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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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2.6核酸数据库及核酸序列的分析（核酸序列的预测与鉴定）

2010-12-21 11:19:14| 分类：生物信息学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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2.6核酸数据库及核酸序列的分析（核酸序列的预测与鉴定）


BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ORF Finder http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf ClustalW http://www.ebi.ac.uk/clustalw



	完整的基因应该：符合Kozak规则从第52bp开始的第一个起始密码子AUG上游第三个核苷酸为鸟嘌呤（G），紧跟在AUG后面的核苷酸也为鸟嘌呤（G），并且第一个AUG起始密码子前方第10bp处的同一相位出现了终止密码子UAA，AUG起始密码子前后完全符合Kozak规则：A/GNNAUGG。此外，在3′端有一个长264bp的非编码区并含有植物中典型的加尾信号G/AATAA1-3序列，在3′末段有poly(T)17 。上述特征表明该序列完全符合一个完整的基因序列。 Reference : Kozak M. Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes.Gene, 1999, 234 (2): 187-208. 三、小结 1、Genomic DNA and cDNA, 利用ORF Finder软件发现开放阅读框ORF(Open reading frame)。网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf 2、编码蛋白质中的氨基酸序列蛋白质结构域预测：利用SMART(Simple Modular Rrvhitecture Research Tool)软件。网址：http://smart.embl-heidelberg.de
3、利用ScanProsite软件，进行蛋白质基序(motif)预测网址：http://www.expasy.org/tools/scanprosite 蛋白质基序(motif)中的x表示任意氨基酸，其中的数字表示任意几个氨基酸；[ST]表示氨基酸为S or T；{P}表示除掉P之外的任意氨基酸。如： ID ASN_GLYCOSYLATION; PATTERN. AC PS00001;DT APR-1990 (CREATED); APR-1990 (DATA UPDATE); APR-1990 (INFO UPDATE). DE N-glycosylation site. PA N-{P}-[ST]-{P}. CC /TAXO-RANGE=??E?V; CC /SITE=1,carbohydrate;CC /SKIP-FLAG=TRUE;DO PDOC00001; 4、利用软件NRL-3D，进行蛋白质三维结构的预测。网址：http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure 5、利用BLASTp软件，对GenBank数据库中进行相似性和同源性蛋白质搜索。	网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast 6、利用Genscan软件，对genomic DNA进行Promoter的预测。网址：http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 7 、利用RiceHMM等软件，对特定的生物种进行基因预测网址：http://rgp.dna.affrc.go.jp/RiceHMM/index.html 8 、利用Compute pI/Mw软件，对编码蛋白质进行等电点(pI)和分子量(Mw)的预测。网址：http://www.expasy.org/tools/pi-tool.html 9、利用Promoter软件，对genomic DNA进行Promoter的预测。网址：http://www.fruitfly.org/cgi-bin/seq_tools/promoter.html 10、一个全长基因特征分析： 1）、第1个起始密码子AUG上游第3个核苷酸为鸟嘌呤（G）或腺嘌呤（A），紧跟在AUG后面的核苷酸也为鸟嘌呤（G），第1个AUG起始密码子前方同一相位出现终止密码子UAA或UAG或UGA。AUG起始密码子前后符合Kozak规则：A/GNNAUGG。 2）、在3′端非编码区（untranslated region,UTR）有Poly(A)18、在转录终止位点附近有1个典型的加尾信号G/AATAA1-3。

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	完整的基因应该：符合Kozak规则从第52bp开始的第一个起始密码子AUG上游第三个核苷酸为鸟嘌呤（G），紧跟在AUG后面的核苷酸也为鸟嘌呤（G），并且第一个AUG起始密码子前方第10bp处的同一相位出现了终止密码子UAA，AUG起始密码子前后完全符合Kozak规则：A/GNNAUGG。此外，在3′端有一个长264bp的非编码区并含有植物中典型的加尾信号G/AATAA1-3序列，在3′末段有poly(T)17 。上述特征表明该序列完全符合一个完整的基因序列。 Reference : Kozak M. Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes.Gene, 1999, 234 (2): 187-208. 三、小结 1、Genomic DNA and cDNA, 利用ORF Finder软件发现开放阅读框ORF(Open reading frame)。网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf 2、编码蛋白质中的氨基酸序列蛋白质结构域预测：利用SMART(Simple Modular Rrvhitecture Research Tool)软件。网址：http://smart.embl-heidelberg.de
3、利用ScanProsite软件，进行蛋白质基序(motif)预测网址：http://www.expasy.org/tools/scanprosite 蛋白质基序(motif)中的x表示任意氨基酸，其中的数字表示任意几个氨基酸；[ST]表示氨基酸为S or T；{P}表示除掉P之外的任意氨基酸。如： ID ASN_GLYCOSYLATION; PATTERN. AC PS00001;DT APR-1990 (CREATED); APR-1990 (DATA UPDATE); APR-1990 (INFO UPDATE). DE N-glycosylation site. PA N-{P}-[ST]-{P}. CC /TAXO-RANGE=??E?V; CC /SITE=1,carbohydrate;CC /SKIP-FLAG=TRUE;DO PDOC00001; 4、利用软件NRL-3D，进行蛋白质三维结构的预测。网址：http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure 5、利用BLASTp软件，对GenBank数据库中进行相似性和同源性蛋白质搜索。	网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast 6、利用Genscan软件，对genomic DNA进行Promoter的预测。网址：http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 7 、利用RiceHMM等软件，对特定的生物种进行基因预测网址：http://rgp.dna.affrc.go.jp/RiceHMM/index.html 8 、利用Compute pI/Mw软件，对编码蛋白质进行等电点(pI)和分子量(Mw)的预测。网址：http://www.expasy.org/tools/pi-tool.html 9、利用Promoter软件，对genomic DNA进行Promoter的预测。网址：http://www.fruitfly.org/cgi-bin/seq_tools/promoter.html 10、一个全长基因特征分析： 1）、第1个起始密码子AUG上游第3个核苷酸为鸟嘌呤（G）或腺嘌呤（A），紧跟在AUG后面的核苷酸也为鸟嘌呤（G），第1个AUG起始密码子前方同一相位出现终止密码子UAA或UAG或UGA。AUG起始密码子前后符合Kozak规则：A/GNNAUGG。 2）、在3′端非编码区（untranslated region,UTR）有Poly(A)18、在转录终止位点附近有1个典型的加尾信号G/AATAA1-3。

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