么是什么信息学?
首先,问大家一个很简单的问题:“什么是生物信息学?”我想可能很多大一大二的学弟
学妹们可能对生物信息的到底做些什么了解的不是很多,也许有些人对生物信息的概念还
很模糊。可能有很多人为有很多误解,认为学好生物信息就是要把生物方面的专业课学
好,比如说“生物化学”、“细胞生物学”、“分子生物学”。但事实上,生物信息所包
含的领域远远不只这一些。当然生物方面的专业课是很重要,因为既然是做生物信息,必
定和生物相关,所以生物的基础知识还是要很清楚的。但是如果真正的想做生物信息,而
不是纯生物技术的话,那么我个人认为,信息学的一些知识(计算机和数学,尤其是数
学)的知识更为重要。这个也是在我大三在实验室做了一年的科研的体会。也许有人要
问:“为什么?”道理很简单,因为生物信息其核心内容就是大规模数据处理。它与生物
技术不同,生物技术做的事情是通过实验得到这些数据;生物信息做的事情就是通过对生
物技术实验得来的数据进行分析,找到其中隐藏的某些规律,然后再把结果用与指导生物
技术实验。这就好比从实践---理论---实践的哲学过程,生物信息在其中充当理论的环
节。可能有人还不理解,那我就举个学生物的人应该都了解的例子吧:2001年底完成的
“人类基因组计划”大家应该都听说过吧,人类基因组图谱在这个计划中得以完成。但其
实图谱中的大部分基因并不是实验中真正发现的,而是通过生物信息学预测出来的。生物
信息学家通过已经有的基因的特征作为模板,在茫茫的人类DNA序列数据中寻找可能存在的
基因,然后将预测出来的基因交给生物学家来检测,和找寻其功能。这就为生物学实验节
省了大量时间,金钱和人力,比方说有一段DNA没有检测时可能有100个基因,要做100次实
验,如果通过预测发现只有10个可能的基因,那么就只需要做10次或更少的生物学实验就
够了。所以生物信息和生物技术是密不可分的,没有了生物技术,生物信息就少了数据来
源;没有了生物信息,生物技术又要浪费大量的时间、金钱和人力来做毫无头绪的实验。
从这点上来说,生物技术就像是航船,在生命科学的大海中遨游;生物信息就像是舵手,
指挥着航船的方向。
2.生物信息能干些什么?
其实,这个问题我在上面对生物信息的概念的介绍中基本上已经说了一些。生物信息运用
的领域很广,基本上能运用于与生命科学相关的一切领域。比如说基因结构,基因功能,
蛋白质结构,蛋白质功能,生物芯片,药物耙点等等,还有很多很多,我这里就不一一列
举了。
3.生物信息的出路
可能这是学弟学妹们最关心的问题,因为毕竟生物信息这个专业我们学校在刚开设,大家
都对就业的信息知之甚少。但是我首先要问大家一个问题,你到底喜欢不喜欢做科研或者
技术方面的工作?或者说,你知道自己适不适合做这些方面的工作?其实这个问题我想大
部分人其实都没有很强烈的愿望去做科研或者技术方面的工作的,至少我周围很多同学都
有这种想法。也许正如你们drestion师兄在《写给BME的师弟师妹》中说的一样,很多人进
大学还有很多领域没有接触过,或者说对自己的性格甚至都没有足够的了解,在这样两方
面都不了解的情况下真的很难确定自己真正喜欢什么,适合干什么。有时候,真的想象的
东西和真正投身到那个领域完全是两码事,很多事情你不去做是不会明白自己喜欢不喜欢
的。或许你现在不喜欢科研或者技术,到你真正投身进去时才找到了乐趣;又或许你现在
认为自己喜欢科研或技术,也适合这方面,但真正投身到技术领域时发现这与自己想象的
相差十万八千里。这些,都是可能的。选择自己的方向对我们来说真的很难,但又是每个
人不得不面对的一件事。真的,很多时候你这时的选择将可能会是你一生,至少是最近十
年所从事的事业,所以我希望大家尽量早点接触多一些的方面,明白哪些是真正自己想要
的。
刚才扯得可能多了点,因为我觉得努力倒是其次,方向才是最重要的。所以我才说了那么
多,希望学弟学妹们在这个问题上慎重一些。好了,下面言规正传,我就来谈谈生物信息
在就业,考研,出国,创业各个方面的具体情况,当然我也只是知道很小的方面,不足之
处希望大家补充和谅解。
* 就业 *
其实在这个问题上,情况并不是那么明朗。因为生物信息是最近才兴起的一门新兴学科,
又是一门交叉学科,所以就业市场的情况在不同时间,不同地域变化很大,因此十分难于
有个准确的说法,有的地方可能今年很好,几年后就饱和;也有的地方现在可能很少提供
工作职位,但两三年后对这方面的需求激增。因为国内的情况我了解得少些,所以我先谈
谈生物信息相关领域在国外的就业情况吧。我对生物信息在全球就业方面的了解,主要是
通过一些经济学对生信就业市场发表的一些专业论文,和论坛上有关生信就业市场的一些
文章。因为现在很多的师兄师姐都还在读研或者说博,所以就业的情况只能从这些文章中
得知一二。
首先谈谈美国。生物信息学在美国开始的也很晚,美国大学1999年才开设生物信息的研究
生教育,2000才有一两所学校开设了生物信息的本科教育。之前美国大学是不开始专业的
生物信息课程的,上个世纪九十年代的末期,随着“人类基因组计划”的进行,以及生物
信息在新药发现领域的重大贡献,生物信息人才在美国人才市场异常抢手,当时是“红透
Science杂志半边天”(由于Science杂志上到处是各大公司和大学、科研机构对生信人才
的招聘广告),直到2000-2002年一个生物信息的硕士,一年可以拿10万美元的薪水,还有
很多很多福利;而当时的一个一般的电信博士工程师在硅谷也只能拿7-8万美元左右,福利
远远没这么好。当时由于没有生物信息的专业人才,所以各个行业的人,如数学,物理,
化学,生物,计算机,电信等等都转行从事生物信息。各个大学也纷纷启动自己的生物信
息计划。但是自从人类基因组计划的完成,和01-02年美国经济大衰退,和各个大学中储备
了大量甚至过剩的生信人才等诸多原因,从2002年下半年开始生信人才的需求量小幅下
降,工作地点也从大部分去公司转向成大部分去大学和科研院所,薪水也开始有了明显的
下降。因为生信的就业虽然很广,遍及了生命科学的各个领域,但每个公司或研究所对生
信人才的需求特别的小,举个例子,世界上最大的几家制药厂中的一家有十几万员工,但
它的生信组的成员可能只有二三十个人。就现在来说,由于美国生信人才的就业市场已经
基本饱和,所以现在在美国就业的形势远不如2000左右。但未来究竟怎样发展,谁也说不
清。如果大家想了解更多这方面的信息,我推荐一篇文章大家可以参考一下:是Georgia
State University 的两位经济学教授Grant C. Black 和 Paula E. Stephan写的关于美国
生物信息就业市场的论文——《Bioinformatics:Recent Trends in Programs,
Placements and Job Opportunities》
再来谈谈欧洲和印度,生物信息最近几年在欧洲正处于蓬勃发展的阶段,就如同美国的几
年前,待遇很高。印度也一样,凭借着其强大的信息科学实力,印度的生物信息的就业也
相当不错。
再来说说国内吧,由于华工是最早进行生信本科教育的大学之一,我们基地02级也许是国
内生信的第一批专业本科生啦。但是由于我们班上基本上都是保研(保了二十多个),还
有的就是考研或申请出国,基本上在上个学期也没有想找工作的。所以目前我对国内的就
业形势并不了解,我只知道一些大城市,像北京,上海,有很多与生命科学有关的研究所
和大学想找生信人才,但是具体待遇我不是很清楚。但公司好像不是很多,因为中国的生
物制药或者生物技术方面的公司都不是太重视技术研发,中国大部分的药都是对国外的药
进行修饰,然后卖出的。尽管需求不是很多,但是供给好像更少,全国大学的开设生物信
息专业的非常的少,而且都是最近两三年开设的,大部分学生都还在学校里没有毕业。至
于未来,我想什么时候生命科学在中国得到蓬勃发展的时候生信的就业也就非常好啦。
当然,如果实在不想从事生物信息这一行,可以转到IT方面的公司,因为生物信息很多是
与数据挖掘,数学建模,程序设计,网站发布相关的内容,如果本科有这方面的经验,转
到IT方向很好转,我们实验室就有研究生师兄工作时签了华为和中兴。当然如果真的要找
到理想的工作,本科的时候就要多做点事,不要什么课都是混过去的,因为在公司招人的
时候,一张大学文凭毕竟证明不了什么,能力才是最重要的,而能力就是从你本科学到了
什么,做过什么看出来的。
* 考研 *
开设生物信息方向的国内研究生院并不是很多,当然现阶段大部分考生物信息研究生的本
科都不是生物信息方向的,所以相对于他们,你们有优势。很多学校生物信息的考研专业
课分为计算机方向和生物方向(比如我们院),可以根据自己的需要进行选择。至于具体
的一些问题,因为我没有准备,也不是很清楚,可以问考过的师兄师姐。
* 出国 *
由于我大三之前一直在准备出国,所以这方面还是有一定的了解。生信出国不像IT专业那
么难,但也不像数学,物理那么简单。由于生信是门交叉学科,所以我们生信专业的出国
既有优势也有劣势。优势是本科就是学生信的,专业基础比较扎实,劣势是学的很广有些
方面就不如专门学那一方向的精,比如说数学上可能比不过数学系的,编程上比不过计算
机的。因此我们生信专业的出国将面临着别的专业的学生竞争,比如说去年美国的
Washington University in St. Louis(生信全美前三)给了武大的一个生信全奖,给的
就是武大数学系的。认清了自己的优势和劣势,就需要大家通过自己的努力了来扬长避短
啦。本科的GPA是非常重要的,如果想拿到好学校的全奖的话,最好能有90+,至少也得有
83+才有希望。另外大三的时候尽量能进实验室科研一段时间,参与学长学姐的科研项目,
最好能发表一篇英文论文(第三,第四作者就行),那拿全奖出国的希望就很大了。当
然,GRE、TOEFL这些必要的都必须考,但是尽量不要花太多时间,因为如果出国的话,
GRE、TOEFL这些只要达到基本线就行,它的重要程度远不如GPA和Paper,但是也不能完全
忽视,因为如果连基本线都没过,那就失去了很多学校给奖机会。当然,各个学校的线和
要求都不一样,详细的信息可以到Aboard版看看。如果真的想从事生信科研的话可以找我
们院的周艳红教授,我就是在他的实验室干了一年学到的东西真的很多很多,也可以找周
教授的一些研究生联系,那些学长和学姐都非常的热情的。
* 创业 *
关于生信创业,目前这方面的公司不是很多。一年前,我在丁香园的生信版上看到了北京
的几个生信博士成立了中国第一家生物信息公司。主要的业务还是和科研院所合作。这方
面的信息大家可以多关注丁香园和生物谷的生物信息专版。
4.生物信息学一些核心课程
我给大家列出一些我个人认为对学好生物信息非常重要的课程,供大家参考:
生物学:
生物化学
细胞生物学
分子生物学
生物统计学
数学:
概率论与数理统计》:这门课非常重要,一定要学好。
数学建模
数据挖掘
随机过程》:这门是研究生课程,如果有兴趣的话可以看看,也很重要的。
计算机:
C语言程序设计
数据结构
网络技术
数据库原理
面向对象程序设计》:最好学会C++或者Java
Perl语言
Linux
生物信息:
生物信息概论
生物信息数据挖掘
生物信息软件设计
为什么列这些课呢,因为生物信息做的大量的事就是对生物数据进行分析,用数学知识编
算法,用编程计算结果,然后做成自己的数据库发布到网上。所以,一般进行生信的科
研,大部分时间都是伴着电脑和网络度过的,有的生物信息计算甚至要用到超级计算机。
另外,很多我想说的其实drestion在他的《写给BME的师弟师妹》的文章说都说得很清楚
啦,就在本版精华区——我的未来——特别推荐里面,建议大家好好看看。生信和生医本
质上都是差不多的,我觉得最重要的还是在于你是不是非常喜欢科研和技术,决定好方向
才是最重要的。最后借drestion的最后一句话来和大家共勉:学位永远都是次要的,能力
才是硬通货。学位本位思想是上一个时代的遗毒。

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