云之南

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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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计算生物学工具箱 TOOL BOX FOR COMPUTATIONAL BIOL

2009-12-15 19:47:10| 分类：生信分析软件 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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综合数据库：

最权威的生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.vg/index.shtml
生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/
Nucleic Acid Research Database Issue: http://nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/

一、蛋白相关数据库

蛋白质结构域预测工具

Esignal http://motif.stanford.edu/esignal/ 评：信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳。
SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 评：信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质
Emotif http://motif.stanford.edu/emotif-search/ 评：结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好。
Ematrix http://fold.stanford.edu/ematrix/ 评：是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组。
InterPro http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 评：EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果
TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ 评：转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用。
Protscale http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl 评：※可分析该序列的各种性状如活动度,亲水性(Kyte & Doolittle),抗原性（Hopp&Woods)等
　

通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能

A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小。

PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息

B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连。

Pfam: http://www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号。

CDD: NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 上进行搜索查看。

蛋白跨膜序列分析

kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域。

蛋白质结构预测工具

PREDATOR: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具。

蛋白质糖基化位点的预测

http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool

蛋白质结构数据库

MMDB: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看。
PDB: http://www.rcsb.org/pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看。

蛋白质综合数据库

PIR: http://pir.georgetown.edu/
Uniprot http://www.pir.uniprot.org/

二、核酸相关数据库

RNA二级结构及非编码区功能预测：

RNA二级结构预测：http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html ，速度快，生成图像。
最好的RNA二级结构预测软件：mfold
UTR功能区预测：http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRHome/
预测mRNA翻译能力的在线工具：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm 其说明书在：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/
RegRNA:http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/
RFAM: http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/index.shtml
RNA world: http://www.imb-jena.de/RNA.html
RNA resource Links: http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/references/

基因转录调控相关数据库

EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 评：真核生物启动子，好用.
TRRD: Transcription Regulatory Regions Database 评：可搜索某一基因的调控区及相关转录因子。
TRANSFAC: http://www.generegulation.de/ 评：可搜索所有转录因子的数据。好用。
启动子数据库：http://www.epi.isb-sib.ch
转录因子结合位点 http://www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/

电子延伸相关在线软件

意大利CAP3软件：http://bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html 强烈推荐使用，使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了。

序列比对在线软件

Multialin: http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html 最好的多序列比对在线工具
FASTA: http://www.ebi.ac.uk/fasta/; http://fasta.bioch.virginia.edu/
BLAST: http://www.ncbi.nih.gov/BLAST

Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因

MEME: http://meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html 可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因。此软件输出结果不好读懂。

BLOCK Maker: http://blocks.fhcrc.org/ in which Block maker is Very Good
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html
可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域，非常好用，易学。

IRES及其他UTR功能序列的预测

UTRscan http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRScan/，http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/UTRScan/ 需要先注册email.

三、表达数据库

EST聚类表达数据资源

Unigene: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene 评：不用说了，老牌的EST聚类程序，数据库质量很好，但毛病也不少。不过我常用它。
TIGR：http://www.tigr.org/tdb/tgi/ 评：按独一无二的剪接体对EST进行聚类，并从中得出独一无二的共有的序列，每个Cluster的EST都有图形排列显示。
Allgenes: http://www.allgenes.org/index.html 评：其EST聚类要求比较严格，但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列，可轻松定位到基因组上。
MIPS: http://mips.gsf.de/proj/human/ 评：MIPS的EST聚类数据库。其中有个工具特别好，就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序。

特殊的表达数据库：

前列腺表达数据库：http://www.pedb.org/
膀胱癌EST数据库：http://bladder.nhri.org.tw/index.htm

Microarray和SAGE表达数据库及其分析工具

全身正常组织microarray数据（U133A,U133B）: http://www.dev.gmod.org/ 较全的全身正常组织microarray数据库，推荐,要搜索表达数据需在search中数据探针名称（U133A,B），注意必须安装Adobe SVG Viewer。得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。
斯坦福大学生物芯片数据库：http://genome-www5.stanford.edu/ 最好的生物芯片数据库，不仅数据源丰富，而且数据搜索软件功能齐全。但要学会也需要点时间。
CleanEX: http://www.cleanex.isb-sib.ch/ 评：用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据
EBI array database: http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress 评：欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库
RAD： http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php 评：功能与CleanEX近似，推荐使用！
Gene expression_r Db:http://discover.nci.nih.gov 提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据
NIAID: http://madb.niaid.nih.gov/
ONCOMINE: http://141.214.6.50/oncomine/main/index.jsp AWR1Uko AND MY EMAIL 非常好的肿瘤microarray数据库
GENEHOPPER: http://genehopper.lumc.nl/db/ 利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件。
　

NetAffx: https://www.affymetrix.com/analysis/netaffx/index.affx
Microarray Anotation Database:探针注释数据库

四、其它数据库

免疫学相关数据库

MHCI结合表型预测：http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind 评：已经试过，非常好用。
SYFPEITHI：www.uni-tuebingen.de/uni/kxi，评：MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析。
SYFPEITHI的MHCI表型预测工具：http://syfpeithi.bmi-heidelberg.com/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm
SEREX数据库: http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/
CT抗原数据库：http://www.cancerimmunity.org/CTdatabase/
Immunology相关工具综合：http://www.cancerimmunity.org/

特殊数据库

McGill: http://ww2.mcgill.ca/androgendb/ 评：雄激素受体数据库
肿瘤数据库染色体突变数据库：http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/index.html
内源性逆转录病毒数据库：http://www.girinst.org/ 包含100多个内源性逆转录病毒家族，每个家族都给出了共有序列。

基因注释数据库

ensemble: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/ 评：综合各种基因注释的平台
OE: http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html 评：基因功能注释的重要工具，提供每个注释的生物学意义的评分。
GENMAPP:评：将基因芯片数据综合在各种生物通路上，帮助分析表达数据的生物学意义。
GeneCard: http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/ 很全的基因卡片！

突变数据库

HGMD突变数据库：http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html 评：包含各种疾病和基因的突变数据
肿瘤基因数据库：http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html 评：搜索起来不是很方便

比较基因组学数据库

VISTA: http://www-gsd.lbl.gov/vista/index.shtml 最重要的比较基因组学在线软件，强烈推荐使用

PCR相关网站

PCR相关网站大全

引物数据库：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ 含180000条mRNA特异引物。非常好用。

方便的实验室运算软件

MOLBIOL.RU: http://molbiol.ru/eng/scripts/index.html 可以进行随机核酸序列的产生，PCR条件优化运算等。

密码子使用频度数据库 http://www.kazusa.or.jp/codon/

science@direct杂志数据库免费入口

入口一入口二

视频

2003虚拟生物信息学会议

代理列表

清华大学代理列表：http://www.ipcn.org/
西郊天空：http://xjtusky.net/www/mod/ie/

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http://google.ipcn.org/，或http://google.ipchina.org/

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