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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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基因预测软件Genscan简单介绍  

2009-11-28 19:35:03|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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一、 GENSCAN是一个什么样的软件?

GENSCAN是美国麻省理工大学的Chris Burge于1997年开发成功的人类(或脊椎动物)基因预测软件,它根据基因的整体结构进行基因预测,不依赖于已有的蛋白库,是一种"从头预测"软件。目前Chris Burge还开发了适用于果蝇、拟南芥菜、玉米的专用版本。对于非版本专用的物种,其预测准确率会下降。

二、 GENSCAN用于人类(或脊椎动物)基因预测的准确率?

根据作者Chris Burge本人的数据,对特定核苷酸预测的校正准确率为91%,对外显子的平均准确率为80%。

三、 GENSCAN用于无脊椎动物和植物基因预测的准确率?

用脊椎动物版本进行基因预测的准确率

 

物种

检验序列数

核苷酸的校正准确率

外显子的平均准确率

果蝇

202

89%

68%

玉米

42

90%

69%

拟南芥菜

120

78%

66%

 

用特定物种版本预测的准确率

物种

检验序列数

核苷酸的校正准确率

外显子的平均准确率

玉米

42

86%

84%

拟南芥菜

120

78%

69%

四、 GENSCAN可能出现的误差:

1.       基因数目

可能将两个基因的外显子归并到一个基因,或者相反。

2.       物种

GENSCAN主要是针对人类(或脊椎动物)基因组序列设计,用于其他物种准确性可能降低。目前有适用于果蝇、玉米、拟南芥菜、秀丽线虫的版本。原核生物和酵母的基因预测,建议用Glimmer或GeneMark软件。

3.       根据测试集得到的准确性指标可能与实际的情况不同

4.       对各个结构元件的预测准确性不同

总体来说,对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子,外显子的准确性高于polyA或启动子。对启动子的预测较不可靠,建议用NNPPprogram 预测启动子。

5.       植物基因剪接位点的预测建议用SplicePredictor程序

五、 外显子可能性大小(P值)的含义及应用:

1.       可能性极高的外显子(e.g., P>0.99):

预测结果几乎完全与实际吻合,可放心采用。

2.       中等可能性的外显子(0.50

GeneScan介绍.ppt

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