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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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从R中调用Cytoscape绘制复杂网络  

2010-11-05 20:37:46|  分类: 计算系统生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

http://www.cytoscape.org/

最近在Cytoscape的mail-list上一个很热门的话题就是如何在R中调用Cytoscape绘制复杂的生物网络,从而将R强大的统计功 能,尤其是igraph,sna等复杂网络分析包跟Cytoscape灵活的可视化复杂网络分析功能及众多插件结合在一起。昨天,Cytoscape的核 心开发人员,UCSD的Keiichiro Ono在Cytoscape的wiki上发了一篇对此的简要教程,Cytoscape And R

在R中调用Cytoscape绘图,基本原理就是利用Cytoscape 的RPC插件Apache 的XML RPC库在本机上启动Cytoscape的RPC服务,然后在R中用经过修改的XMLRPC包 访问Cytoscape的RPC服务,从而实现R和Cytoscape的交互。

1. 安装Cytoscape RPC插件。


从其官方网页上下载最新版的Cytoscape RPC插件,在我码这篇文章的时候最新版是0.95。把Jar文件拷到plugin目录。
然后到Apache的web serive开发项目组网页上下载XMLRPC库,解压后把lib目录下的xmlrpc-common-3.1.3.jar, xmlrpc-server-3.1.3.jar, ws-commons-util-1.0.2.jar三个文件拷到Cytoscape的plugin目录。
Cytoscape这边准备完毕。

2. 安装R的XMLRPC包。


XMLRPC包依赖于RCurl和XML两个包,所以同学们要先在自己的R里面把这个两个包装好。
然后,到这个地址下载一个经过修改的XMLRPC包。跟安装其它软件包一样:
sudo R CMD INSTALL XMLRPC_0.2-mod.zip

3. 启动Cytoscape,在plugin菜单下激活RPC插件,默认端口是9000

4. 启动R,加载XMLRPC包和测试用的igraph包:

library(XMLRPC)
library(igraph)

接下来,先通过xml.rpc在Cytoscape中新建一个网络,然后用igraph生成一个网络,并将此网络传给Cytoscape:

xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createNetwork', 'R-Cytoscape Test')
g1 <- barabasi.game(200)
edgelist1 <- get.edgelist(g1)
edgeIDs <- xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createEdgesFromVector', edgelist1[,1], edgelist1[,2])

此时,切换到Cytoscape,会看到一个红点。那其实是一个有两百个节点的网络,只是没有应用任何layout而已。随便选择一个layout 就能看到这个网络了。

高级功能我也在研究中,上面这几个Cytoscape的插件和R的包都还是bug无数,大家使用的时候要随时做好自己debug的准备。


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