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云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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09暑假HZAU《生物信息学》课程网址  

2010-01-11 21:25:52|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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09暑假HZAU《生物信息学》课程网址  原文:http://hi.baidu.com/robertoyuan/blog/item/1b77c7511dbdeb868c54309f.html

2009-07-17 18:18

*****************************************************

教学网站 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/

参考教材

Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis, Second Edition http://www.bioinformaticsonline.org/

*****************************************************

Internet上的自教课程

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education

      http://www.ebi.ac.uk/2can/home.html

*****************************************************

GenBank:   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

GenBank发行情况: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt

Flat format file Sample record: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html

DDBJ:  http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html

EMBL:  http://www.ebi.ac.uk/embl

EPD (Eukaryotic Promoter Database): http://www.epd.isb-sib.ch/

SWISS-PROT: http://www.ebi.ac.uk/swissprot/

SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并UniProt (Universal Protein Resource) :        http://www.uniprot.org

PIR (Protein Information Resource): http://pir.georgetown.edu

PRF (Protein Research Foundation): http://www.prf.or.jp/en/os.html

Prosite:     http://www.expasy.org/prosite

PDB (Protein Data Bank):          http://www.rcsb.org

SWISS-3D IMAGE:           http://www.expasy.ch/sw3d/

KEGG主页:     http://www.genome.ad.jp/kegg/

PKR (Protein Kinase Resource):  http://pkr.genomics.purdue.edu/pkr/Welcome.do

Agricola:             http://agricola.nal.usda.gov/

*****************************************************

SRS (Sequence Reterieval System): http://srs.ebi.ac.uk/

EBI: http://www.ebi.ac.uk/

PDB: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

KEGG: http://www.genome.jp/kegg/

DBGET: http://www.genome.jp/dbget/

Plant Blast: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/static/MVPlantBlast.shtml?2

BLast Plant Genome: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Genome/PlantBlast.shtml?10

Xa21[Gene Name] rice[organism] complete cds

Human Genome : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/

(Homo sapiens) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/index.shtml

   检索:mitogen activated protein kinase

********************************************************

eTBLAST: http://invention.swmed.edu/etblast/etblast.shtml

Deja vu: http://spore.swmed.edu/dejavu/

**********************************************************

Online ClustW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

Boxshade突出相同或相似位点: http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html

ESPript多种修饰 功能,突出相同或相似位点: http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

GeneDoc 多序列编辑分析软件: http://www.nrbsc.org/downloads/ (不能输出为图片或DOC格式,打印输出为mdi格式)

MEGA: http://www.megasoftware.net/(先进行比对,输出为mega格式,再进行树的构建)

柳城博客∷努力在数据的海洋里畅游 http://www.liucheng.name/

********************************************************

六、基因预测和基因结构分析

Softberry的Gene Finding工具( http://linux1.softberry.com/berry.phtml )-----“ Gene Finding in Eukaryota”-----“FGENESHFGENESH“

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

GenScan http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

GeneMark( http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ )----Gene Prediction in Eukaryotes----GeneMark-E

http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi

NNPP分析启动子位点, Gene Feature Searches(BCM http://dot.imgen.bcm.tmc.edu)“Gene Feature Searches”-----“NNPP/Eukaryotic-eukaryotic promoter prediction

http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/gene-search.html

分析转录因子结合位点:

PLACE (A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Element ( http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html )

MatInspector: http://www.genomatix.de

利用比较基因组预测基因

Twinscan/N-SCAN http://mblab.wustl.edu/software/twinscan/

其他工具: http://www.geneprediction.org/

    http://www.genefinding.org

********************************************************

ExPASy(Expert Protein Analysis System):http://www.expasy.ch/

(一)分析蛋白质的一级级结构

分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Tools and software packages------Identification and characterization-----ProtParam

http://www.expasy.ch/tools/protparam.html

分析蛋白质的疏水性:Primary structure analysis-----ProtScale

http://www.expasy.ch/tools/protscale.html

分析蛋白质的重复序列:Primary structure analysis-----REP

http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html

(二)分析蛋白质的二级结构

预测蛋白质的?-螺旋和?-折叠结构:Secondary structure prediction-----nnPredict

http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

蛋白质的其它二级结构:Secondary structure prediction-----SOPMA

(三)分析蛋白质的三级结构

molecular modeling:“tertiary structure prediction ”栏目选择选择一个分析工具,email服务

(四)分析膜蛋白质

预测膜整合蛋白的跨膜区: Topology prediction------SOSUI

http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/

分析膜锚定蛋白的GPI位点:Post-translational modification------big-PI Predictor

http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html

(五)分析蛋白质的翻译后修饰

分析信号肽及其剪切位点: Post-translational modification prediction----SignalIP

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

分析糖链连接点:分析O-连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetOGlyc

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

分析N-连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetNGlyc

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

(六)分析蛋白质的亚细胞定位

Topology prediction----PSORT-----WoLF PSORT

http://wolfpsort.org/

(七)分析化学因子作用蛋白质的位点

“Identification and characterization ”------“Other prediction or characterization tools”栏目选择“PeptideCutter” 软件

http://www.expasy.ch/tools/peptidecutter/

*************************************************

八、农业类数据库的利用

禾本科植物比较基因组数据库 Gramene 数据库 http://www.gramene.org

      SoyBase 主页   http://soybase.org/

      GrainGenes     http://www.graingenes.org

Gramene数据库主页的“Quick Search”栏目选择“QTL”,输入关键词

在Gramene数据库主页的“TRAITS”栏目点击“QTL”,在QTL数据库网页选择一种性状(Abiotic stress | Anatomy | Biochemical | Biotic stress | Development | Quality |

Sterility or fertility | Vigor | Yield)

家畜、家禽基因组数据库   ArkDB http://www.thearkdb.org

植物数据库

http://www.pfaf.org/database/index.php

http://herb.umd.umich.edu/

http://www.transgenica.com/

*************************************************

Transeq , ShowseqN: http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz

NEBcutter: http://tools.neb.com/NEBcutter2/

Primer3: http://frodo.wi.mit.edu/

Primer-BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome

e-PCR功能定位DNA序列: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/e-pcr/

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