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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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分子生物学序列和其他数据检索工具Sequence Retrieval System(SRS)简介  

2009-11-28 19:35:44|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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SRS是Sequence Retrieval System的缩写,是目前分子生物学最重要的序列和其他数据检索工具之一。由欧洲分子生物学实验室开发,最初是为核酸序列数据库EMBL和蛋白质序列数据库SwissProt的查询开发的。通过输入关键词,你就可以对各类数据库关键词匹配查找,并输出相关信息.例如,对蛋白质序列数据库SwissProt输入关键词insulin(胰岛素),即可找出该数据库所有胰岛素或与胰岛素有关的序列条目(Entry)。

·SRS是一个开放的数据库查询系统,即不同的SRS查询系统可以根据需要安装不同的数据库,目前共有300多个数据库安装在世界各地的SRS服务器上。SRS可以直接从LION公司的网页上查到这些数据库的名称,并知道它们分别安装在何处。北京大学生物信息中心1997年开始安装SRS系统,目前共有70多个数据库,其中核酸序列数据库EMBL和蛋白质结构数据库PDB每日更新。国内微生物所、上海生命科学院等单位也于2000年开始安装SRS系统。你可以打开网页http://srs.pku.edu.cn/srs/访问北京大学生物信息中心SRS数据库查寻系统。进入SRS主页,点击“Start”按钮即可进入SRS数据库查询系统。 还可以通过这里访问北大生物信息中心提供的SRS教程。

·目前,SRS已经发展成商业软件,由英国剑桥的LION Bioscience公司继续开发,学术单位在签定协议后可以免费获得该软件的使用权,而非学术单位则需要购买使用权。 欧洲生物信息学研究所、英国的基因组测序中心Sanger Centre和英国基因组资源中心HGMP等大型生物信息中心安装了100多个数据库。

·下表列出国际上主要SRS数据库查询系统服务器系统的网址。

单 位 网 址

欧洲生物信息研究所 http://srs6.ebi.ac.uk/srs6/

英国基因组资源中心 http://iron.hgmp.mrc.ac.uk/srs6/

英国基因组测序中心(Sanger Centre) http://www.sanger.ac.uk/srs6/

法国生物信息中心 http://www.infobiogen.fr/srs6/

荷兰生物信息中心 http://www.cmbi.kun.nl/srs6/

澳大利亚医学研究所 http://srs.wehi.edu.au/srs6/

德国癌症研究所 http://genius.embnet.dkfz-heidelberg.de/menu/srs/

加拿大生物信息资源中心 http://www.cbr.nrc.ca/srs6.1/

附:BLAST和SRS的区别:

BLAST和SRS都是序列检索(Sequence Retrieval)工具,很多刚接触生物信息学的人可能对它们的概念和用途有些混淆,其实BLAST和SRS有本质的区别,这里特作一补充说明:

·SRS对序列数据库的查询,是指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找。例如,选定蛋白质序列数据库SwissProt,输入关键词insulin(胰岛素),即可找出该数据库所有胰岛素或与胰岛素有关的序列条目(Entry)。数据库查询有时也称数据库检索,它和互联网上通过搜索引擎 (Search engine) 查找需要的信息是一个概念。

·BLAST 是分子生物学特有的工具,它是指通过特定的序列相似性比对算法,找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。例如,给定一个胰岛素序列,通过数据库搜索,可以在蛋白质序列数据库SwissProt或其它选定的数据库中中找出与该检测序列(query sequence)具有一定相似性的序列。


 

参考文献资料

  1. 参考文献(1):http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=12519939

网站使用教程与帮助

  1. 使用教程(1):http://srs.pku.edu.cn/srs/doc/index.jsp?srshelpmenu.html&srsbook_srsusr/srsusr5_1.html
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