注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

日志

 
 
关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

网易考拉推荐

cisgenome数据库构建  

2010-01-11 14:47:17|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

(An integrated tool for tiling array, ChIP-seq, genome and cis-regulatory element analysis)http://www.biostat.jhsph.edu/~hji/cisgenome/   数据库构建步骤,说明见文档。 1,到UCSC下载需要的fasta文件,例如hg17,解压到/restore/data/genomes/hg17/目录下,

2,在该目录下创建一个文件chrlist.txt。

 3,运行./genome_encode -d /restore/data/genomes/hg17/ -o /restore/data/genomes/hg17/ 这样就会在hg17目录下产生24个.sq文件及一个chrlen.txt文件

4,下载refGene.txt, refFlat.txt, xenoRefGene.txt, xenoRefFlat.txt文件到/hg17/annotation文件夹中。

5,对refGene.txt和xenoRefGene.txt文件分别运行 ./refgene_encode -d /restore/data/genomes/hg17/annotation/refGene.txt -o /restore/data/genomes/hg17/annotation/refGene_sorted.txt -s human -n 24 ./refgene_encode -d /restore/data/genomes/hg17/annotation/xenoRefGene.txt -o /restore/data/genomes/hg17/annotation/xenoRefGene_sorted.txt -s human -n 24 这样会在annotation目录下产生 refGene_sorted.txt和xenoRefGene_sorted.txt文件。

6,对refFlat.txt和xenoRefFlat.txt分别运行 ./refflat_encode -d /restore/data/genomes/hg17/annotation/refFlat.txt -o /restore/data/genomes/hg17/annotation/refFlat_sorted.txt ./refflat_encode -d /restore/data/genomes/hg17/annotation/xenoRefFlat.txt -o /restore/data/genomes/hg17/annotation/xenoRefFlat_sorted.txt 这样会在annotation目录下产生一个refFlat_sorted.txt和xenoRefFlat_sorted.txt文件

7,创建hg17/markovbg/S100000_W1000000/3/目录。

8,运行 ./motifmap_matrixscan_genomebg -d /restore/data/genomes/hg17/ -o /restore/data/genomes/hg17/markovbg/S100000_W1000000/3/ -b 3 -s 100000 -w 100000 这样会在/hg17/markovbg/S100000_W1000000/3/目录下产生以chr[#]为名字的24个文件夹。每个文件夹里有数千个文件。

9,下载phastCons文件共24个。解压到/hg17/conservation/phastcons/目录中,很大,请预留足够硬盘空间,至少15G。

10,运行 ./genome_codephastcons_v2 -d /restore/data/genomes/hg17/ -c /restore/data/genomes/hg17/conservation/phastcons/ -o /restore/data/genomes/hg17/conservation/phastcons/ 这样会在/phastcons目录下产生24个.cs文件。可将原始的文件移走或删除。

11,在/hg17/下建目录cds 2,运行 ./genome_codingCDS -d /restore/data/genomes/hg17/ -g /restore/data/genomes/hg17/annotation/refFlat_sorted.txt -gt 1 -s human -o /restore/data/genomes/hg17/cds/ 或者 ./genome_codingCDS -d /restore/data/genomes/hg17/ -g /restore/data/genomes/hg17/annotation/refGene_sorted.txt -gt 0 -s human -o /restore/data/genomes/hg17/cds/ 这样会在/hg17/cds/目录下产生24个.cds文件 注意:两者只能运行1个,否则第一次运行的结果会被第二次的结果覆盖。 经过以上的步骤,则hg17的数据库就构建好了。可以进行下一步的分析。

  评论这张
 
阅读(995)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2016