09暑假HZAU《生物信息学》课程网址 原文:http://hi.baidu.com/robertoyuan/blog/item/1b77c7511dbdeb868c54309f.html
2009-07-17 18:18
***************************************************** 教学网站 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 参考教材 Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis, Second Edition http://www.bioinformaticsonline.org/ ***************************************************** Internet上的自教课程 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education http://www.ebi.ac.uk/2can/home.html ***************************************************** GenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ GenBank发行情况: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt Flat format file Sample record: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html EMBL: http://www.ebi.ac.uk/embl EPD (Eukaryotic Promoter Database): http://www.epd.isb-sib.ch/ SWISS-PROT: http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并UniProt (Universal Protein Resource) : http://www.uniprot.org PIR (Protein Information Resource): http://pir.georgetown.edu PRF (Protein Research Foundation): http://www.prf.or.jp/en/os.html Prosite: http://www.expasy.org/prosite PDB (Protein Da SWISS-3D IMAGE: http://www.expasy.ch/sw3d/ KEGG主页: http://www.genome.ad.jp/kegg/ PKR (Protein Kinase Resource): http://pkr.genomics.purdue.edu/pkr/Welcome.do Agricola: http://agricola.nal.usda.gov/ ***************************************************** SRS (Sequence Reterieval System): http://srs.ebi.ac.uk/ PDB: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do KEGG: http://www.genome.jp/kegg/ DBGET: http://www.genome.jp/dbget/ Plant Blast: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/static/MVPlantBlast.shtml?2 BLast Plant Genome: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Genome/PlantBlast.shtml?10 Xa21[Gene Name] rice[organism] complete cds Human Genome : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/ (Homo sapiens) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/index.shtml 检索:mitogen activated protein kinase ******************************************************** eTBLAST: http://invention.swmed.edu/etblast/etblast.shtml Deja vu: http://spore.swmed.edu/dejavu/ ********************************************************** On Boxshade突出相同或相似位点: http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html ESPript多种修饰 功能,突出相同或相似位点: http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi GeneDoc 多序列编辑分析软件: http://www.nrbsc.org/downloads/ (不能输出为图片或DOC格式,打印输出为mdi格式) MEGA: http://www.megasoftware.net/(先进行比对,输出为mega格式,再进行树的构建) 柳城博客∷努力在数据的海洋里畅游 http://www.liucheng.name/ ******************************************************** 六、基因预测和基因结构分析 Softberry的Gene Finding工具( http://linux1.softberry.com/berry.phtml )-----“ Gene Finding in Eukaryota”-----“FGENESHFGENESH“ http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind GenScan http://genes.mit.edu/GENSCAN.html GeneMark( http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ )----Gene Prediction in Eukaryotes----GeneMark-E http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi NNPP分析启动子位点, Gene Feature Searches(BCM http://dot.imgen.bcm.tmc.edu)“Gene Feature Searches”-----“NNPP/Eukaryotic-eukaryotic promoter prediction ” http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/gene-search.html 分析转录因子结合位点: PLACE (A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Element ( http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html ) MatInspector: http://www.genomatix.de 利用比较基因组预测基因 Twinscan/N-SCAN http://mblab.wustl.edu/software/twinscan/ 其他工具: http://www.geneprediction.org/ ******************************************************** ExPASy(Expert Protein Analysis System):http://www.expasy.ch/ (一)分析蛋白质的一级级结构 分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Tools and software packages------Identification and characterization-----ProtParam http://www.expasy.ch/tools/protparam.html 分析蛋白质的疏水性:Primary structure analysis-----ProtScale http://www.expasy.ch/tools/protscale.html 分析蛋白质的重复序列:Primary structure analysis-----REP http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html (二)分析蛋白质的二级结构 预测蛋白质的?-螺旋和?-折叠结构:Secondary structure prediction-----nnPredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html 蛋白质的其它二级结构:Secondary structure prediction-----SOPMA (三)分析蛋白质的三级结构 molecular modeling:“tertiary structure prediction ”栏目选择选择一个分析工具,email服务 (四)分析膜蛋白质 预测膜整合蛋白的跨膜区: Topology prediction------SOSUI http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/ 分析膜锚定蛋白的GPI位点:Post-translational modification------big-PI Predictor http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html (五)分析蛋白质的翻译后修饰 分析信号肽及其剪切位点: Post-translational modification prediction----SignalIP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 分析糖链连接点:分析O-连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetOGlyc http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 分析N-连接糖蛋白,Post-translational modification prediction----NetNGlyc http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ (六)分析蛋白质的亚细胞定位 Topology prediction----PSORT-----WoLF PSORT (七)分析化学因子作用蛋白质的位点 “Identification and characterization ”------“Other prediction or characterization tools”栏目选择“PeptideCutter” 软件 http://www.expasy.ch/tools/peptidecutter/ ************************************************* 八、农业类数据库的利用 禾本科植物比较基因组数据库 Gramene 数据库 http://www.gramene.org SoyBase 主页 http://soybase.org/ GrainGenes http://www.graingenes.org Gramene数据库主页的“Quick Search”栏目选择“QTL”,输入关键词 在Gramene数据库主页的“TRAITS”栏目点击“QTL”,在QTL数据库网页选择一种性状(Abiotic stress | Anatomy | Biochemical | Biotic stress | Development | Quality | Sterility or fertility | Vigor | Yield) 家畜、家禽基因组数据库 ArkDB http://www.thearkdb.org 植物数据库 http://www.pfaf.org/database/index.php ************************************************* Transeq , ShowseqN: http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz NEBcutter: http://tools.neb.com/NEBcutter2/ Primer3: http://frodo.wi.mit.edu/ Primer-BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome e-PCR功能定位DNA序列: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/e-pcr/ |
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