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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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perl中的Getopt函数的使用  

2010-11-11 21:30:58|  分类: perl&bioperl |  标签: |举报 |字号 订阅

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perl中的Getopt函数的使用

 我们在linux常常用到一个程序需要加入参数,现在了解一下perl中的有关控制参数的函数.getopt.在linux有的参数有二种形式.一种是–help,另一种是-h.也就是-和–的分别.–表示完整参数.-表示简化参数.

在perl中也分这二种.

Getopt::Std模块的功能:
初始化perl命令行中所接受的参数,简化了命令行参数的解析。

简化参数例子:

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Getopt::Std;

use vars qw($opt_a $opt_b $opt_c);
getopts('a:b:c:'); #a: 这个冒号表示要有参数,不要冒号表示不要参数

print "\$opt_a =>; $opt_a\n" if $opt_a;
print "\$opt_b =>; $opt_b\n" if $opt_b;
print "\$opt_c =>; $opt_c\n" if $opt_c;

输出如下:
[root@mail test]# ./getopt.pl -a aa -b bb -c cc
$opt_a =>; aa
$opt_b =>; bb
$opt_c =>; cc

 

完整参数

#!/usr/bin/perl
use Getopt::Long;
Getopt::Long::GetOptions(
‘page=i’    => \$page,
‘onoff!’    => \$onoff,
‘help’      => \$wants_help,
‘name=s’    => \$name,
‘number:i’ => \$number);
if(defined($page)){
print "page flag set to $page ";
}
if(defined($onoff)){
print "onoff flag set to $onoff ";
}
if(defined($wants_help)){
print "help flag set to $wants_help ";
}
if(defined($name)){
print "name flag set to $name ";
}
if(defined($number)){
print "number flag set to $number ";
}

./getlong.pl -name AAA
name flag set to AAA

 

带值参数
※参数类型:整数, 浮点数, 字串

GetOptions( ‘tag=s’ => \$tag );
‘=’表示此参数一定要有参数值, 若改用’:'代替表示参数不一定要有参数值
’s’表示传递字串参数, 若为’i'表传递整数参数, 若为’f'表传递浮点数
example:
test.pl –tag=string
or
test.pl –tag string

参数别名
GetOptions (’length|height=f’ => \$length);
第一个名称为primary name, 其他的名称为alias(可有多个alias名称)
当使用hash参数时, 使用primary name作为key值

参数的简称及大小写
GetOptions (’length|height=f’ => \$length, "head" => \$head);
若没有特别设定, Getopt会忽略参数的大小写, 也就是 -l or -L 指的都
是同一个参数(–length)

对于不传递参数的选项,也就是一些开关类型,可以在第一部分后接“!”,这表示该选项不接收自变量,但 是可以 通过在前面加上no变成负的(例如,“more”选项的-nomore)。如果不是用“!”,而是“+”,这表示它会在每次出现的时候增加一个变量。如果 选项出现在命令行里,那么相关的变量被设置为1;如果负的选项出现了,那么相关的变量就被设置为0。


例子3:命令行参数,读取一个目录下面的所有文件名


#result $opt_i_muscle_nex.sh

#java CMDMuscle_clw_Format_nex /MK01_multi_dir_genus/*.clw MK01_multi_dir_genus/*.nex
#perl muscle_clw_nex_shell.pl -d path -p
#path MK01_multi_dir_genus

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Getopt::Std;
use vars qw($opt_d $opt_p);
getopts('d:p');

#$opt_i = "E:/MK01_multi_dir_genus";

my $outfile= "$opt_d"."_muscle_nex.sh";
my $filename="";

opendir (DIR,$opt_d) || die "Error in opening dir $opt_d\n";
while( ($filename= readdir(DIR))){
 
 if($filename=~/[^\.]*\.clw/){
  
     my $INfilename=$opt_d."/".$filename;
  my $muscle_nex = "java CMDMuscle_clw_Format_nex $opt_d/$filename  $opt_d/$filename.nex";
        print("$filename\n");
        open(makeFile," >>$outfile" )or die " Couldn't open $! ";
     print makeFile "$muscle_nex\n";
 }
}
closedir(DIR);
close makeFile;
print "complete";

 例子4:读取一个目录下面的所有文件

 #!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

my %h="";
my $filename="";
my @arr="";
my $dirname="E:/Phyllostachys_edulis/PlnTF/";

opendir (DIR, $dirname)|| die "Error in opening dir $dirname\n";

while (($filename=readdir(DIR))){
 
 next if $filename=~/^\./;

open (FILE, "$dirname".$filename)|| die "can not open the file $filename\n";
       

           while (<FILE>){
                  chomp;
                  @arr=split/\s+/, $_;
                  print   "$filename\t$arr[0]\n";

}
}

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