专业背景：计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
一、 GENSCAN是一个什么样的软件？
GENSCAN是美国麻省理工大学的Chris Burge于1997年开发成功的人类（或脊椎动物）基因预测软件，它根据基因的整体结构进行基因预测，不依赖于已有的蛋白库，是一种"从头预测"软件。目前Chris Burge还开发了适用于果蝇、拟南芥菜、玉米的专用版本。对于非版本专用的物种，其预测准确率会下降。
二、 GENSCAN用于人类（或脊椎动物）基因预测的准确率？
根据作者Chris Burge本人的数据，对特定核苷酸预测的校正准确率为91%，对外显子的平均准确率为80%。
三、 GENSCAN用于无脊椎动物和植物基因预测的准确率？
用脊椎动物版本进行基因预测的准确率
| 物种 | 检验序列数 | 核苷酸的校正准确率 | 外显子的平均准确率 |
| 果蝇 | 202 | 89% | 68% |
| 玉米 | 42 | 90% | 69% |
| 拟南芥菜 | 120 | 78% | 66% |
用特定物种版本预测的准确率
| 物种 | 检验序列数 | 核苷酸的校正准确率 | 外显子的平均准确率 |
| 玉米 | 42 | 86% | 84% |
| 拟南芥菜 | 120 | 78% | 69% |
四、 GENSCAN可能出现的误差：
1. 基因数目
可能将两个基因的外显子归并到一个基因，或者相反。
2. 物种
GENSCAN主要是针对人类（或脊椎动物）基因组序列设计，用于其他物种准确性可能降低。目前有适用于果蝇、玉米、拟南芥菜、秀丽线虫的版本。原核生物和酵母的基因预测，建议用Glimmer或GeneMark软件。
3. 根据测试集得到的准确性指标可能与实际的情况不同
4. 对各个结构元件的预测准确性不同
总体来说，对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子，外显子的准确性高于polyA或启动子。对启动子的预测较不可靠，建议用NNPPprogram 预测启动子。
5. 植物基因剪接位点的预测建议用SplicePredictor程序
五、 外显子可能性大小（P值）的含义及应用：
1. 可能性极高的外显子（e.g., P>0.99）：
预测结果几乎完全与实际吻合，可放心采用。
2. 中等可能性的外显子（0.50
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