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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化  

2009-11-26 22:57:22|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://i.azpala.com/2008/05/05/microarray-data-analysis-using-r-and-bioconductor-step5-between-array-normalization/


上次进行了芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。

由于我比较懒,具体原理就不介绍了。

这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma,以及其中的函数normalizeBetweenArrays()

由于normalizeBetweenArrays()需要log intensity或log ratio作为输入,于是先进行log转化:

#log transformation
norm_log<-matrix(data = NA, nrow =dim(normed)[1], ncol = dim(normed)[2], byrow = TRUE, dimnames = NULL)
for (i in 1:dim(normed)[1]){
for (j in 1:dim(normed)[2]){
norm_log[i,j]<-log(normed[i,j])/log(2)
}
}

然后利用函数进行芯片间归一化:

library(limma)
norm_log_btw_array<-normalizeBetweenArrays(norm_log,method=’scale’)

normalizeBetweenArrays()函数有许多方法,具体请看帮助。

下面看看效果吧

plot(density(norm_log[,1]),ylim=c(0,1.35),xlab=’log intensity’)
for (i in 2:20){
lines(density(norm_log[,i]),type=’l')
}
lines(density(norm_log_btw_array[,1]),type=’l',col=’green’)
for (i in 2:20){
lines(density(norm_log_btw_array[,i]),type=’l',col=’green’)
}
text(1.5,c(0.8,1.0),labels=c(’BEFORE normalization’,'AFTER normalization’),col=c(’black’,'green’))

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