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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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Blast使用方法攻略(三)

2010-01-01 12:17:37| 分类：生物信息学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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常见问题

1．运行formatdb时报下列错误：

[formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput

Blast-def-line-set.E.<title>

Invalid value(s) [9] in VisibleString [seq1#ss ...]

这种情况通常是subject序列的标题行中含有非法字符，比如Tab。

2．运行blastall时报下列警告：

[blastall] WARNING: seq1: Could not find index files for database sub.seq

出现这种问题通常是没有做formatdb建库或者建的库不符合比对类型要求，需要重新建库。尤其注意tblastx的建库应该使用核酸库。

3．运行blastall时报下列警告和错误：

[blastall] WARNING: [000.000] seq1: SetUpBlastSearch failed.

[blastall] ERROR: [000.000] seq1: BLASTSetUpSearch: Unable to calculate Karlin-Altschul params, check query sequence

这种情况多出在reads等短序列的比对中，某一个query序列的有效长度是0，则会导致这个错误。但是这个错误不会影响到其他query序列的正常比对，通常情况下可以忽略。

4．运行blastall时报下列警告并退出：

[blastall] WARNING: [000.000] seq1: Unable to open BLOSUM62

[blastall] WARNING: [000.000] seq1: BlastScoreBlkMatFill returned non-zero status

[blastall] WARNING: [000.000] seq1: SetUpBlastSearch failed.

这是因为做蛋白相关比对的时候目录下没有蛋白比对矩阵BLOSUM62。

实例

其他四种比对方式的使用和blastn大同小异，下面通过几个例子加以概括：

1．用BLOSUM45矩阵、“-F F”参数对两条相似的蛋白做blastp比对：

输入的query序列：query.seq

输入的database序列：db.seq

运行命令：blastall -i db.seq -d db.seq -o blastp.out -p blastp -F F -M BLOSUM45

输出结果存放在：blastp.out

2．用一条核酸序列和一条蛋白序列做交叉比对blastx和tblastn：

输入的核酸序列：cdna.seq

输入的蛋白序列：pep.seq

运行命令：

blastall -i cdna.seq -d pep.seq -o blastx.out -p blastx

blastall -i pep.seq -d cdna.seq -o tblastn.out -p tblastn

输出结果存放在：

blastx.out

tblastn.out

3．用2条核酸序列蛋白比对tblastx：

输入的query序列：query.seq

输入的database序列：db.seq

运行命令：blastall -i query.seq -d db.seq -o tblastx.out -p tblastx -e 0.5

输出结果存放在：tblastx.out

练习

1．用blast搜索人类基因组Chr10的重复序列（提示，为了减少比对时间，可以采取分割比对的方法）。

2．用blast查找蛋白序列ENSP00000328808在人类基因组Chr10上的位置。

3．用blast检查以下引物primer1和primer2是否可以用作在参考序列refseq上扩增。（提示，注意引物可能发生错配的条件和blast的比对参数）

>refseq

CTTAATTCGCCTCGTGAAAGAATATCATCTGCTGAACCCGGTCATTGTTG

ACTGCACCTCCAGCCAGGCAGTGGCGGATCAATATGCCGACTTCCTGCGC

GAAGGTTTCCACGTTGTCACGCCGACGGCACCTCCAGCCAGGCAGTCGAT

GGATTACTACCATCTGTTGCGTCATGCGGCTGAAAAATCGCGGCGTAAAT

TCCTCTATGACACCAACGTTGGGGCTGGATTACCGGTTATTGAGAACCTG

CAAAATCTGCTCAATGCTGGTGATGAATTGATGAAGTTCTCCGGCATTCT

TTCAGGTTCGCTTTCTTATATCTTCGGCAAGTTAGACGAAGGCATGAGTT

>primer1

ACTGCACCTCCAGCCAGGCAG

>primer2

GATATAAGAAAGCGAACCTG

参考文献

1. Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W., and Lipman, D.J. 1990. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol.215: 403–410.

2. Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z.,Miller, W., and Lipman, D.J. 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: A new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25: 3389–3402.

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