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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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计算生物学工具及资源  

2009-12-01 22:44:38|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://www.core.org.cn/OcwWeb/Biology/7-91JSpring2004/Tools/index.htm

 

计算生物学工具及资源

工具 描述 网 址 参考文献
BLAST 序列比对为将新序列与原先的特征序列之间的比较提供了有力的工具,序列的功能及进化信息可以从精心设计的队列和比对中推断出来。 基本的局部比对检索工具(BLAST)提供了一种核苷与蛋白质数据库快速检索的方法,它是一种经过优化的序列比较算法,用于蛋白质数据库中序列的最优局部比对及检索。 BLAST  Altschul, S. F., W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman. "Basic Local Alignment Search Tool." J. Mol. Biol. 215, (1990): 403-410.
BIND 生物分子相互作用网络数据库(BIND)收集了分子相互作用的相关记录。BIND数据库中的内容来自高通量的数据提交及手动从科技文献中整理的信息。 BIND Bader, G. D., D. Betel, and C.W. "BIND: the Biomolecular Interaction Network Database." Nucleic Acids Res. 31 (2003): 248-50.
Biology WorkBench Biology WorkBench 是由圣地亚哥的加州大学超级计算机中心为生物学家们开发的基于网络的计算生物学工具。该平台能让生物学家们检索许多常用的蛋白质及核酸序列数据库,数据库检索整合了各类分析与建模工具,并设计了统一的运行界面,从而避免了文件格式的兼容性问题。 Biology WorkBench
ClustalW ClustalW 是一个常用的DNA或蛋白质多序列比对程序,它通过对低相似度序列进行多序列比对来阐述其生物学意义。 ClustalW Higgins, D., J. Thompson, T. Gibson, J. D. Thompson, D. G. Higgins, and T. J. Gibson. "CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment through Sequence Weighting, Position-specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice." Nucleic Acids Res. 22 (1994): 4673-4680.
DALI DALI 来源于距离矩阵比对,该服务器可自动进行蛋白质3D结构比较,用户输入一条查询蛋白质的结构可得到与之结构相似的其它蛋白质结构。提交的方式可以通过电子邮件或者网上在线提交。 DALI Holm, L., and C. Sander. "Mapping the Protein Universe (209kb)." Science 273, (1996): 595-602.
Deep View Swiss-Pdb Viewer Deep View Swiss-PdbViewer是一个拥有友好用户界面的应用程序软件,它允许用户同时分析几条蛋白质序列,提交的蛋白质结构被依次叠放以便进行结构比对和比较它们之间的活性位点或者其它相关部分,氨基酸突变点、结合氢键、角度以及原子之间的距离信息都可通过直观图象和菜单界面轻松获得。 Deep View Swiss-PdbViewer

Tutorial For Deep View (Swiss-PdbViewer)

Guex, N., and M. C. Peitsch. "SWISS-MODEL and the Swiss-PdbViewer: An Environment for Comparative Protein Modeling." Electrophoresis 18 (1997): 2714-2723.
DIPTM DIPTM 是蛋白质相互作用数据库。DIPTM 数据库收集了来自实验的蛋白质之间相互作用信息,该信息由各类资源综合而成,形成了一个统一的数据集。 DIPTM Salwinski L., C. S. Miller, A. J. Smith, F. K. Pettit, J. U. Bowie, and D. Eisenberg. "The Database of Interacting Proteins: 2004 update." Nucleic Acids Res. 32 (2004): Database issue:D449-51.
Dot Matrix Dot Plots 或 Matrix Plots 为序列分析(搜索两条序列间的相似区域和搜索序列中的重复片段)提供了轻松和有力的方法。 Nucleic Acid Dot Plots Maizel, J. V., and R. P. Lenk. "Enhanced Graphic Matrix Analysis of Nucleic Acid and Protein Sequences." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78 (1981): 7665.

Pustell, J., and F. C. Kafatos. "A High Speed, High Capacity Homology Matrix: Zooming through SV40 and Polyoma." Nucleic Acids Res. 10 (1982): 4765.

Quigley, G. J., L. Gehrke, D. A. Roth, and P. E. Auron. "Computer-aided Nucleic Acid Secondary Structure Modeling Incorporating Enzymatic Digestion Data. Nucleic Acids Res. 12 (1984): 347.

Entrez Entrez 是一个用于检索NCBI(美国国立生物技术信息中心)中几个相关联数据库的检索系统。 Entrez

NCBI


GENSCAN GENSCAN 可以预测生物体内基因组序列中的基因位点及外含子-内显子结构,GENSCAN 由斯坦福大学数学学院Samuel Karlin研究组的Chris Burge教授开发。 GENSCAN Burge, C., and S. Karlin. "Prediction of complete gene structures in human genomic DNA." J. Mol. Biol. 268 (1997): 78-94.

Gibbs Motif Sampler Gibbs Motif Sampler 能帮用户识别DNA或蛋白质序列中的模体和保守区域。 Gibbs Motif Sampler This software was developed by Eric C. Rouchka and Bill Thompson based on work by C. E. Lawrence, J. S. Liu, A. F. Neuwald and others (References) as part of the Bayesian Bioinformatics Program at the Biometrics Laboratory of Wadsworth Center.
MEME 使用MEME可以在相关的DNA或蛋白质组中发现模体(高保守区域)。 MEME Bailey, Timothy L., and Charles Elkan. "Fitting a Mixture Model by Expectation Maximization to Discover Motifs in Biopolymers." Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. Menlo Park, California: AAAI Press, 1994, pp. 28-36.
MODBASE MODBASE数据库包含已注释的比较蛋白质结构模型及其相关资源。 MODBASE Pieper U., N. Eswar, H. Braberg, M. S. Madhusudhan, F. P. Davis, A. C. Stuart, N. Mirkovic,

A. Rossi, M. A. Marti-Renom, A. Fiser, B. Webb, D. Greenblatt, C. C. Huang, T. E. Ferrin, and A. Sali. "MODBASE, a database of annotated comparative protein structure models, and associated resources." Nucleic Acids Res. 32 (2004): Database issue:D217-22.

PDB Database 蛋白质数据库(PDB)是唯一一个世界性的与3D生物大分子结构数据处理和发布相关的数据库。 The Protein Data Bank (PDB)

(PDB Advisory Notice on using materials available in the archive)

Berman, H. M., J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, and P. E. Bourne. "The Protein Data Bank." Nucleic Acids Res. 28 (2000): 235-242.
PHYLIP PHYLIP (PHYLogeny 推断软件包) 是一个用于推断物种发展史(进化树)的软件包,它可以从网上免费下载并经过编译后在不同的操作系统上运行。 PHYLIP
NCBI NCBI(美国国立生物技术信息中心)建立于1988年并为全国提供分子生物学信息的共享资源,它建立了公开的数据库,引导在计算生物学领域的研究,开发用于基因组数据分析软件以及发布生物医学信息——这一切都是为了人们能更好的认识影响人类健康和疾病相关的分子作用。该站点提供大量的生物序列数据库、结构数据库生物信息学工具以及文献检索工具。 NCBI 
Python Scripting Language 一种广泛用于生物信息学和计算生物学的脚本语言,它常与PERL结合使用。 Python
RasMol RasMol是一个用于蛋白质结构可视化、核酸和小分子的分子图形软件,该程序读入分子坐标并以交互的方式通过各类示意图或彩图的形式显示在屏幕上。 

RASMOL 

Sayle R., and E. James Milner-White. "RasMol: Biomolecular graphics for all." Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20, no. 9 (September 1995): 374.
Scansite Scansite 用于寻找蛋白质序列中易于被特定的蛋白酶磷酸化的模体或者绑定结构域,如SH2结构域、14-3-3结构域或PDZ结构域。 Scansite Songyang, Z., S. Blechner, N. Hoagland, M. F. Hoekstra, H. Piwnica-Worms, and L. C. Cantley. "Use of an Oriented Peptide Library to Determine the Optimal Substrates of Protein Kinases." Curr Biol. 4, no. 11 (1 Nov 1994): 973-82.

Yaffe, M. B., G. G. Leparc, J. Lai, T. Obata, S. Volinia, and L. C. Cantley. "A Motif-based Profile Scanning Approach for Genome-wide Prediction of Signaling Pathways." Nat. Biotechnol. 19, no. 4 (Apr 2001): 348-53.

Obenauer, J. C., L. C. Cantley, and M. B. Yaffe. "Scansite 2.0: Proteome-wide Prediction of Cell Signaling Interactions using Short Sequence Motifs." Nucleic Acids Res. 31, no. 13 (1 Jul 2003): 3635-41.

SCOP 几乎所有的蛋白质都与其他蛋白有着相似的结构,并且在这其中有些蛋白质还有着共同的进化起源。蛋白质结构分类数据库(SCOP)由手工挑选和辅以一系列自动算法建立而成的,希望能够提供详细并且全面的关于所有已知结构的蛋白质结构及其进化关系的描述。同样,该数据库为以下方面提供了全面的信息:所有已知蛋白质折叠、关于任意特定蛋白质之间的亲缘关系的详细信息以及未来探索蛋白质及分类的大体框架。 SCOP Murzin, A. G., S. E. Brenner, T. Hubbard, and C. Chothia. "SCOP: A Structural Classification of Proteins Database for the Investigation of Sequences and Structures." J. Mol. Biol. 247 (1995): 536-540.
TMHMM 该软件由丹麦理工大学生物序列分析中心开发,用于预测蛋白质序列中的跨膜螺旋。

TMHMM 

Krogh, A., B. Larsson, B. von Heijne, and E. L. Sonnhammer. "Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model:

application to complete genomes." J. Mol. Biol. 305 (2001): 567-80. 

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