专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
内含子的剪接一般都是发生在同一个基因内，切除内含子，相邻的外显子彼此连接，称为顺式剪接（cis-splicing），但也有另一种情况，即不同基因的外显子剪接后相互连接，此称为反式剪接（trans-splicing）。
反式剪接的情况较为稀少，较典型的例子是锥虫表面糖蛋白基因VSG(variable surface glycoprotein)，线虫的肌动蛋白基因（actin genes），和衣藻（chlamydomonas）叶绿体DNA中含有的psa基因。
Von der Ploeg等（1982年）发现在锥虫（Trypanosome）中许多mRNA的5′端都有共同的35b前导序列，但在每个转录单位上游并未编码这个前导序列，1986年Murphy.W.J和Sutton,R.E证实此是一种反式拼接。这种前导序列来源于基因组中位于别处的重复序列（200个）所转录的小片段RNA，每个重复单位长135nt，前面35nt的前导序列可以通过转酯反应加到VSG mRNA的5′端。其反应机制和核mRNA内含子的剪接是相似的。在VSG mRNA右侧内含子上有分枝点位点，可以和重复序列的内含子相连接。因为这两段序列是反式结构，所以形成Y型中间体而不形成套环，用去分枝酶处理就可以得到两个片段，若是套环的话就会得到一条片段。切下的5′外显子，即35nt的前导序列的3′端可以再进行第二次转酸反应。
在线虫的肌动蛋白基因中也存在类似的情况。三种肌动蛋白的mRNA（和某些其它的RNAs）在5′端有相同的22b的前导序列。这个前导序列并不是由肌动蛋白基因编码的，而是由长100b单独转录的RNA的一个部分。
反式剪接的5′端外显子称为剪接前导RNA（spliced leader RNA，SL RNA）。SL RNAs存在于几种锥虫和线虫(C.elagan)中，它们具有共同的特点，即折叠成相同的二级结构，有3个茎环和1个单链区，此单链区类似于U1的Sm结合位点。因此SL RNAs存在和snRNPs相似的形式。可能作为snRNP中的一种。锥虫具有U2、U4和U6 snRNAs，但没有U1和U5 snRNA。U1snRNA的缺乏可通过SL RNA的特点加以解释。即SL RNA和U1 snRNA一样具有可以和内含子5′端剪接位点识别和结合的功能。
SL RNA的反式剪接反应可能表现了核内剪接装置的进化。SL RNA提供了顺式剪接中的识别5′剪接点的能力。这可能依赖于RNA的特殊构象。它保留了剪接所必要的功能，在mRNA剪接中是由独立的snRNAs所提供的。无需像U1 snRNA。SL RNA这样的蛋白就能执行剪接的功能表明5′剪接位点的识别是直接依赖于RNA。
有的叶绿体基也是属于反式剪接的。衣藻叶绿体的psa（photosynesizer Ⅰ）基因，它含有3个分散的外显子。外显子1离外显子2为50Kb，离外显子3为90Kb。很多别的基因位于这3个外显子之间。由于外显子1的转录方向和外显子2相反，即模板链不同，所以有时不能作为一个共同的转录本进行表达。其实，转录本是由单个外显子转录而成的。那么它们共处在一个mRNA上可能是通过2次反式剪接，连接而成。其它的反式剪接与此相同，mRNA都是一个复合体。
评论