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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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原核生物启动子与真核生物启动子  

2010-01-17 15:39:23|  分类: 生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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原核生物启动子:
在基因或操纵子的终末往往具有特殊的终止顺序,它可使转录终止和RNA聚合酶从DNA链上脱落。
例如大肠杆菌色氨酸操纵子后尾含有40bp的GC丰富区,其后紧跟AT丰富区,这就是转录终止子的结构。
终止子有强、弱之分,强终止子含有反向重复顺序,可形成茎环结构,其后面为polyT结构,这样的终止子无需终止蛋白参与即可以使转录终止。
而弱终止子尽管也有反向重复序列,但无polyT结构,需要有终止蛋白参与才能使转录终止。

典型转录终止子的特征:茎环结构,富含GC;含4个以上的U。

原核生物启动子序列包括:CAP序列,增强聚合酶的结合和转录的起始序列(-70~-40);识别区(-35);解旋区(-10);转录起始位(+1)



真核生物启动子:
启动子(promoter):真核基因启动子是在基因转录起始位点(+ 1)及其5’上游近端大约100~200bp以内(或下游100bp)的一组具有独立功能的DNA序列,每个元件长度约为7~20bp,是决定RNA聚合酶转录起始和转录频率的关键元件。
启动子包括:A。核心启动子(core promoter):是指足以使RNA聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的DNA序列。其中包括转录起始位点或起始子(initiator)(+1):一般是A或G及转录起始位点上游-25/-30bp处富含TA的典型元件TATA框。
B。上游启动子元件(upstream promoter element,UPE):包括通常-70bp附近的CAAT框:GGCCAATCT和GC框:GGGCGG等,能通过TFⅡ-D复合物调节转录起始的频率,提高转录效率。

RNA聚合酶II的启动子:
第一个部位为帽子位点,即转录起始位点。其碱基大多为A(指非模板链),两侧各有若干个嘧啶核苷酸。
第二个部位为TATA框(Hogness box)。它位于-25个bp其共有序列为:TATAA/TAA/T,基本上由AT碱基对所组成,只有很少启动子中有GC碱基对的存在。
第三个部位 为CAAT框。其共有序列为GGC/TCAATCT,一般位于-75(-100~-200)附近。虽然此序列名为CAAT框,但其中头两个G的重要性并不亚于CAAT部分。CAAT框为上游控制元件,为转录所需。
第四个部位是增强子(enhancer),又称远上游序列(far upstream sequence)。一般都在-1OO以上。增强子的作用主要是,对依赖于TATA框的转录和不依赖TATA框的转录都有增强效应,但对前者增强效应高;距离效应和极性效应。
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