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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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美国基因组研究所的数据库

2009-11-23 12:48:26| 分类：生信数据库 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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美国基因组研究所的数据库
TIGR简介：
　　TIGR（The Institute of Genomic Research Database-TDB，美国基因组研究所的数据库）是国际上重要的测序中心之一，其重点是假设的基因组学和比较基因组的研究。它有大量的基因组数据和标记表达序列数据，其资源以微生物为主，真核生物和人类基因组为辅。TIGR数据库包括了微生物、植物及人类的DNA及蛋白质序列, 基因表达, 细胞的作用, 蛋白质家族及分类数据，是一套大型综合数据库。在它收录的多种多样的数据库中，微生物基因组数据库是世界上著名的基因组数据库。，此外，其还拥有世界上最大的cDNA数据库。由该页面可进入以下数据库：微生物库（MDB），人类基因索引，老鼠基因索引，水稻基因索引，人类基因组排序项目，人类cDNA图项目，表达的基因结构库等。

TIGR资源：
　　TIGR基因索引：现在已经建立的有23类动物、22类植物、15类原生生物和7类真菌的详细的基因组信息。每一类生物的基因索引的内容包括该索引的产生背景、版本信息；提供同源序列的BLAST检索和EST、TC、文库等序列报告；基因表达、基因发生、代谢途径等功能注释和分析。有的还包括其他的信息和附加的信息。总的来说该基因索引集中了许多在该物种基因组研究上有重要作用的机构的数据，内容丰富，检索方便，同时这些数据还在不断的更新和补充，基因索引页不断推出新的版本。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/tgi/ _z}d yp"I

　　TIGR人类基因索引（HGI）
　　网址：http://www.tigr.org/tigr-scripts/tgi/T_index.cgi?species=human

　　TIGR水稻基因组计划：是美国TIGR研究所进行的基因组计划之一。TIGR维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括水稻基因组注释库、水稻重复序列库、水稻基因索引库。此网页提供的资源有水稻GenBank条目、出版物、水稻基因统计、BAC测序、遗传标记、注释系统、搜索引擎和序列下载及其他参与此计划的单位链接。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/osa1/

　　TIGR玉米数据库：欢迎光临TIGR玉米数据库主页。TIGR是玉米基因组联盟的成员之一，该联盟于2002年9月获得国家科学基金的资助，用于两种玉米“基因间隙”填补方法的对比研究，从而找出全基因组测序的最佳方法。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/tgi/maize/

　　NSF马铃薯功能基因组数据库：该数据库包含马铃薯以及其他茄科植物的cDNA和RNA基因表达数据。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/potato/

　　TIGR拟南芥数据库：是有关拟南芥信息的数据库。其涵概的内容十分丰富，包括拟南芥的注释数据库、拟南芥BAC测序、拟南芥基因索引、有关链接等。用户可以基因名称、位点、序列进行检索。此外，还可下载拟南芥的序列。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/ath1/

　　植物基因组重复数据库：植物的基因组的多倍性和重复序列对植物基因组的大小起着很重要的作用，植物基因组中已经有很多不同的重复序列被报道，根据这些序列的组成和结构可以分为不同的类别。TIGR为了编辑和鉴定植物基因组中的重复序列建立了这个数据库，为了方便起见，数据库中的每一条重复序列都有一个特定的编号。该数据库目前包含有拟南芥、大麦、水稻、高梁、玉米、茄科等植物的基因组重复序列数据。可以方便的查询，有的还可以免费下载。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/plant.repeats/

　　埃及伊蚊（Aedes aegypti）BAC末端和cDNA序列数据库：2002年9月，TIGR受到NIAID项目(U01- AI050936)的资助来研究引发黄热病的埃及伊蚊（Aedes aegypti）的基因组。这个项目有两个相互独立而互为补充的研究目的：一方面是研究BAC末端，TIGR和其合作者将对50,000个BAC文库的两个末端测序产生大约50 Mb覆盖基因组6.4%的序列；另一方面，TIGR承担约40,000个cDNA两个末端的测序，这将产生80,000个高质量的可读cDNA序列。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/aabe/

　　寄生虫数据库 n NAJ8z}Nt
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/parasites/

　　单细胞微藻（picoplankton）的基因组分析：在这项研究中，我们利用新发展起来的基因组方法来研究这些半知或未知的海洋细菌和古细菌以及对全球生态的影响。这将是对这种全球分布的微生物群体的首次基因组分析，也将为其他海洋生物学研究所提供新的方法和建议以及数据。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/MBMO/

　　初步的BAC末端序列信息：作为整个海洋微生物研究项目的一个部分，这种“末端序列”只是对BAC文库的一般评估，利用这些BAC末端序列我们可以快速的获得一个单独的基因序列，即使在座位系统发生标记的序列（phylogenetic marker ，例如16S rRNA）不能起作用的情况下，这种评估依然有用。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/MBMO/BAC-ends.shtml

　　与环境有关的BAC资源该数据库：包含从多变的环境中提取的DNA中得到的BAC克隆的序列和注解数据，用户可以访问所有的BAC克隆或者其子数据库，本页建立之初只包含蒙特利海湾BAC项目中的数据。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/MBMO/CEBR.shtml

　　真核生物工程概述：TIGR真核生物数据库收集了微生物、植物核人类的DNA序列、蛋白质序列、基因表达、细胞功能、蛋白质家族以及分类学的数据，该数据库内容丰富，含有多个子数据库，以下是各个子数据库概述。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/euk/

　　四膜虫基因组测序工作：四膜虫是研究真核生物的一个模式生物，和其他纤虫一样，四膜虫有两个核，其大核负责营养并且是基因表达的主要场所。TIGR对其大核中的200来条染色体进行了全基因组的“鸟枪法”测序。四膜虫的基因组序列将在本网页中发放并且提交到公共数据库中，同时初步的叠联群（contigs）也将发布到BLAST服务器上。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/ttg/

　　牛泰勒原虫基因组数据库：牛泰勒原虫（Theileria parva）是引起牛发病率和死亡率均很高的“东海岸热（East Coast fever）”的病原体，其主要寄主是牛，其生活史还经过一个中间寄主，对家畜的危害很大。泰勒原虫基因组由4条染色体组成，其大小大约为9Mb， TIGR和国际家畜研究所（ILRI）已经用“鸟枪法（shotgun）”对其进行了全基因组测序，目前正在进行缺口（gap）的填补工作。四膜虫的基因组序列将在本网页中发放并且提交到公共数据库中，同时初步的叠联群（contigs）也将发布到BLAST服务器上。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tpa1/

　　人类细菌人工染色体（BAC）末端序列：TIGR，华盛顿大学和加利福尼亚工学院联合从470,000个克隆(20 X 克隆重叠率和12%的序列覆盖率) 得到了约743,000条末端序列。整个基因组中平均每5 kb提供一个分子标记，在22号染色体上的双末端BAC覆盖率已经超过5X。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.shtml

　　大鼠细菌人工染色体（BAC）末端序列：TIGR将在一年内产生从RPCI-23文库中170,634个克隆和RPCI-24文库中130,000个克隆来源的末端序列。

　　网址：http://www.tigr.org/tdb/bac_ends/rat/bac_end_intro.shtml

　　小鼠细菌人工染色体（BAC）末端序列：TIGR将在一年内产生从CHORI-230文库中100,000个克隆和MboI文库中100,000个克隆来源的末端序列。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/bac_ends/mouse/bac_end_intro.shtml
　　微生物数据库（MDB）：因组研究所的微生物数据库（MDB）收录了TIGR世界各地微生物基因组信息，该页面列出了已完成的14个和正在研究的40个微生物基因组，包括名称，信息量，研究单位，资金来源及发表在何处等。其目的在于为研究者提供一个访问所有已发布的细菌基因组序列的门户，包括众多免费实用研究工具，如基因测序工具，限制性内切酶分类工具，基因属性搜索工具，和支持全基因组查询并提供每个基因组的序列及注释信息的"欧尼姆"数据库。已完成的基因组可通过点击该菌种的基因组链接进入子数据库进行查询。

　　网址：http:// www.tigr.org/tdb/mdb/mdb.html

　　微生物资源综合数据库 (CMR)：微生物资源综合数据库 (CMR) 是为研究者提供所有测序完成的细菌基因组序列的一种工具。这里使用的数据库是Omniome数据库，该数据库包含了已完成的基因组的序列，注解以及和其他生物相关联的信息，DNA分子的结构和组成，从DNA序列预测的蛋白质顺序及其性质等。用户通过Omniome数据库可以访问所有的基因组或者任何一个子数据库，该数据库中的基因组TIGR以两种方式诠释：基因组测序中心提供的初级注解和由TIGR自动注解软件产生的TIGR注解，用户可以使用上述两种方法之一来获得所有细菌基因组信息。

　　网址：http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl

　　真菌数据库：提供那些正在被测序的真菌的数据，现在已有数据的真菌有曲霉菌（Aspergillus fumigatus）和隐球菌（Cryptococcus neoformans）。
　　网址：http://www.tigr.org/tdb/fungal/

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