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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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基因结构预测分析与注释、进化分析软件  

2009-12-28 20:27:08|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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看到序列后,一般有价值的,就是看基因结构,

组装(assembly) 比对(alignment,map)
Soap velvet abys allpath
bowtie soap map
 

基因预测与结构注释

  • http://www.geneprediction.org
  • http://www.genefinding.org
  • http://www.binf.ku.dk/users/krogh/genefinding.html
  • http://www.swbic.org/links/1.4.3.2.php
  • http://bio.math.berkeley.edu/slam/
  • Bibliography on computational gene recognition by Wentian Li
  • geneid
  • SGP2
  • http://cbcb.umd.edu/software/glimmer
  • http://cbcb.umd.edu/software/GlimmerHMM
  • http://bio.math.berkeley.edu/genemapper/
  • http://www.genomethreader.org
  • GENSCAN
  • Twinscan/N-SCAN
  • CHEMGENOME
  • GeneMark
  • Gismo
  • mGene


     

  • 编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.

    http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/186991542009111410469680/

    FgeneSH   
       Genebuilder

    AAT  http://genome.cs.mtu.edu/aat.html    基因组序列基因预测
    BGF  http://tlife.fudan.edu.cn/bgf   真核生物基因预测*****
    GeneFinder http://cgap.nci.nih.gov/Genes/GeneFinder   基因预测
    Geneid  http://genome.imim.es/software/geneid/index.html  基因预测
    Genlang hhtp://arete.ibb.waw.pl/PL/html/gene_lang.html        基因预测 序列分析
    GENSCAN http://genes.mit.edu/GENSCAN.html      真核生物基因预测   *****
    GENEWISE
    Glimmer http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer 原核生物基因预测
    AUGUSTUS:http://augustus.gobics.de/    真核基因
    Genemark: http://exon.biology.gatech.edu/
    GlimmerM http://www.tigr.org/tdb/glimmerM/glmr_form.thml   真核生物基因预测*****
    GrailEXP  http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp   外显子 基因预测*****
    Twinscan  http://www.bioinformatics.ubc.ca/resources/tools/twinscan  真核生物基因预测*****
    GenomeThreader http://www.genomethreader.org/  植物基因预测
     
     
     

    1 基于相似性的基因预测方法: sim4  ,Spidey ,Genewise, TwinScan

                
    2 基于统计学模型的预测方法 物猜测软件:Glimmer   GenScan ,Fgenesh、BGF

     
       剪切位点

    Software tools for prediction of splicing sites

    Program Author, WWW site Training sets Refs.
    HSPL Victor Solovyev, http://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml Human [792]
    NNSplice Martin Reese, http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html Human, Drosophila [696]
    SpliceView Igor Rogozin, Luciano Milanesi http://www.itba.mi.cnr.it/webgene/ Human, yeast, Drosophila, Arabidopsis [710]
    NetGene2 S?ren Brunak, http://www.cbs.dtu.dk/services Human, C. elegans, Arabidopsis [123]
    GeneSplicer Steven Salzberg, http://www.tigr.org/softlab Human, Arabidopsis [672]
    SpliceProximalCheck Thangavel Thanaraj http://industry.ebi.ac.uk/~thanaraj/MZEF-SPC.html Human [838]

    SplicePort                http://spliceport.cs.umd.edu/

      GeneSplicer         http://cbcb.umd.edu/software/GeneSplicer/

    JIGSAW                     http://cbcb.umd.edu/software/jigsaw/    JIGSAW is a program designed to use the output from gene finders, splice site prediction programs and sequence alignments to predict gene models Margin-based Prediction of Polymorphic Regions -mPPR

                                       http://www.fml.tuebingen.mpg.de/raetsch/suppl/mppr

    Accurate Splice Site Detection (Supplementary Material) http://www.fml.tuebingen.mpg.de/raetsch/suppl/splice

    Tutorial  http://svmcompbio.tuebingen.mpg.de/ 

    EST2genome

    http://www.umanitoba.ca/afs/plant_science/psgendb/doc/doc/emboss/programs/html/est2genome.html
    功能注释

    预测的基因进行功能(Gene On

    tology,调控Motif,Pathway等)注释

    CAZY: www.cazy.org

    KEGG 由6个独立数据库 基因、 通路、配体化学反映、序列相似、基因表达、蛋白质相互关系 : www.genome.jp/kegg

    NOG 对同源基因的功能注释: http://eggnog.embl.de/

    Gene Ontology  基因功能分类体系:  www.geneontology.org

         JGI annotation (注释)http://www.jgi.doe.gov/ :微生物细菌

    InterProScan GO(注释软件) http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan/

    http://www.geneontology.org/GO.annotation.interproscan.shtml

    http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

    GBrowse:http://gmod.org/wiki/Downloads    基因表达分析 GBrowse

    RiceGAAS: Rice Genome Automated Annotation System : http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/
    比较基因组和分子进化分析:
      如快速进化(rapid evolution)分析,共线性分析(Synteny Block),基因家族分析等;

      常用的进化树分析软件:

      MEGA:http://www.megasoftware.net/



    预测拓扑结构:预测下蛋白的跨膜结构

    http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/
    http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html


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