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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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转录组测序(RNA-seq)技术  

2009-12-28 20:19:06|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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     转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。         转录组研究能够从整体水
平研究基因功能以及基因结构,     揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,        已广泛应
用于基础研究、     临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使
能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,           在分析转录本的结构和表达水平的同
时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及 cSNP(编码序列单核苷
酸多态性),提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对
已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高
的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
技术优势:
   数字化信号:直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度,同时不存在传统微
   阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
   高灵敏度:能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
   任意物种的全基因组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因信息,能够直
   接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因,发现新的转录本,并精确地识别可
   变剪切位点及 cSNP,UTR 区域。
   更广的检测范围:高于 6 个数量级的动态检测范围,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常
   转录本。
应用领域:转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪切研究等),转录本变异研究(如基因融合、
编码区 SNP 研究),非编码区域功能研究(Non-coding RNA 研究、microRNA 前体研究等),
基因表达水平研究以及全新转录本发现。
图 1 RNA-seq 获得的数据能够进行全面的数据挖掘,既能够进行基因结构分析,鉴定 UTR、可
     变剪切位点,也能够发现新的转录本及非编码 RNA,比较样本间的表达水平差异
康成生物提供的 RNA-seq 技术服务实验流程:
1. 样品 RNA 准备
2. 测序文库构建
     使用 oligo dT 微珠纯化 mRNA
     mRNA 片段化处理
     反转录反应合成合成双链 cDNA
     双链 DNA 末端修复及 3’末端加‘A’
     使用特定的测序接头连接 DNA 片段两端
     高保真聚合酶扩增构建成功的测序文库
3. DNA 成簇(Cluster)扩增
4. 高通量测序(Illumina Genome Analyzer IIx)
5. 数据分析
     原始数据读取
     与数据库比对并进行注释
     深层次数据分析
6. 提供实验报告
     原始数据报告(Fasta-Q 格式),包含所有
     测序序列信息,碱基读取质量评估
     基本数据分析报告(Excel 表格),包含有
     效序列的序列信息、与参考基因组比对后的
     注释信息等。
     高级数据分析(应客户要求定制),如基因
     覆盖率和测序深度分析,基因表达差异分
     析,基因结构分析,鉴定选择性剪切现象,
     发现新基因,鉴定基因融合现象。
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