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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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锌指结构  

2010-01-09 11:26:34|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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锌指结构

  

锌指结构 - fhqdddddd - 流浪云南

锌指(zinc finger):一种常出现在DNA结合蛋白中的一种结构基元。是由一个含有大约30个氨基酸的环和一个与环上的4个Cys或2个Cys和2个His配位的Zn2+构成,形成的结构像手指状。

  锌指结构指的是在很多蛋白中存在的一类具有指状结构的结构域,这些具有锌指结构的蛋白大多都是与基因表达的调控有关的功能蛋白。

  锌指结构的共同特征是通过肽链中氨基酸残基的特征集团与Zn2+的结合来稳定一种很短的,可自我折叠成“手指”形状的的多肽空间构型。

  锌指蛋白最初在非洲爪蟾的卵母细胞中发现,已知广泛分布在动物、植物和微生物中,人类基因组中可能有将近1%的序列编码的是含有锌指结构的蛋白质,目前人们已经清楚地知道锌指结构是识别特定碱基序列的一种普遍性的转录因子结构,但大多数含有锌指结构蛋白质的确切功能以及他们是否具有其他方面的功能尚不清楚。

 

20种氨基酸的疏水参数见下面:

Arg(R) -4.5

Lys(K) -3.9

Asn(N) -3.5

Asp(D) -3.5

Gln(Q) -3.5

Glu(E) -3.5

His(H) -3.2

Pro(P) -1.6

Tyr(Y) -1.3

Trp(W) -0.9

Ser(S) -0.8

Thr(T) -0.7

Gly(G) -0.4

Ala(A) 1.8

Met(M) 1.9

Cys(C) 2.5

Phe(F) 2.8

Leu(L) 3.8

Val(V) 4.2

Ile(I) 4.5

我要说的是疏水性与氨基酸的侧链有关,AA可分为脂肪族,芳香族,极性带电荷和极性不带电荷四种。前两种非极性,疏水性强;后两种极性还可能形成氢键,亲水;

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