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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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生物信息学数据库简介-更新

2010-12-21 11:05:17| 分类：生信数据库 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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生物信息学数据库简介
目前网络上存在许多的生物学数据库,往往可以通过多个站点对同一数据库及其镜象站点进行访问，根据不同的需要使用不同的数据库。下面介绍的就是一些常用数据库：
1、DNA数据库：
(1) GenBank: GenBank NT是比较完整的DNA序列数据库，由NCBI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ）维护。它和欧洲分子生物学实验室的EMBLhttp://www.embl-heidelberg.de、日本国立遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html数据库每日更新，彼此补充，内容是完全一致的。GenBank包含了不同物种，不同来源和不同类型的核酸序列，包括mRNA、cDNA、基因组DNA，EST，GSS（Genome Survey Sequence,由基因组计划直接提交）等。
搜索Genbank可以有两种方式,用ENTREZ或 BLAST进行搜索。这两种方法将会在后面予以介绍。不同的数据库采用的注释信息内容基本一致，但是格式不尽相同，GenBank与DDBJ的格式相同，EMBL不同。下表表示GenBank中主要字段的含义。
表1 GenBank数据库中主要字段的含义
GenBank字段含义
LOCUS 序列名称、性质描述
ACCESSION 序列接受号
DEFINITION 简要描述
KEY WORDS 关键词
SOURCE 来源
ORGANISM 来源分类
REFERENCE 参考文献
AUTHORS 参考文献作者
TITLE 参考文献题目
JOURNAL 参考文献出处
MEDLINE 参考文献的Medline号
FEATURES 序列的性质
COMMENT 序列评述
BASE COUNT 碱基数目
ORIGIN 序列开始标志
// 记录终止
(2)序列提交及更新：如果有新的DNA或RNA序列要向GenBank提交，可以用Sequin或BankIt工具。其中Sequin 需要下载到本地，而BankIt则可以直接从网上进行提交，前者适用于提交大量序列，后者适用于提交个别序列。对已经提交的序列，也可以直接通过GenBank的网页提交修改，非常方便。
(3)基因及蛋白命名：如提交基因序列，一般需要给基因进行命名，可以访问人类基因命名委员会网页（http://www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature/ ），参考他们的命名建议，或可用电子邮件咨询他们的意见。蛋白的命名一般与基因相同。

2. 蛋白质序列数据库

SWISS-PROT蛋白质序列数据库
http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
PIR蛋白质序列信息资源库
http://pir.georgetown.edu/
PROSITE
http://au.expasy.org/prosite/
NCBI蛋白质数据库(NR)
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz

PDB蛋白质数据仓库（Protein Data Bank）

http://www.rcsb.org/pdb/

其中， protein sequence database with entries from GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB,
and RefSeq。The NR (non-redundant) Protein database contains sequence data from the translated coding regions from DNA sequences in GenBank, EMBL and DDBJ as well as protein sequences submitted to PIR, SWISSPROT, PRF, PDB (sequences from solved structures).

其中，SWISS-PROT(SIB) ,PIR,The translated EMBL (TrEMBL)的蛋白质数据为整合到 UniProt

www.uniprot.org, The Universal Protein Resource (UniProt) is the most comprehensive, centralized protein sequence catalog.

所以，可以说是最全的蛋白质注释数据库了。

3.蛋白质结构数据库

PIR蛋白质序列信息资源库

http://pir.georgetown.edu/

PROSITE

http://au.expasy.org/prosite/

Pfam

http://pfam.janelia.org/

pSCOP 蛋白质结构分类数据库（Structural classification of proteins ）

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

ProDom

SMART

PRINTS

这些集成为 InterPro database http://www.ebi.ac.uk/interpro/

4.蛋白质数据库

Expert Protein Analysis System
http://au.expasy.org/

常用生物信息学数据库和分析工具网址

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