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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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微调R画图函数的参数  

2009-12-02 13:20:11|  分类: R&Bioconductor |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://rbbs.biosino.org/Rbbs/posts/list/197.page

hist():
breaks设置每个柱的间距;freq柱图表示count或frequency;polt设置是否画图;density和angle可以设置柱上的斜线;axes设置是否需要画坐标轴; cor设置柱图的颜色;border设置柱图边界的颜色;xlim设置横轴范围;ylim设置纵轴范围。
R的许多函数都有类似的参数名,这些函数往往有同样的功能。因此后面就只介绍比较特殊的参数。
layout():mat用矩阵设置窗口的划分,矩阵的0元素表示该位置不画图,非0元素必须包括从1开始的连续的整数值,比如:1……N,按非0元素的大小设置图形的顺序。widths用来设置窗口不同列的宽度,heights设置不同行的高度。par()的mfcol,和 mfrow参数也有类似layout的功能,不过相对layout就逊色多了。
par():mar设置图离四个边缘的距离;bg设置背景颜色;xaxt和yaxt设置坐标轴标签的类型(=”n”表示不画轴标签);xlim和ylim设置坐标轴的范围。
axis():las设置坐标轴标签的方式(水平,垂直……)。
mtext():为四个坐标轴添加标签。
text():在给定坐标的位置写字。
lines():lty设置线的类型;lwd设置线的宽度。
points():pch设置点的类型。
plot():最简单的画图函数。type设置画图的类型(type=”n”表示不画数据);axes设置是否画坐标轴。常用的参数还有:xlim和ylim,xaxt和yaxt。
barplot():space设置bar图间的间距;horiz设置bar的方向是垂直或水平;beside设置height为矩阵时,每列元素的bar排列方式;add设置是否将barplot加在当前已有的图上。
legend():除了利用x,y设置图例的坐标外,用”topleft”, "center","bottomright"等设置位置非常方便。ncol设置图例的列数, horiz设置图例的排列方向。常有的参数还有col,lty,pch。
heatmap():Rowv和Colv设置是否需要按行或列聚类;scale设置是否需要按行或列标准化;na.rm设置是否移去NA;RowSideColors和ColSideColors可以在行或列边缘添加颜色;keep.dendro设置是否画聚类树。
dendrogram():'nodePar'和'edgePar'都是list,可以方便的设置节点和边的各种属性,如:颜色,样式,宽度,标签……。

在初学一个函数的时候,可能不知道函数有哪些参数,尤其是R中用...省略的参数。这时候看看“See Also:”里面提供的相关函数时非常有用的,R函数多是继承其它的更一半的函数,所以参数也会继承,理解了这一点,就能灵活应用..省略的参数了。另一方面,一些函数返回的对象的类是比较复杂的,有多个属性(一般会在“Value”里面说明这些对象的属性)。但有些函数的帮助里没有“Value”栏,幸运的是R中的一些函数提供了对各种类通用的处理,通过这些函数你可以大概了解一个对象所有的属性。如:summary()总结对象的基本特征;attributes()列出对象的所有属性;attr()给出对象的指定属性的值;labels()列出对象的标签;str()展示对象的结构……。
学会使用这些函数和参数能让你的图更好看,但是理解R的函数结构和参数意义,会更有意义。正所谓,受之与鱼不如受之与渔
[Thumb - dendrogram_3.png]

[Thumb - source_78.png]

[Thumb - dendrogram_2.png]
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