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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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R常用函数参考  

2009-12-04 11:14:08|  分类: R&Bioconductor |  标签: |举报 |字号 订阅

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常用函数参考

http://www.stathome.cn/manual/s/14.html

这一节分类列出常用的函数,需要时可以参看帮助。

基本

一、数据管理

vector:向量  numeric:数值型向量  logical:逻辑型向量
character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框
c:连接为向量或列表 length:求长度 subset:求子集
seq,from:to,sequence:等差序列
rep:重复 NA:缺失值 NULL:空对象
sort,order,unique,rev:排序
unlist:展平列表
attr,attributes:对象属性
mode,typeof:对象存储模式与类型
names:对象的名字属性

二、字符串处理

character:字符型向量  nchar:字符数 substr:取子串
format,formatC:把对象用格式转换为字符串
paste,strsplit:连接或拆分
charmatch,pmatch:字符串匹配
grep,sub,gsub:模式匹配与替换
 

三、复数

complex,Re,Im,Mod,Arg,Conj:复数函数
 

四、因子

factor:因子  codes:因子的编码 levels:因子的各水平的名字
nlevels:因子的水平个数 cut:把数值型对象分区间转换为因子
table:交叉频数表 split:按因子分组
aggregate:计算各数据子集的概括统计量
tapply:对“不规则”数组应用函数

数学

一、计算

+, -, *, /, ^, %%, %/%:四则运算
ceiling,floor,round,signif,trunc,zapsmall:舍入
max,min,pmax,pmin:最大最小值
range:最大值和最小值
sum,prod:向量元素和,积
cumsum,cumprod,cummax,cummin:累加、累乘
sort:排序
approx和approx fun:插值
diff:差分
sign:符号函数
 

二、数学函数

abs,sqrt:绝对值,平方根
log, exp, log10, log2:对数与指数函数
sin,cos,tan,asin,acos,atan,atan2:三角函数
sinh,cosh,tanh,asinh,acosh,atanh:双曲函数

beta,lbeta,gamma,lgamma,digamma,trigamma,tetragamma,pentagamma,choose ,lchoose:与贝塔函数、伽玛函数、组合数有关的特殊函数

fft,mvfft,convolve:富利叶变换及卷积
polyroot:多项式求根
poly:正交多项式
spline,splinefun:样条差值
besselI,besselK,besselJ,besselY,gammaCody:Bessel函数
deriv:简单表达式的符号微分或算法微分

 

三、数组

array:建立数组  matrix:生成矩阵
data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵
lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量
t:矩阵转置 cbind:把列合并为矩阵 rbind:把行合并为矩阵
diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵
aperm:数组转置 nrow, ncol:计算数组的行数和列数
dim:对象的维向量 dimnames:对象的维名
row/colnames:行名或列名 %*%:矩阵乘法
crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积
kronecker:数组的Kronecker积 apply:对数组的某些维应用函数
tapply:对“不规则”数组应用函数 sweep:计算数组的概括统计量
aggregate:计算数据子集的概括统计量 scale:矩阵标准化
matplot:对矩阵各列绘图 cor:相关阵或协差阵
Contrast:对照矩阵 row:矩阵的行下标集
col:求列下标集
 

四、线性代数

solve:解线性方程组或求逆  eigen:矩阵的特征值分解
svd:矩阵的奇异值分解 backsolve:解上三角或下三角方程组
chol:Choleski分解 qr:矩阵的QR分解
chol2inv:由Choleski分解求逆
 

五、逻辑运算

<,>,<=,>=,==,!=:比较运算符
!,&,&&,|,||,xor():逻辑运算符
logical:生成逻辑向量 all,any:逻辑向量都为真或存在真
ifelse():二者择一 match,%in%:查找
unique:找出互不相同的元素 which:找到真值下标集合
duplicated:找到重复元素
 

六、优化及求根

optimize,uniroot,polyroot:一维优化与求根

程序设计

一、控制结构

if,else,ifelse,switch:分支
for,while,repeat,break,next:循环
apply,lapply,sapply,tapply,sweep:替代循环的函数。
 

二、函数

function:函数定义 source:调用文件  call:函数调用
.C,.Fortran:调用C或者Fortran子程序的动态链接库。
Recall:递归调用
browser,debug,trace,traceback:程序调试
options:指定系统参数 missing:判断虚参是否有对应实参
nargs:参数个数 stop:终止函数执行
on.exit:指定退出时执行 eval,expression:表达式计算
system.time:表达式计算计时 invisible:使变量不显示
menu:选择菜单(字符列表菜单)

其它与函数有关的还有:delay,delete.response,deparse,do.call,dput,environment ,,formals,format.info,interactive,is.finite,is.function,is.language,is.recursive ,match.arg,match.call,match.fun,model.extract,name,parse,substitute,sys.parent ,warning,machine。

 

三、输入输出

cat,print:显示对象
sink:输出转向到指定文件
dump,save,dput,write:输出对象
scan,read.table,load,dget:读入
 

四、工作环境

ls,objects:显示对象列表  rm, remove:删除对象
q,quit:退出系统 .First,.Last:初始运行函数与退出运行函数。
options:系统选项 ?,help,help.start,apropos:帮助功能
data:列出数据集

统计计算

一、统计分布

每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数 函数,r――随机数函数。比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm。下 面我们列出各分布后缀,前面加前缀d、p、q或r就构成函数名:

norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心)
unif:均匀,exp:指数,weibull:威布尔,gamma:伽玛,beta:贝塔
lnorm:对数正态,logis:逻辑分布,cauchy:柯西,
binom:二项分布,geom:几何分布,hyper:超几何,nbinom:负二项,pois:泊松
signrank:符号秩,wilcox:秩和,tukey:学生化极差
 

二、简单统计量

sum, mean, var, sd, min, max, range, median, IQR(四分位间距)等为统计 量,sort,order,rank与排序有关,其它还有ave,fivenum,mad,quantile,stem等。

 

三、统计检验

 R中已实现的有chisq.test,prop.test,t.test。
 

四、多元分析

cor,cov.wt,var:协方差阵及相关阵计算
biplot,biplot.princomp:多元数据biplot图
cancor:典则相关 princomp:主成分分析
hclust:谱系聚类 kmeans:k-均值聚类
cmdscale:经典多维标度
其它有dist,mahalanobis,cov.rob。
 

五、时间序列

ts:时间序列对象  diff:计算差分  time:时间序列的采样时间  window:时间窗
 

六、统计模型

lm,glm,aov:线性模型、广义线性模型、方差分析
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