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云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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计算生物学工具箱 TOOL BOX FOR COMPUTATIONAL BIOL  

2009-12-15 19:47:10|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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综合数据库:

最权威的生物信息学网址链接:http://www.bioinformatics.vg/index.shtml
生物信息学网址链接:
http://www.bioinformatics.ca/links_directory/
Nucleic Acid Research Database Issue:
http://nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/

一、蛋白相关数据库

蛋白质结构域预测工具

Esignal http://motif.stanford.edu/esignal/  评:信号传导系统蛋白的结构域预测工具,凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳。
SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/  评:信号肽预测工具,适合定位于非胞质位置的蛋白质
Emotif http://motif.stanford.edu/emotif-search/ 评:结构域预测工具,由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型,故预测效果比Prosite好
Ematrix http://fold.stanford.edu/ematrix/  评:是用Matrix的方法创建的结构域数据库,可与emotif互相印证。其速度快,可快速搜索整个基因组。
InterPro http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/  评:EBI提供的服务,用图形的形式表示出搜索的结构域结果
TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/  评:转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用。
Protscale http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl 评:※可分析该序列的各种性状如活动度,亲水性(Kyte & Doolittle),抗原性(Hopp&Woods)等
 

通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能

A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断,其概念比Domain小。

 PROSITE:http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/  是专门搜索蛋白质Motif的数据库,其中signature seqs是最重要的motif信息

B. Domain:若干motif可形成一个Domain,每个Domain形成一个球形结构,Domain与Domain之间通常像串珠一样相连。

 Pfam: http://www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain,并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法:在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号。

 CDD: NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink,Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息,则可进入Blink链接,再进行CDD搜索,就可以了。看Domain的详细信息可以到:http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 上进行搜索查看。

蛋白跨膜序列分析

kyte-Doolittle疏水性分析:每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域。

蛋白质结构预测工具

PREDATOR: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具。

蛋白质糖基化位点的预测

http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括:DictyOGlyc prediction serverNetOGlyc prediction serverYinOYang serverMETA II PredictProtein serverO-GLYCBASEGlycoMod tool

蛋白质结构数据库

MMDB: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库,要使用Cn3D v4.1软件观看。
PDB: http://www.rcsb.org/pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看。

蛋白质综合数据库

PIR: http://pir.georgetown.edu/  
Uniprot http://www.pir.uniprot.org/

二、核酸相关数据库

RNA二级结构及非编码区功能预测:

RNA二级结构预测:http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html ,速度快,生成图像。
最好的RNA二级结构预测软件:mfold
UTR功能区预测:http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRHome/ 
预测mRNA翻译能力的在线工具:http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm  其说明书在:http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/
RegRNA:http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/ 
RFAM: http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/index.shtml
RNA world: http://www.imb-jena.de/RNA.html
RNA resource Links: http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/references/ 

基因转录调控相关数据库

EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 评:真核生物启动子,好用.
TRRD: Transcription Regulatory Regions Database 评:可搜索某一基因的调控区及相关转录因子。
TRANSFAC: http://www.generegulation.de/ 评:可搜索所有转录因子的数据。好用。
启动子数据库:
http://www.epi.isb-sib.ch
转录因子结合位点 http://www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/ 

电子延伸相关在线软件

意大利CAP3软件:http://bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html 强烈推荐使用,使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了。

序列比对在线软件

Multialin: http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html 最好的多序列比对在线工具
FASTA:
http://www.ebi.ac.uk/fasta/; http://fasta.bioch.virginia.edu/
BLAST:
http://www.ncbi.nih.gov/BLAST

Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因

MEME: http://meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html 可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因。此软件输出结果不好读懂。

BLOCK Maker: http://blocks.fhcrc.org/ in which Block maker is Very Good
             http://bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html 
可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域,非常好用,易学。

IRES及其他UTR功能序列的预测

UTRscan http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRScan/http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/UTRScan/ 需要先注册email.

三、表达数据库

EST聚类表达数据资源

Unigene: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene 评:不用说了,老牌的EST聚类程序,数据库质量很好,但毛病也不少。不过我常用它。
TIGR:
http://www.tigr.org/tdb/tgi/ 评:按独一无二的剪接体对EST进行聚类,并从中得出独一无二的共有的序列,每个Cluster的EST都有图形排列显示。
Allgenes: http://www.allgenes.org/index.html 评:其EST聚类要求比较严格,但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列,可轻松定位到基因组上。
MIPS: http://mips.gsf.de/proj/human/ 评:MIPS的EST聚类数据库。其中有个工具特别好,就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序。

特殊的表达数据库:

前列腺表达数据库:http://www.pedb.org/
膀胱癌EST数据库:http://bladder.nhri.org.tw/index.htm

Microarray和SAGE表达数据库及其分析工具

全身正常组织microarray数据(U133A,U133B): http://www.dev.gmod.org/ 较全的全身正常组织microarray数据库,推荐,要搜索表达数据需在search中数据探针名称(U133A,B),注意必须安装Adobe SVG Viewer。得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。
斯坦福大学生物芯片数据库:http://genome-www5.stanford.edu/ 最好的生物芯片数据库,不仅数据源丰富,而且数据搜索软件功能齐全。但要学会也需要点时间。
CleanEX: http://www.cleanex.isb-sib.ch/ 评:用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据
EBI array database: http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress 评:欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库
RAD: http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php 评:功能与CleanEX近似,推荐使用!
Gene expression_r Db:http://discover.nci.nih.gov 提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据
NIAID: http://madb.niaid.nih.gov/
ONCOMINE: http://141.214.6.50/oncomine/main/index.jsp AWR1Uko AND MY EMAIL 非常好的肿瘤microarray数据库
GENEHOPPER: http://genehopper.lumc.nl/db/ 利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件。
 

NetAffx: https://www.affymetrix.com/analysis/netaffx/index.affx
Microarray Anotation Database:探针注释数据库

四、其它数据库

免疫学相关数据库

MHCI结合表型预测:http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind 评:已经试过,非常好用。
SYFPEITHI:www.uni-tuebingen.de/uni/kxi评:MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析。
SYFPEITHI的MHCI表型预测工具:http://syfpeithi.bmi-heidelberg.com/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm
SEREX数据库: http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/
CT抗原数据库:http://www.cancerimmunity.org/CTdatabase/
Immunology相关工具综合:http://www.cancerimmunity.org/

特殊数据库

McGill: http://ww2.mcgill.ca/androgendb/ 评:雄激素受体数据库
肿瘤数据库 染色体突变数据库:http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/index.html
内源性逆转录病毒数据库:http://www.girinst.org/ 包含100多个内源性逆转录病毒家族,每个家族都给出了共有序列。

基因注释数据库

ensemble: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/ 评:综合各种基因注释的平台
OE: http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html 评:基因功能注释的重要工具,提供每个注释的生物学意义的评分。
GENMAPP:评:将基因芯片数据综合在各种生物通路上,帮助分析表达数据的生物学意义。
GeneCard: http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/ 很全的基因卡片!

突变数据库

HGMD突变数据库:http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html 评:包含各种疾病和基因的突变数据
肿瘤基因数据库:http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html 评:搜索起来不是很方便

比较基因组学数据库

VISTA: http://www-gsd.lbl.gov/vista/index.shtml 最重要的比较基因组学在线软件,强烈推荐使用

PCR相关网站

PCR相关网站大全

引物数据库:http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ 含180000条mRNA特异引物。非常好用。

方便的实验室运算软件

MOLBIOL.RU: http://molbiol.ru/eng/scripts/index.html 可以进行随机核酸序列的产生,PCR条件优化运算等。

密码子使用频度数据库 http://www.kazusa.or.jp/codon/

science@direct杂志数据库免费入口

入口一  入口二 

视频

2003虚拟生物信息学会议

代理列表

清华大学代理列表:http://www.ipcn.org/
西郊天空:http://xjtusky.net/www/mod/ie/

GOOGLE镜像

http://google.ipcn.org/,或http://google.ipchina.org/

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