Blast程序本地化使用的方法(2008-03-25 20:09:03)
标签:生物信息学 | 分类:生物专业 (bio) |
Blast程序的下载地址:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe
数据库的下载
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
其中 nr.gz 为非冗余的数据库,nt.gz 为核酸数据库
month.nt.gz 为最近一个月的核酸序列数据。
下载完后,blast-2.2.9-ia32-win32.exe 为自解压文件,双击运行后,在当前目录中会释放许多程序。
下载的month.nt.gz先用winrar解压缩。得到 month.nt 然后使用formatdb.exe对数据库进行格式化。
在MS-DOS环境下,输入formatdb.exe -i month.nt -p F -o T
接着就是blastall.exe 的使用
先找到要对比的序列,这里是从程序包使用说明中拿来的一段FASTA格式的序列作为测试序列。
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGG TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGA TATAGGCATAGCGCACAGACAGAT ATTACCACCACCATCACCATTACC CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTT GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAA AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTC AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATG
将此段序列保存为test.txt 置于程序目录下。
然后在DOS窗口下,
使用 blastall -p blastn -d month.nt -i test.txt -o out.txt
-p program name 为需要使用的程序名
-d database name 指定所使用的数据库名称
-i input file 待搜索的序列文件
-o output file 指定保存结果的文件
即可在out.txt中得到相应的结果。
此外,之前由于在使用formatdb.exe 使 没有使用 -o T 参数,导致没有生成索引文件,出现了以下错误提示:
[NULL_Caption] WARNING: Test: Could not find index files for database month.nt
在此说明,希望能对以后遇到和我一样错误的人,一个正确的解决办法,那就是在使用formatdb.exe时,不要忘了-o 参数,因为这个参数默认是不创建索引的,另外数据库的类型不要弄错
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