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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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Biological Networks  

2010-11-22 16:22:18|  分类: 计算系统生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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 bio-molecular networks:

transcriptional regulatory network (转录调控网, DNA-TF interactions)


gene regulatory networks, (基因调控网, gene-gene interactons)


protein interaction networks, (蛋白交互网, protein-protein interactions)


metabolic networks, (新陈代谢网,enzyme-substrate interactions)


Pathway network (信号通路网, molecule-molecule interactions)

Domain interaction network

Gene co-expression network,


http://www.nd.edu/~networks/BioNetworks/

Journal articles

  
Trey Ideker,  et al, "Integrated Genomic and Proteomic Analyses of a Systemtically Perturbed Metabolic Network", 4 May 2001 Vol 292 Science 

 
Michael T Laub,  et al, "Global Analysis of the Genetic  Network Controlling a        
   Bacterial Cell Cycle", 15 December, 2000 Vol 290,  Science
H. Jeong, et al."Lethality and centrality in protein networks",Nature ,Vol 411, 3 MAY 2001
George von Dassow, Eli Meir, "The segment polarity network is a robust developmental module", Nature, Vol 406,13 JULY 2000 

H. Jeong, et al, "The large-scale organization of metabolics networks", Nature , v407, 2000  
Thomas Simon Shimizu, et al, "Molecular model of a lattice of signalling proteins inVolved in bacterial chemotaxis", Nature Cell Biology, Vol 2, 2000 

Michael B. Elowitz, et al, "A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators``, Nature , v403, 2000   
 
S. Kalir, et al, "Ordering Genes in a Flagella Pathway by Analysis of Expression Kinetics from Living Bacteria", Science, v292, 2001  
 
Matthew Freeman, "Feedback control of intercellular signalling in development", Nature, v408

Biological Networks 生物网络

一、生物大分子相互作用网络

二、基因表达调控网络

gene expression regulatory network

基因表达调控信息相关数据库

一方面这些数据之间相互关联,蕴含着复杂的基因转录调控规律,为我们研究和分析基
因转录调控提供了很好的基础。另一方面,大规模基因表达数据之中隐藏着基因之间的相互
作用的关系,如果将基因表达数据分析与调控因子对调控元件作用关系分析结合起来,将更
加有利于发现基因调控网络。

三、代谢网络

四、信号传导网络

转录基因子数据库

http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201010248357892/



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